Daniel Jefferson Harris (aka Dirty Dan) chegou a Bellingham Bay area, em 1853 ou de 1854, e fez amizade com John Thomas, que tinha apresentado uma reclamação de terra ao longo de Padden Creek. Ele ajudou Thomas a começar uma cabana lá, mas Thomas morreu antes da cabana ser terminada. Dan terminou a reivindicação na terra e a patenteada foi emitida em 1871. Ele também adquiriu várias propriedades circundantes e nomeou esta área Fairhaven, a partir do nome nativo see-see-lich-em, o que significa Porto Seguro ou Fair haven (possivelmente também de uma cidade no Maine que pode ou não ter sido o seu local de nascimento). Ele platted a cidade em 1883, e começou a vender lotes. À medida que a sua fortuna melhorava, também a sua aparência e reputação lhe permitiam casar-se em 1885. Em 1888, ele vendeu a maior parte de sua propriedade em Fairhaven para Nelson Bennett e partiu para a Califórnia. Nelson Bennett, juntamente com Charles Larrabee, que chegou em 1890, formou a Fairhaven Land Company, A maior parte financiada por Larrabee, determinada a crescer Fairhaven em uma grande cidade. Eles promoveram a terra rica em recursos naturais, bom tempo e infinitas possibilidades, fazendo com que a população crescesse de cerca de 150 em 1889 para 8000 no final de 1890. Parte desse aumento foi devido à compra pela Fairhaven Land Company de um pequeno assentamento chamado Bellingham, entre Sehome e Fairhaven, que tinha uma estação de correios a partir de 1883.Fairhaven, como muitas outras cidades costeiras de Washington, competiu com outras cidades de Washington para a posição de terminal city da Great Northern Railroad, mas esse título finalmente caiu em Seattle. Durante este período de competitividade, que durou do final da década de 1870 até meados da década de 1880, Fairhaven adotou seu estilo icônico do século XIX e assumiu um apelo estético à arquitetura e ao design. Mesmo depois que foi decidido que Seattle abrigaria o Grande Terminal Ferroviário do Norte, a população e a construção estética continuaram a crescer até o final da década de 1890. Fairhaven foi oficialmente incorporada em 13 de Maio de 1890. durante o frenesim especulativo da década de 1890, o grand Fairhaven Hotel foi construído para atrair magnatas da ferrovia para escolher Fairhaven como o término da costa oeste das ferrovias transcontinentais. Os caminhos-de-ferro nunca chegaram, mas o remanescente imponente do antigo hotel permaneceu até um incêndio e demolição em 1953.em 27 de outubro de 1903, cidadãos de Fairhaven e cidadãos de uma cidade vizinha em Bellingham Bay, Whatcom City, votaram para se consolidar em uma cidade chamada Bellingham. Em 28 de dezembro de 1903, a nova cidade de Bellingham foi oficialmente estabelecida.em 1903, Fairhaven recebeu uma bolsa para construir a primeira biblioteca financiada pela Carnegie na rua 12. A biblioteca continua a operar como um ramo do sistema de Biblioteca Pública de Bellingham.Fairhaven também é conhecido por seus laços históricos com a conservas de salmão, e do final do século XIX até a década de 1940 foi o lar de numerosas operações de conservas de salmão, empregando cerca de 4.500 trabalhadores na área. Na década de 1940, a Pacific American Fisheries foi sediada em Fairhaven, e era conhecida como a maior operação de conservas de salmão do mundo.