Fujiwara foi a primeira capital do Japão construída em um padrão de grade no modelo Chinês (条坊制 jōbō-sei); investigações recentes revelaram que a cidade cobria uma área de cerca de 5 km, muito maior do que se pensava anteriormente. O Palácio ocupava um terreno com cerca de 1 km2, e estava rodeado por paredes com cerca de 5 metros de altura. Cada uma das quatro paredes tinha três portas; Suzakumon, o portão principal, estava no centro da parede Sul. Os Daigokuden (大極殿) e outros edifícios do palácio foram as primeiras estruturas do palácio no Japão a ter um telhado de azulejo no estilo Chinês.a área era anteriormente domínio do Clã Nakatomi, que supervisionava a observação de rituais e cerimônias Shintō em nome da Corte Imperial. A cidade ardeu em 711, Um ano após a mudança para Nara, e não foi reconstruída. Escavações arqueológicas começaram em 1934, e algumas partes do palácio foram reconstruídas. Perto de 10.000 tabletes de madeira, conhecidos como mokkan, foram encontrados, inscritos com caracteres chineses.este waka, escrito pela Imperatriz Jito, e descrevendo Fujiwara no verão, faz parte da famosa Antologia do poema, O Hyakunin Isshu.:
春すぎて夏来にけらし白妙の衣ほすてふ天の香具山haru sugite natsu ki ni kerashi shirotae não koromo hosu chō ama não kaguyama
o Que se traduz como a Primavera já passou, ao que parece, e agora o verão chegou; Para este, eles dizem, é quando vestes do mais puro branco são transmitidos em celestial Monte Kagu.a capital foi transferida de Fujiwara-kyo devido ao fedor extremo causado por um sistema de esgotos aberto. O esgoto estava entupido com excrementos e outros resíduos humanos, fazendo com que se acumulasse e não se lavasse no Rio. O fedor cresceu tão forte que as pessoas começaram a reclamar do fedor do Palácio. Eventualmente, a capital foi transferida para Nara devido ao cheiro horrível.