rede Global das HEIN replicons
Para explorar a história evolutiva dos HEIN replicons, recolhemos um conjunto de dados de HUH endonucleases—a única proteína codificada por todos estes replicons—representando cada família de vírus, plasmídeos, e transposons associados com hosts em todos os três celulares domains16,27,28,29,30. Nesta análise, não considerámos relaxases mafiosas envolvidas na conjugação de plasmídeos. As enzimas desta família englobam motivos conservados circularmente permutados que complicam a sua comparação baseada em sequências com as endonucleases HUH envolvidas na replicação do ADN ou transposição16,19. O conjunto de dados resultante incluiu 8764 sequências. Estes foram agrupados com base na semelhança emparelhada, e os aglomerados foram identificados usando um algoritmo de clustering convexo (limiar de valor p de 1e-08) com CLÃS35. Esta análise revelou 33 clusters que variaram em tamanho de 7 a 2711 sequências (dados suplementares 1). Na sequência de uma inspecção da conectividade entre clusters (Fig. 1), definimos 2 aglomerados órfãos e 2 superaglomerados, que exibiam ou nenhuma ou muito poucas conexões entre si (dados suplementares 1). No entanto,a comparação das estruturas de alta resolução disponíveis para representantes de ambos os aglomerados órfãos e os 2 superaglomerados16, 36 confirmam inequivocamente a sua origem comum.
Representative HUH superfamily Reps clustered by their pairwise sequence similarity. As linhas ligam sequências com valor P ≤ 1e-08. Os grupos foram nomeados depois de bem-caracteriza-se plasmídeos, vírus ou mais freqüente do táxon
Órfã cluster 1 inclui uma única família de IS200/IS605 transposons que são comuns em bactérias e archaea37. As endonucleases HUH das sequências de inserção IS200/IS605 foram extensivamente estudadas estruturalmente e bioquímicamente, resultando em uma compreensão abrangente de suas funções16,38. Embora as IS200 / IS605 transposases tenham uma dobra estrutural comum à de outras endonucleases HUH e contenham todos os três motivos de assinatura, elas não mostraram similaridade de sequência apreciável com qualquer outro aglomerado de endonucleases HUH e, portanto, permaneceram desconectadas de sequências em outros aglomerados. No entanto, a diversidade de sequências dentro do cluster IS200/IS605 é comparável à de outros clusters.
rfão cluster 2 inclui proteínas Rep conservadas em vírus arcaicos hipertermófilos da família Rudiviridae39. Estudos estruturais da proteína Rep do rudivirus SIRV1 revelaram a dobra canônica de endonuclease HUH e a caracterização bioquímica da proteína confirmou as atividades esperadas em vitro36. Como as transposases IS200/IS605, o cluster rudiviral Rep não se conecta a outras endonucleases HUH, incluindo homólogos de outras famílias de vírus archaeal e plasmídeos.
concebivelmente, a singularidade dos 2 aglomerados órfãos está ligada aos mecanismos invulgares de transposição e replicação utilizados pelos respectivos elementos. De fato, IS200/IS605 inserção de sequências de transpor uma única casca-e-colar mechanism38, considerando que rudiviruses, ao contrário da maioria dos outros vírus e plasmídeos, replicando por circulante-círculo mecanismo, contêm relativamente grande (~35 kb) linear dsDNA genomas com ligadas fechado termini40.
Superaglomerado 1 é de longe a maior e mais diversificada montagem HUH que inclui 24 aglomerados (dados suplementares 1). Desses 24 clusters, 15 conter Representantes de bona fide extrachromosomal plasmídeos, dos quais 7 clusters também incluir Representantes de diversas ssDNA (Microviridae, Inoviridae, e Pleolipoviridae) e/ou dsDNA (Myoviridae e Corticoviridae) vírus de bactérias e archaea. Três clusters consistem de Repetições codificado por microviruses das subfamílias Gokushovirinae e Bullavirinae, e Xanthomonas inovirus Cf1 (família Inoviridae), respectivamente. Notavelmente, microvírus tipo phiX174 (Bullavirinae) exibem similaridade exclusivamente com microvírus da subfamília Gokushovirinae, indicativo da Rep monofila nas duas subfamílias da Microviridae, apesar de divergência de alta sequência. Os is91 bacterianos (incluindo a subfamília ISCR) e os transposons da família Helitron eucarióticos, respectivamente, formam dois clusters distintos. Os dois grupos de transposons não estão diretamente conectados uns com os outros, mas estão ligados a grupos distintos de bactérias e, no caso de IS91, plasmídeos de bactérias, sugerindo independente de origem bacteriana extrachromosomal replicons. Foi sugerido anteriormente que os helitrons podem representar uma ligação em falta entre os vírus Agriões-DNA eucarióticos, ou seja, geminivírus, e réplicas HUH bacterianas 41 ou que os helitrons evoluíram a partir de geminiviruses42. No entanto, em nossa análise, helitrons não se conectam a nenhum dos grupos de vírus de Agriões-DNA, sugerindo trajetórias evolucionárias independentes, consistentes com as recentes descobertas 43.
os restantes 5 aglomerados não incluem quaisquer sequências plasmídicas, virais ou transposoníveis reconhecíveis e, portanto, são susceptíveis de representar novas famílias de MGE integrado. Quatro destes grupos são predominantemente encontrados em bactérias dos taxa Clostridiales,Actinobacteria, Neisseriales e Bacteroidetes, respectivamente (rotulados de acordo com a figura. 1), enquanto que o quinto grupo é específico para a divisão candidata MSBL1 (Lagos salmoura do Mar Mediterrâneo 1)44, um grupo de archaea não cultivada encontrado em diferentes ambientes hipersalinos. A maioria dos aglomerados apresentam uniformidade taxonómica ao nível do domínio, ou seja, os aglomerados incluíam sequências bacterianas, ou archaeal, ou eucarióticas (incluindo os vírus e plasmídeos correspondentes), sugerindo que as transferências horizontais de vírus ou plasmídeos entre domínios hospedeiros são pouco frequentes. As duas exceções incluem os aglomerados dominados por bactérias do tipo pUB110 e IS91, que incluem um punhado de sequências archaeal. No caso dos transposões IS91, a transferência horizontal de bactérias foi verificada por análises filogenéticas 45. Além disso, alguns dos aglomerados incluem sequências esporádicas anotadas como sendo eucarióticas; no entanto, a análise dos contígenos correspondentes sugere que estes são prováveis contaminantes bacterianos.
de particular interesse são os 7 clusters que incluem tanto vírus e plasmídeos. Por exemplo, o cluster pEC316_KPC, além dos plasmídeos, contém vírus evolutivamente não relacionados de 3 famílias, Myoviridae, Corticoviridae e Inoviridae, sugerindo uma extensa propagação horizontal dos genes rep. Notavelmente, Reps de inovírus são distribuídos entre 5 clusters. Dada a escassez de sequências inovirais nos clusters tipo pVT736-1 e tipo pUB110, que incluem apenas Pseudomonas phage Pf3 e Propionibacterium phage B5, respectivamente, a direcionalidade da transferência de genes, de plasmídeos para os vírus correspondentes, parece óbvia. Além disso, muitos inoviruses não codificar HEIN endonucleases, mas, ao invés de codificar a replicação de iniciadores de uma evolutivamente relacionados superfamily, Rep_trans (Pfam id: PF02486)15, que também abunda no bacteriana plasmids30, considerando que inoviruses do gênero Vespertiliovirus falta de Repetições e, em vez de replicar por transposição usando IS3 e IS30 família transposases derivada da inserção correspondentes sequences46. Coletivamente, estas observações indicam que os módulos de replicação de inovírus foram trocados com módulos de replicação distantemente relacionados e mesmo não homólogos de várias famílias de plasmídeos e transposões. Da mesma forma, bactérias pleolipoviruses são divididos entre dois clusters correspondentes a diferentes famílias de plasmídeos de bactérias, pGRB1-como e pTP2-como, respectivamente, sugerindo que a troca de replicação associadas a genes é comum em bactérias bactérias e vírus com o pequeno, plasmídeo de tamanho de genomas. ¶E, em alguns casos, é difícil determinar o viral versus plasmídeo associação de Repetições codificado no celular, cromossomos, porque ambos os tipos de MGE pode integrar o anfitrião de genomas. Por exemplo, o aglomerado semelhante ao XacF1 inclui 62 sequências Rep, 2 das quais são codificadas por fagos filamentosos, enquanto o resto vem de genomas bacterianos. A análise dos bairros genômicos sugere que apenas 6 dos 60 Reps restantes representam profecias. Além disso, o aglomerado semelhante ao pAS28 inclui um plasmídeo, pAS28 (ref. 47); no entanto, Reps relacionados foram previamente identificados em prophages48, mas não em vírus caracterizados, dando a impressão errônea de que o Rep de tipo pAS28 é exclusivo de plasmídeos. ¶Para continuar a caracterizar as relações evolutivas entre os Representantes codificados por diferentes tipos de MGE, foi construída máxima verossimilhança árvores filogenéticas para o 7 clusters, que incluiu Representantes de ambos os vírus e os plasmídeos (Complementar Fig. 2a-g). Os resultados das análises filogenéticas sugerem transferência horizontal dos genes rep entre plasmídeos e vírus, com sequências virais tipicamente sendo aninhadas entre homólogos codificados por plasmídeos.
Superagluter 2 (SC2) consiste em 7 aglomerados (dados suplementares 1) que incluem todos os vírus de Agriões-ADN eucarióticos conhecidos, parvovírus, um aglomerado de plasmídeos da alga vermelha Pyropia pulchra49, e 4 aglomerados contendo sequências de Rep bacterianas. A grande maioria dos Reps bacterianos nos aglomerados semelhantes a pCPa e p4M são codificados em genomas bacterianos ao invés de plasmídeos e não foram anteriormente caracterizados. Em nossa rede, os vírus de Agriões-DNA estão conectados a clusters semelhantes a PCP, p4M, pPAPh2 e P. pulchra, enquanto que o cluster semelhante a pE194/pMV158 não forma conexões diretas com os vírus de Agri, mas se junta ao SC2 através do cluster semelhante ao pCPa (Fig. 1). Notavelmente, os geminivírus e os genomovírus formam um subcluster com plasmídeos de fitoplasma (cluster semelhante ao pPAPh2) e P. pulchra, que está separada de outros vírus de Agriões-ADN. O aglomerado Parvoviridae, incluindo parvovírus e vírus endógenos derivados integrados em vários genomas eucarióticos, está vagamente ligado diretamente aos vírus de Agriões-DNA, sugerindo que os parvovírus com genomas ssDNA lineares compartilham ancestralidade comum com vírus de Agriões-DNA que, por definição, têm genomas circulares. Intrigados com a aparentemente estreita ligação evolutiva entre vírus Agriões-DNA eucarióticos e Reps bacterianos e algais, investigamos essas relações em maior detalhe, como relatado nas seções seguintes.
To investigate the extent of similarity between the Reps of eukaryotic CRESS-DNA viruses and non-viral replicons from SC2, we compared their domain organizations. Com excepção dos plasmídeos da família pE194/pMV158, que contêm apenas o domínio nuclease, os Reps bacterianos e algal SC2 tinham a mesma organização do domínio nuclease-helicase que os vírus CORESS-DNA. A mesma organização de dois domínios também é característica do parvovirus Reps2. Assim, o domínio da organização análise corrobora os resultados de seqüência de cluster e indica ainda que o bacterianas SC2 Representantes estão mais intimamente relacionadas com os Representantes do eucarióticas vírus do que os de outros procariontes plasmídeos e vírus.em seguida, buscamos obter informações adicionais sobre a diversidade e distribuição taxonômica dos Reps SC2 virais que são codificados em genomas bacterianos. Maximum likelihood phylogenetic analysis revealed 9 well-supported clades (Fig. 2a). O agrupamento e a subsequente análise comunitária de detecção validaram os 9 grupos de Reps bacterianos(Fig. 2b), em que os grupos 1-3 correspondem ao aglomerado semelhante a p4M apresentado na Fig. 1, groups 4-8 to the PCP-like cluster, and group 9 to the pPAPh2-like cluster. Para enfatizar a sua semelhança com os vírus de Agriões-DNA, referimo-nos aos 9 grupos como pCRESS1 através pCRESS9. Estes grupos apresentavam distribuições taxonômicas parcialmente sobrepostas, mas distintas, cobrindo várias classes dentro de 4 filos bacterianos (Figo suplementar. Quadro 1).
diversidade de proteínas de Rep virais em bactérias. a Phylogenetic tree of bacterial Rep proteins and their homologs in P. pulchra. Sequências estreitamente relacionadas são colapsadas em triângulos, cujos comprimentos laterais são proporcionais às distâncias entre os nós de folhas mais próximos e os mais distantes. clãs grupos de proteínas bacterianas Rep e seus homólogos. Nós indicam sequências de proteínas. As linhas representam relações sequenciais (valor p dos clãs ≤ 1e-05). Os nós pertencentes ao mesmo grupo são coloridos com as mesmas cores, correspondendo aos clados mostrados no mapa do genoma do painel a. c de plasmídeos integrados e extracromossômicos representando grupos 1-9. Genes homólogos são descritos usando a mesma cor e as respectivas funções estão listados no lado direito da figura
A maioria dos Representantes de pCRESS7 e pCRESS9 são codificados por extrachromosomal plasmídeos (Complementar Tabela 1). Em contraste, a grande maioria (97.5%) dos Reps encontrados em outros grupos são codificados dentro do local de elementos genéticos móveis-especificamente integrados em cromossomas bacterianos(tabela Complementar 1; Fig. 2C; Suplemento Fig. 3; Nota Complementar 1). Notavelmente, nenhum dos elementos codificou quaisquer homólogos de proteínas estruturais virais atualmente conhecidas (Nota complementar 1). Coletivamente, estas observações indicam que Reps virais em bactérias são codificadas por diversos plasmídeos extracromosómicos e integrados.
características conservadas dos Reps de vírus bacteriano e agrião-DNA
a análise da sequência mostrou que, apesar de uma considerável divergência de sequência global, os Reps do pCRESS4 a 8 contêm motivos de sequência muito semelhantes dentro dos domínios nuclease e helicase (Fig. 3), consistente com os resultados das análises de agrupamento e filogenética (Fig. 2). Em particular, estes 5 grupos de pCRESS compartilham uma assinatura específica, YLxH (x, qualquer aminoácido) dentro do motif III do domínio da nuclease, que não foi observado em Reps do pCRESS1–3 e 9 (Fig. 3). Assim, nós nos referimos ao pCRESS4–8 coletivamente como o supergrupo de YLxH (ao invés do cluster semelhante ao pCPa), para enfatizar esta característica compartilhada. A assinatura YLxH também foi conservada em Reps do cluster semelhante ao pE194/pMV158, sugerindo uma relação evolutiva mais próxima entre os dois clusters, apesar do fato de que Reps semelhantes ao pE194/pMV158 não possuem o domínio helicase. Além disso, o pCRESS9 exibe motivos semelhantes aos dos plasmídeos P. pulchra e, portanto, poderia ser unificado com esses plasmídeos em uma montagem comum. Em contraste, pCRESS1, -2 e -3 (aglomerado semelhante a p4M) exibem conjuntos distintos de motivos (Fig. 3; Nota Complementar 1).
sequência conservada motivos de proteínas Rep. Grupos de Rep bacterianos são representados em fundo cinza. Os resíduos são coloridos pelas suas propriedades químicas (polar, verde; Básico, Azul; ácido, vermelho; hidrofóbico, preto; neutro, roxo). Os grupos Rep foram ordenados manualmente de acordo com a semelhança emparelhada nos motivos alinhados. O HUH endonuclease e SF3 helicase domínios são delineadas no topo da figura
Origem do SF3 helicase de domínio
a Sequência de análises sugerem que o SF3 helicase de domínio contendo plasmídeo Repetições, especialmente aqueles de pCRESS2, pCRESS3, e pCRESS9, e P. pulchra, estão intimamente relacionadas com os Representantes do CRESS-DNA do vírus. No entanto, a direcionalidade da evolução, isto é, se os plasmídeos evoluíram a partir dos vírus Agriões-DNA ou vice-versa, não é óbvio. Embora seja tentador tomar a ausência do domínio helicase no aglomerado semelhante ao pE194/pMV158 como uma indicação de que este grupo é ancestral dos Reps contendo helicase, não pode ser descartado que o domínio helicase foi perdido por estes plasmídeos. Assim, partimos para investigar a proveniência do domínio SF3 helicase no plasmídeo e nos Reps virais. Sensível sequência de pesquisas com o HMMER contra o nr30 banco de dados mostrou que a helicase domínios de plasmídeo e AGRIÃO-do DNA viral Repetições são mais intimamente relacionados com os do eucarióticas positivo-sentido vírus RNA (ordem Picornavirales e família Caliciviridae), bem como a AAA+ ATPase superfamily50,51. Nesta análise, incluímos também as sequências de SF3 de parvovírus, poliomavírus,e papilomavírus que se pensa serem evolutivamente relacionadas com os vírus de Agres-DNA 2, 25. Vários grupos de helicases SF3 mais distantes de vírus com grandes genomes52 dsDNA foram ignorados. Devido à divergência de alta sequência e comprimento relativamente curto, as análises filogenéticas dos domínios da helicase SF3 não foram informativas, resultando em topologias de árvores em forma de estrela, independentemente dos modelos evolucionários ou amostragem taxonômica utilizada. No entanto, a análise de agrupamento baseada em semelhanças emparelhadas forneceu insights sobre as relações entre as diferentes famílias ATPase(Fig. 4a). Em particular, a estreita relação entre os domínios SF3 helicase de Reps bacterianas e vírus de Agriões-DNA foi claramente apoiada. Ambos os grupos se conectam aos vírus RNA, mas apenas Reps bacterianos, particularmente os do supergrupo YLxH, mostram conexões com ATPases AAA+ superfamília, ou seja, o carregador de helicase bacteriano DnaC e, em menor extensão, Dnaa e ATPases Tipo Cdc48 (Fig. 4a). A semelhança mais próxima entre o supergrupo YLxH e as ATPases bacterianas AAA+ é suportada pela comparação dos motivos catalíticos que revelaram vários caracteres derivados compartilhados, com a exclusão de outros grupos (figura suplementar. 4). No mesmo limiar de agrupamento, nem os vírus do ADN eucariótico nem o ARN ligados a qualquer grupo de ATPases que não sejam os provenientes de plasmídeos bacterianos. As helicases SF3 de parvovírus ligadas aos vírus de Agriões-ADN, consistentes com a análise de sequências de Rep de comprimento total (Fig. 1). Papilomavírus e poliomavírus formaram dois aglomerados que se conectaram uns aos outros e aos parvovírus.
relações entre a superfamília 3 helicases e AAA+ ATPases. uma superfamília 3 helicase e AAA+ ATPase domínios agrupados por sua semelhança emparelhada usando clãs. No total, 3854 sequências foram agrupadas com clãs (valor p dos clãs ≤ 5e-09). Os grupos de vírus CRESS-ADN não classificados são referidos como CRESSV1 através CRESSV6 (ref. 53). b a proposed evolutionary scenario for the origin and evolution of viral Superfamily 3 helicases. Abreviaturas: SF3, superfamília 3 domínio helicase; HUH, HUH domínio nuclease; OBD, domínio de ligação à origem; HGT, transferência horizontal de genes; RHR, rolling-hairpin replication
Este padrão de conectividade sugere um vetor específico de evolução e parece ser melhor compatível com o seguinte cenário. O SF3 helicase domínio de plasmídeos bacterianos evoluído a partir de um bacterianas DnaC-como ATPase; este helicase domínio foi acrescentada a nuclease domínio de Repetições de pE194/pMV158-como plasmídeos, produzindo o ancestral do YLxH supergrupo; plasmídeo bacteriano Repetições foram passados para o CRESS-DNA vírus; a SF3 helicase dos vírus ARN foi adquirida horizontalmente quer a partir de plasmídeos bacterianos quer, mais provavelmente, a partir de vírus de Agriões-ADN eucarióticos; os vírus de AGRISE-ADN geraram parvovírus que, por sua vez, deram origem a poliomavírus e papilomavírus (Fig. 4b). O cenário alternativo, ao abrigo do qual as helicases SF3 dos vírus ARN eucarióticos deram origem às proteínas dnac e DnaA bacterianas universais, através de plasmídeos bacterianos, parece não parsimónico e extremamente improvável. Na verdade,DnaA é onipresente e essencial em bacteria50, 51, De modo que a captura da helicase a partir de um plasmídeo teria que ocorrer na própria origem do domínio bacteriano da vida. Notavelmente, os plasmídeos pCRESS9 e P. pulchra não estão ligados a outros plasmídeos, mas estão ligados ao resto das sequências através dos vírus Agriões-ADN. Este último padrão também foi observado na análise global de agrupamento dos HUH Reps(Fig. 1) assim como no agrupamento dos domínios nuclease sozinhos.
origens dos vírus do ADN de Agriões a partir de plasmídeos bacterianos
a análise dos domínios da helicase SF3 sugere que os reps dos plasmídeos do tipo pE194/pMV158 são mais ancestrais do que formas derivadas. A possibilidade alternativa, nomeadamente, de que os plasmídeos do tipo pE194/pMV158 tenham perdido o domínio helicase, não pode actualmente ser excluída. No entanto, o facto de o domínio helicase não ter sido perdido em nenhum dos numerosos grupos conhecidos de vírus Agriões-ADN ou em pCRESS1 a plasmídeos pCRESS9, sugere que, uma vez adquirido, o domínio helicase torna-se importante para a replicação eficiente do plasmídeo/genoma viral. Assim, a estreita semelhança entre os Reps do tipo pE194/pMV158 e os do supergrupo YLxH, resultando na conectividade direta dos dois grupos na rede global (Fig. 1), implica que o grupo anterior é um grupo externo adequado para a filogenia de Reps de plasmídeos bacterianos e vírus de Agriões-DNA. Para análises filogenéticas, nós usamos um conjunto de dados de Reps SC2, excluindo Reps de Parvoviridae e vírus de Agriões-DNA que foram previamente considerados quiméricos em relação à sua nuclease e helicase domains53, para evitar artefatos potenciais resultantes de sinais filogenéticos conflitantes. O conjunto de dados incluía representantes de todas as famílias classificadas de vírus de Agriões-ADN, bem como 6 grupos de vírus de Agriões-ADN não classificados provisoriamente rotulados CRESSV1–6 (ref. 53), bem como um pequeno grupo de vírus do tipo GasCSV, que foram previamente notados para codificar Reps com similaridade significativa com reps54 bacterianas. No bem-suporte de máxima verossimilhança árvore filogenética construída com PhyML e enraizada com pE194/pMV158-como Repetições, o YLxH supergrupo (pCRESS4–8) está na base de um conjunto que inclui todos os AGRIÃO-do DNA do vírus, pCRESS1–3 e pCRESS9 bem como, P. pulchra plasmídeos. Esta montagem divide-se em dois clados (Fig. 5). O clado 1 inclui duas subclades, uma das quais consiste em geminivírus e genomovírus que unem plasmídeos pCRESS9 de fitoplasma, e a outra inclui plasmídeos CRESSV6 e P. pulchra. Notavelmente, os plasmídeos P. pulchra parecem emergir diretamente da diversidade CRESSV6, com a relação mais próxima com a subclade CRESSV6 de vírus sequenciados a partir de amostras de águas residuais. A relação entre geminivírus / genomovírus e plasmídeos pCRESS9 não é resolvida na filogenia. No entanto, análises de agrupamento sugerem fortemente que os reps de plasmídeos pCRESS9 evoluíram a partir de geminivírus-genomovírus (figos. 1 e 4). Consistente com este cenário, os plasmídeos fitoplasmais pCRESS7 e pCRESS9, apesar de codificar Reps filogeneticamente distintos, compartilham o conteúdo genético, ou seja, a proteína de controle do número de cópias, a proteína de SSB semelhante ao PRK06752 e a proteína hipotética conservada (Figo suplementar. 3g, i). Além disso, geminivírus e CRESSV6 codificam proteínas homólogas capsides sugerindo que eles evoluíram de um ancestral viral comum ao invés de convergirem de dois grupos de plasmídeos capturando genes homólogos da proteína capsida. O Clade 2 inclui Reps bacterianos de pCRESS1-3 e, como um grupo irmão, vírus de COSSV1 através do CRESSV5, enquanto vírus semelhantes ao GasCSV são aninhados dentro do pCRESS2 bacteriano.
de Máxima verossimilhança árvore filogenética da Rep proteínas. Gascsv-associated circular ssDNA virus. A árvore foi construída com PhyML78. Ramos com suporte a valores abaixo de 70 são contratados
A robustez do PhyML árvore foi validado por análises adicionais (Suplementares, Nota 1), incluindo (i) máxima verossimilhança análises filogenéticas utilizando RAxML e IQ-Árvore, com a alternativa ramo de métodos de apoio (Figura S5); (ii) reconstrução filogenética utilizando o modelo de mistura de 20 perfis (figura S5); (III) análise estatística das topologias das árvores não constrangidas e 3 condicionadas (quadro suplementar 2). Coletivamente, estes resultados indicam que a topologia da árvore obtida é altamente robusta e é provável que reflita com precisão a história evolutiva dos Reps codificados por vírus e plasmídeos de Agriões-DNA.notavelmente, a análise dos motivos conservados (Fig. 3) sugere uma associação específica entre os vírus Reps no clado 1 e pcress3 bacteriano (ao invés de pCRESS1–3 coletivamente), implicando que a colocação filogenética pode ser afetada por eventos de recombinação antigos. Além disso, bacilladnavirus foram omitidos da árvore filogenética global porque seus Reps exibiam posição instável na filogenia, dependendo da amostragem de táxons (Figo suplementar. 6), possivelmente, devido ao pequeno número de sequências disponíveis, sua alta divergência e potencial quimerismo. Independentemente, análise filogenética sugere fortemente que a maioria de AGRIÃO-do DNA do vírus, incluindo circoviruses, smacoviruses, nanoviruses, e CRESSV1–5, evoluíram de um ancestral comum com bacteriana Repetições de pCRESS1–3, enquanto que a cultivar GasCSV-como os vírus surgem diretamente do bacteriana pCRESS2 Repetições (Fig. 5). A proveniência do conjunto, incluindo geminivírus, genomovírus e CRESSV6, é menos clara, mas pode ser anterior ao aparecimento dos outros grupos de vírus Agriões-DNA e possivelmente envolveu um ancestral comum com o supergrupo YLxH. The Reps of bacterian pCRESS9 and P. os plasmídeos de pulchra foram provavelmente adquiridos horizontalmente mais recentemente dos correspondentes vírus de Agriões-ADN.