Para se divertir, aqui estão alguns exemplos de definições:
Para entender sistemas biológicos complexos requer a integração de dispositivos experimentais e pesquisas computacionais — em outras palavras, uma abordagem da biologia de sistemas. (Kitano, 2002)
biologia de Sistemas de estudos de sistemas biológicos, sistematicamente, perturbar-lhes (biológica, geneticamente, ou quimicamente); acompanhamento do gene, a proteína e informativos via respostas; integrando estes dados, e finalmente, formulando modelos matemáticos que descrevem a estrutura do sistema e sua resposta a perturbações individuais. (Ideker et al, 2001)
o objetivo da biologia de sistemas, definido como a compreensão do comportamento da rede, e em particular os seus aspectos dinâmicos, o que requer a utilização de methematical modelagem intimamente ligado à experiência. (Cassman, 2005)
ao descobrir como a função surge em interações dinâmicas, a biologia dos sistemas aborda as ligações em falta entre moléculas e fisiologia. A biologia de sistemas Top-down identifica redes de interação molecular com base no comportamento molecular correlacionado observado em estudos de “omics” em todo o genoma. Bottom-up systems biology examina os mecanismos através dos quais as propriedades funcionais surgem nas interações de componentes conhecidos. (Brugggeman and Westerhoff, 2007)
Why is it so difficult to come up with a concise definition of systems biology? Uma das razões pode ser que cada definição tem de respeitar um equilíbrio delicado entre “o yin e o yang” da disciplina: a integração de abordagens experimentais e computacionais (Kitano, 2002); o equilíbrio entre abordagens sistemáticas à escala do genoma (Ideker et al, 2001)e estudos quantitativos de menor escala (Tyson et al, 2001); estratégias top-down versus bottom-up para resolver arquitetura de sistemas e propriedades funcionais (Bruggeman e Westerhoff, 2007). Mas, apesar da diversidade de opiniões e pontos de vista, pode haver dois aspectos principais, que são conservados através destas definições: a) um sistema de nível de abordagem tenta considerar todos os componentes de um sistema; b) as propriedades e interações dos componentes estão ligados com as funções desempenhadas pelo intacto o sistema através de um modelo computacional. Isto pode, de fato, revelar outra fonte de dificuldade ao tentar definir a biologia dos sistemas, que é encontrar uma definição geral e objetiva de “função biológica” (ou “objetivo do sistema” de Lander, veja nossa breve Posteologia e Biologia dos sistemas). Sinta-se livre para comentar e sugerir sobre isso…
Em qualquer caso, ao invés de tentar muito difícil traçar limites conceituais com definições teóricas, eu pensei que seria interessante ver como o campo se define. Introduzi todos os artigos originais de pesquisa publicados em Biologia Molecular no del.icio.nós e marcamos as entradas para ter uma idéia da distribuição de vários aspectos da pesquisa que publicamos. Inevitavelmente, minhas tags têm significados bastante amplos e os limites são muitas vezes confusos (por exemplo, o que é um “mecanismo”?), mas eu tentei o meu melhor levando em conta as seguintes dimensões: escala do estudo: genenome-wide vs small scale or single-cell, etc
insight ganhou: dinâmica do sistema, propriedades globais (modularidade, robustez, capacidade de evolução…), visão mecanicista, etc…
Aqui está o resultado, como uma “nuvem de tags”
Há um claro e não muito surpreendente, a dominância de todo o genoma ‘”ómicas” -tipo de estudos (em particular transcriptomics). Mas também é bom ver que os estudos de pequena escala, muitas vezes usando abordagens quantitativas e focando na dinâmica dos sistemas também estão bem representados. Mais uma vez, esta classificação é muito grosseira e um pouco arbitrária, mas fornece, no entanto, em um olhar, uma visão geral da paisagem da biologia dos sistemas. Se eu encontrar tempo, vou tentar aperfeiçoar os conceitos e introduzir o nosso conteúdo de uma forma mais estruturada no freebase. Encontrar uma maneira estruturada de caracterizar o “insight” de um estudo pode ser particularmente desafiador, mas pode ser um exercício instrutivo.