|
Automático do oligonucleotide design baseados em PCR do gene síntese
|
Ajuda
|
A disponibilidade de seqüências de todo o genomas aumentou significativamente o número de alvos de proteína, muitos dos quais precisam ser overexpressed em células de outros que a fonte original de DNA. A síntese genética proporciona frequentemente uma abordagem rápida e economicamente eficiente. O gene sintético pode ser otimizado para a expressão e construído para fácil manipulação mutacional sem ter em conta o genoma pai. No entanto, o design e a construção de genes sintéticos, especialmente aqueles que codificam proteínas grandes, podem ser um processo lento, difícil e confuso. A DNAWorks automatiza o design de oligonucleótidos para síntese de genes por métodos baseados em PCR.
uma descrição da DNAWorks original pode ser encontrada em nossa publicação (Hoover, D. e Lubkowski, J., 2002).
para melhorias adicionais no desempenho de DNAWorks, feedback sobre o sucesso ou falha da síntese de genes usando DNAWorks é muito importante. Por favor, informe-nos sobre o resultado das suas experiências de síntese.
DNAWorks é de código aberto, e pode ser baixado de https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Se você pode encontrar um compilador Fortran, você pode executar o DNAWorks através da linha de comandos.
exemplo:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc