em 1904, Magón fugiu do México quando os tribunais proibiram a impressão de seus escritos e ele permaneceu nos Estados Unidos pelo resto de sua vida. Metade deste período foi passado na prisão. Ele retomou a publicação da Regeneración e liderou o Partido Liberal Mexicano (PLM) (Partido Liberal Mexicano) do exterior. Em 1906, foi para a Califórnia. Nessa época, revoltas da PLM ocorreram no México, que foram esmagadas pelo governo mexicano. Os EUA simpatizaram com o governo mexicano e começaram a prender líderes da PLM nos EUA. Magón estava com medo de ser pego e retornado ao México, onde enfrentou a possibilidade de execução.em 1907, um detetive americano chamado Thomas Furlong foi empregado por Enrique Creel, então governador de Chihuahua, para localizar dissidentes mexicanos nos Estados Unidos. Havia um grande número de expatriados que sabiam do seu paradeiro e, como resultado, Furlong não teve dificuldade em Localizar os dissidentes na cidade. Magón, no entanto, vivia em grande segredo em Los Angeles. Ele usou um pseudônimo, e apenas duas outras pessoas na cidade sabiam sua verdadeira identidade. Se precisavam de vê-lo, fizeram-no entre a meia-noite e o amanhecer. Os dissidentes em St. Louis logo se aperceberam que estavam a ser procurados por agentes que trabalhavam para o governo mexicano. Librado Rivera deixou a cidade a fim de escapar da captura e, embora ele estava constantemente em alerta para agentes que poderiam estar perseguindo-o, ele não conseguiu iludi-los. Ele foi seguido para Los Angeles e para o local de residência de Magón. Furlong manteve a casa sob vigilância por algum tempo. Finalmente, em 23 de agosto de 1907, Magón, Rivera e Antonio Villarreal foram levados sob custódia por Furlong, dois de seus assistentes e alguns oficiais do Departamento de polícia de Los Angeles.Magón e outros membros da PLM organizaram uma brigada de revolucionários em Douglas, Arizona, nos anos anteriores à sua mudança para Los Angeles. Uma expedição foi enviada para as minas de cobre Cananeia a cerca de 30 milhas da fronteira sul do Arizona com a suposta intenção de exterminar todos os americanos empregados nas minas e sobre as mesmas. A brigada tinha sido perseguida pelos Rangers do Arizona que os colocaram em fuga, capturando alguns deles. Magón e seus companheiros foram extraditados para Tombstone, Arizona, onde foram acusados de violar as leis de neutralidade dos Estados Unidos. Embora a esquerda americana e mexicana se unissem em sua defesa, eles foram condenados e sentenciados a dezoito meses na prisão Territorial de Yuma, mais tarde sendo transferidos para o complexo prisional do Estado do Arizona – Florença. Eles foram lançados em 1910 e novamente retomaram a publicação da Regeneración a partir de um escritório no centro de Los Angeles. A Guerra Civil mexicana começou naquele mesmo ano, e os Magonistas, como as forças da PLM eram conhecidas, estavam envolvidos em combate em todo o México, juntamente com as forças de Pancho Villa, Emiliano Zapata e Venustiano Carranza e Francisco I. Madero.em maio de 1911, Diaz foi derrotado. Madero organizou uma eleição, que ele ganhou, enganando o eleitorado mexicano em acreditar que ele tinha se unido forças com a PLM. Magón continuou a se opor à vasta presença econômica americana no México, e à contínua expropriação de terras camponesas por Madero. Foi preso outra vez. Depois de dois anos na prisão no Estado de Washington, ele foi libertado e se estabeleceu com o irmão Enrique em Edendale, ao norte do reservatório Silver Lake. A PLM não tinha fundos até este momento, e os irmãos e seus amigos cultivavam e criavam galinhas no terreno alugado. Ele continuou publicando Regeneración e fazendo discursos na região. Ele foi novamente preso em 1916, acusado de enviar “materiais indecentes” através do correio dos EUA. Com a ajuda de Emma Goldman, ele pagou a fiança. Em 1918, publicou um manifesto anti-guerra. Nisto ele escreveu: “a morte da velha ordem está próxima. Está a ser sussurrada nos bares, teatros, eléctricos e casas, especialmente nas nossas casas, nas casas dos que estão no fundo. Por estes escritos, ele foi acusado de sedição sob a Lei de espionagem de 1917, condenado e condenado a vinte anos por “obstruir o esforço de guerra”, uma violação da Lei de espionagem de 1917. A administração Wilson conduziu o que foi chamado de “The Palmer Raids”, uma repressão por atacado contra dissidentes de guerra e esquerdistas que também varreram socialistas notáveis como Eugene V. Debs. Magón morreu na Penitenciária de Leavenworth, no Kansas. Ele tinha sofrido de diabetes por muitos anos e estava perdendo sua visão na época de sua morte.a causa da morte de Flores Magón foi contestada. Alguns acreditam que ele foi deliberadamente assassinado por guardas prisionais. Outros afirmam que ele morreu como resultado da deterioração da saúde causada por sua longa prisão, possivelmente exacerbada pela negligência médica por funcionários e funcionários da Penitenciária de Leavenworth. Magón escreveu várias cartas a amigos queixando-se de problemas de saúde debilitantes e do que ele percebeu ser negligência proposital do pessoal da prisão.a Câmara dos Deputados mexicana aprovou uma resolução solicitando a repatriação do corpo de Magón. Ele afirmou,
O abaixo-assinado Deputados, animado pelo desejo de prestar homenagem póstuma ao grande revolucionário Mexicano, Ricardo Flores Magón, mártir e apóstolo de idéias libertárias, que acaba de morrer pobre e cego na célula de uma Yankee de prisão, propor que esta honorável Assembleia passar a seguinte resolução: Que os restos mortais de Ricardo Flores Magón sejam trazidos para o solo de sua terra natal, à custa do Governo Mexicano. Pedimos que se actue imediatamente, sem que seja feita referência à Comissão.(Assinado) Juliana S. González, Antonio G. Rivera, E. Barão Obregon, J. M. Alvarez Del Castillo, R. Diaz Para’ro Y Gama, e outros
— Hall do Congresso do méxico, México, D. F., 22 de novembro de 1922
As autoridades dos EUA negou o pedido e Magón foi enterrado em Los Angeles. Seus restos mortais foram finalmente repatriados em 1945 e enterrados na Rotunda de ilustres pessoas na Cidade Do México.