En 1904, Magón a fui le Mexique lorsque les tribunaux ont interdit l’impression de ses écrits et il est resté aux États-Unis pour le reste de sa vie. La moitié de cette période a été passée en prison. Il a repris la publication de Regeneración et a dirigé le Partido Liberal Mexicano (PLM) (Parti libéral mexicain) de l’étranger. En 1906, il se rend en Californie. À cette époque, des soulèvements du PLM ont eu lieu au Mexique, qui ont été écrasés par le gouvernement mexicain. Les États-Unis ont sympathisé avec le gouvernement mexicain et ont commencé à mettre en détention les dirigeants du PLM aux États-Unis. Magón craignait d’être arrêté et renvoyé au Mexique, où il risquait d’être exécuté.
En 1907, un détective américain du nom de Thomas Furlong fut employé par Enrique Creel, alors gouverneur de Chihuahua, pour localiser les dissidents mexicains aux États-Unis. Le siège américain du PLM était à Saint-Louis à cette époque. Il y avait un grand nombre d’expatriés qui savaient où il se trouvait et, par conséquent, Furlong n’avait aucune difficulté à localiser les dissidents dans la ville. Magón, cependant, vivait dans le plus grand secret à Los Angeles. Il utilisait un pseudonyme et seules deux autres personnes de la ville connaissaient sa véritable identité. S’ils avaient besoin de le voir, ils le faisaient entre minuit et l’aube. Les dissidents de Saint-Louis ont vite compris qu’ils étaient recherchés par des agents travaillant pour le gouvernement mexicain. Librado Rivera a quitté la ville afin d’échapper à la capture et bien qu’il était constamment en alerte pour les agents qui pourraient l’observer, il n’a pas réussi à leur échapper. Il a été suivi à Los Angeles et au lieu de résidence de Magón. Furlong a gardé la maison sous surveillance pendant un certain temps. Finalement, le 23 août 1907, Magón, Rivera et Antonio Villarreal sont arrêtés par Furlong, deux de ses assistants et quelques officiers du département de police de Los Angeles.
Magón et d’autres membres du PLM avaient organisé une brigade de révolutionnaires à Douglas, en Arizona, dans les années précédant son déménagement à Los Angeles. Une expédition a été envoyée dans les mines de cuivre de Cananea à une trentaine de kilomètres de la frontière sud de l’Arizona avec l’intention présumée d’exterminer tous les Américains employés dans et autour des mines. La brigade avait été poursuivie par les Rangers de l’Arizona qui les ont mis en fuite, capturant quelques-uns d’entre eux. Magón et ses compagnons ont été extradés à Tombstone, en Arizona, où ils ont été accusés d’avoir violé les lois de neutralité des États-Unis. Bien que la gauche américaine et mexicaine se soit ralliée à leur défense, ils ont été reconnus coupables et condamnés à dix–huit mois à la prison territoriale de Yuma, puis transférés au complexe pénitentiaire d’État de l’Arizona – Florence. Ils ont été libérés en 1910 et ont repris la publication de Regeneración dans un bureau du centre-ville de Los Angeles. La guerre civile mexicaine a commencé la même année, et les Magonistas, comme les forces du PLM étaient connues, ont été impliquées dans des combats dans tout le Mexique, avec les forces de Pancho Villa, Emiliano Zapata et Venustiano Carranza et Francisco I. Madero.
En mai 1911, Diaz est vaincu. Madero organisa une élection qu’il remporta en trompant l’électorat mexicain en lui faisant croire qu’il s’était allié au PLM. Magón continua à s’opposer à la vaste présence économique américaine au Mexique et à l’expropriation continue des terres paysannes par Madero. Il a de nouveau été arrêté. Après deux ans de prison dans l’État de Washington, il a été libéré et s’est installé avec son frère Enrique à Edendale, juste au nord du réservoir de Silver Lake. Le PLM n’avait pas de fonds à cette époque, et les frères et leurs amis élevaient et élevaient des poulets sur le terrain loué. Il a continué à publier Regeneración et à prononcer des discours dans la région. Il est de nouveau arrêté en 1916, accusé d’avoir envoyé des » documents indécents » par la poste américaine. Avec l’aide d’Emma Goldman, il a fait une caution. En 1918, il publie un manifeste anti-guerre. En cela, il a écrit: « La mort de l’ancien ordre est proche. Il est chuchoté dans les bars, les théâtres, les tramways et les maisons, en particulier dans nos maisons, les maisons de ceux qui sont au fond. Pour ces écrits, il a été accusé de sédition en vertu de l’Espionage Act de 1917, reconnu coupable et condamné à vingt ans de prison pour « entrave à l’effort de guerre « , une violation de l’Espionage Act de 1917. L’administration Wilson a mené ce qu’on a appelé les raids Palmer, une répression massive contre les dissidents de guerre et les gauchistes qui a également balayé des socialistes notables tels que Eugene V. Debs. Magón est décédé au pénitencier de Leavenworth au Kansas. Il souffrait de diabète depuis de nombreuses années et perdait la vue au moment de sa mort.
La cause de la mort de Flores Magón a été contestée. Certains pensent qu’il a été délibérément assassiné par des gardiens de prison. D’autres soutiennent qu’il est décédé des suites de la détérioration de sa santé causée par sa longue incarcération, peut-être exacerbée par la négligence médicale des responsables et du personnel du pénitencier de Leavenworth. Magón a écrit plusieurs lettres à des amis se plaignant de problèmes de santé débilitants et de ce qu’il considérait comme une négligence délibérée de la part du personnel de la prison.
La Chambre des députés du Mexique a adopté une résolution demandant le rapatriement du corps de Magón.
Les Députés soussignés, animés par la volonté de rendre un hommage posthume au grand révolutionnaire mexicain, Ricardo Flores Magón, martyr et apôtre des idées libertaires, qui vient de mourir pauvre et aveugle dans la cellule d’une prison yankee, proposent que cette honorable Assemblée adopte la résolution suivante: Qu’il repose sur le sol de sa terre natale, aux frais du gouvernement mexicain, la dépouille mortelle de Ricardo Flores Magón. Nous demandons que cette question soit immédiatement examinée sans renvoi au comité.(Signé) Julian S. Gonzalez, Antonio G. Rivera, E. Baron Obregon, J. M. Alvarez Del Castillo, A. Diaz So’ro Y Gama, et d’autres
— Salle du Congrès mexicain, Mexique, D.F., 22 novembre 1922
Les autorités américaines ont rejeté la demande et Magón a été enterré à Los Angeles. Sa dépouille est finalement rapatriée en 1945 et inhumée à la Rotonde des Illustres à Mexico.