AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

cuprins

• caracteristici
• Licență
• Tutorial
• Întrebări frecvente
• note de platformă și instalare
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • construirea de la sursă
• alte programe
• utilizare
  • rezumat
  • fișier de configurare
  • spațiu de căutare
  • exhaustivitate
  • ieșire
  • opțiuni avansate
• screening virtual
• istoric
• citare
• obținerea de ajutor
• raportarea erorilor

caracteristici

precizie AutoDock Vina îmbunătățește semnificativ precizia medie a predicțiilor modului de legare în comparație cu autodock 4, judecând după testele noastre pe setul de antrenament utilizat în dezvoltarea Autodock 4. În plus și independent, AutoDock Vina a fost testat pe un benchmark virtual de screening numit directorul momelilor utile de către Grupul Watowich și s-a dovedit a fi”un concurent puternic împotriva celorlalte programe și în partea de sus a pachetului în multe cazuri”. Trebuie remarcat faptul că toate cele șase celelalteprogramele de stocare, la care a fost comparat, sunt distribuite comercial. Compatibilitatea instrumentelor AutoDock pentru intrarea și ieșirea sa, Vina folosește același format de fișier cu structură moleculară PDBQT utilizat de AutoDock. Fișierele PDBQT pot fi generate (interactiv sau în modul de lot) și vizualizate folosind MGLTools.Nu sunt necesare alte fișiere, cum ar fi fișierele parametrilor AutoDock și autogrid (GPF, DPF) și grid map.

precizia predicției modului de legare pe setul de testare. „AutoDock „se referă la AutoDock 4, iar” Vina ” la Autodock Vina 1.

ușurința de Utilizare

filozofia de design Vina nu este de a solicita utilizatorului să înțeleagă detaliile sale de implementare, tweak parametrii de căutare obscure, rezultatele cluster sau știu algebra avansat (cuaternioni). Tot ceea ce este necesar este structurile moleculelor care sunt andocate și specificarea spațiului de căutare, inclusiv site-ul de legare. Nu este necesară calcularea hărților grilei și atribuirea sarcinilor atomice. Rezumatul de utilizare poate fi tipărit cu „vina --help„. Rezumatul rămâne automat sincronizat cu posibilele scenarii de utilizare.

calitatea implementării

• prin proiectare, rezultatele nu ar trebui să aibă o prejudecată statistică legată de conformația structurii de intrare.
• se acordă atenție verificării corectitudinii sintactice a erorilor de intrare și raportare către utilizator într-o manieră lucidă.
• invarianța lungimilor legăturii covalente este verificată automat în structurile de ieșire.
• Vina evită impunerea unor restricții artificiale, cum ar fi numărul de atomi din intrare, numărul de torsiuni, dimensiunea spațiului de căutare, exhaustivitatea căutării etc.

lanțuri laterale flexibile

ca și în AutoDock 4, unele lanțuri laterale ale receptorilor pot fi alese pentru a fi tratate ca flexibile în timpul andocării.

viteza AutoDock Vina tinde să fie mai rapidă decât AutoDock 4 prin ordine de mărime. Mai multe procesoare/nuclee în plus, Vina poate profita de mai multe procesoare sau nuclee CPU pe sistemul dvs. pentru a scurta semnificativ timpul de funcționare. World Community Grid proiecte calificate pot rula calcule Vina AutoDock gratuit pe masiv paralel World Community Grid.Proiectele existente care utilizează Autodock Vina acolo includ acele targetingAIDS,malarie, Leishmaniasis andSchistosomiasis.Unele dintre aceste proiecte au o medie de calcul de peste 50 de ani pe zi.

timpul mediu per pereche receptor-ligand pe setul de testare.”AutoDock „se referă la AutoDock 4, iar” Vina ” la Autodock Vina 1.

Licență

Autodock Vina este lansat sub o licență Apache foarte permisivă, cu puține restricții privind utilizarea comercială sau necomercială sau asupra lucrărilor derivate.Textul licenței poate fi găsit aici.

Tutorial

dacă nu ați folosit niciodată Autodock Vina înainte, vă rugăm să studiați tutorialul Video înainte de a încerca să îl utilizați.

acest tutorial video demonstrează andocarea moleculară a Imatinib folosind vina cu instrumente autodock și pymol

Întrebări frecvente

cum pentru a începe să înveți să folosești vina?

vizionarea tutorialului video ar putea fi cel mai bun mod de a face acest lucru.

care este semnificația sau semnificația numelui „Vina”? De ce a fost dezvoltat?

vă rugăm să consultați acest post lista de discuții.

cât de precis este Autodock Vina?

vezi caracteristici

trebuie remarcat faptul că precizia predictivă variază foarte mult în funcție de țintă, deci este logic să evaluați Vina Autodock împotriva țintei dvs. particulare mai întâi,dacă aveți active cunoscute sau o structură de ligand nativ legat, înainte de a comanda compuși. În timp ce evaluați orice motor de andocare într-un ecran virtual retrospectiv, ar putea avea sens să selectați momeli de dimensiuni similare și, probabil,alte caracteristici fizice, pentru activele dvs. cunoscute.

care este diferența dintre Autodock Vina și AutoDock 4?

AutoDock 4 (și versiunile anterioare) și AutoDock Vina au fost ambele dezvoltate în laboratorul de grafică moleculară de la Institutul de Cercetare Scripps. Autodock Vina moștenește unele dintre ideile și abordările AutoDock 4, cum ar fi tratarea andocării ca o opimizare globală stocastică a funcției de notare, precalcularea hărților grilei (Vina face asta intern) și alte trucuri de implementare, cum ar ficalcularea interacțiunii dintre fiecare pereche de tip atom la fiecare distanță. De asemenea, utilizează același tip de format de structură (PDBQT) pentru o compatibilitate maximă cu software-ul auxiliar.

cu toate acestea, codul sursă,Funcion de notare și algoritmii reali utilizați sunt noi, deci este mai corect să ne gândim la Autodock Vina ca o nouă „generație”, mai degrabă decât „versiune” a AutoDock. Performanța a fost comparată în publicația originală și , în medie, AutoDock Vina a făcut-oconsiderabil mai bine, atât în ceea ce privește viteza, cât și precizia. Cu toate acestea, pentru orice țintă dată, oricare program poate oferi un rezultat mai bun, chiar dacă Autodock Vina este mai probabil să facă acest lucru.Acest lucru se datorează faptului că funcțiile de notare sunt diferite și ambele sunt inexacte.

care este diferența dintre instrumentele Autodock Vina și AutoDock?

AutoDock Tools este un modul din pachetul software MGL Tools special pentru generarea de intrare (fișiere PDBQT) forAutoDock sau Vina. Poate fi folosit și pentru vizualizarea rezultatelor.

pot andoca două proteine cu Autodock Vina?

s-ar putea să puteți face asta, dar Autodock Vina este proiectat numai pentru andocarea receptorului-ligand. Există programe mai bune pentru andocarea proteinelor-proteine.

va rula Vina pe mașina mea pe 64 de biți?

Da. Prin design, mașinile moderne pe 64 de biți pot rula binare pe 32 de biți nativ.

De ce primesc „nu pot deschide conf.txt ” eroare? Fișierul există!

deseori, browsere de fișiere ascunde extensia de fișier, astfel încât în timp ce credeți că aveți un fișier „conf.txt„, este de fapt numit „conf.txt.txt„.Această setare poate fi modificată în panoul de control sau în preferințele sistemului.

de asemenea, trebuie să vă asigurați că calea de fișier pe care o furnizați este corectă în ceea ce privește directorul (folderul) în care vă aflați, de ex.dacă vă referiți pur și simplu laconf.txt în linia de comandă, asigurați-vă că vă aflați în același director (folder)ca și acest fișier. Puteți utiliza ls sau dir comenzi pe Linux/MacOS și Windows, respectiv, pentru a lista conținutuldin directorul dvs.

de ce primesc „erori de utilizare” cand incerc sa urmaresc tutorialul video?

opțiunile liniei de comandă s-au schimbat oarecum de când tutorialul a fost înregistrat. În special, ” --out „înlocuit”--all„.Vina rulează bine pe mașina mea, dar când o rulez pe clusterul meu exotic Linux, primesc o eroare „boost thread resource”. De ce?

cluster-ul Linux este configurat în așa fel încât să nu permită fire de reproducere. Prin urmare, Vina nu poate rula. Contactați administratorul de sistem.

de ce este Conformația mea andocată diferită de ceea ce obțineți în tutorialul video?

algoritmul de andocare este nedeterminist. Chiar dacă cu această pereche receptor-ligand, minimul funcției de notare corespunde conformației corecte,algoritmul de andocare uneori nu reușește să o găsească. Încercați de mai multe ori și vedeți-vă singuri. Rețineți că probabilitatea de a nu găsi mininum poate fi diferită cu un sistem diferit.

Conformația mea andocată este aceeași, dar energiile mele sunt diferite de ceea ce obțineți în tutorialul video. De ce?

funcția de notare s-a schimbat de la înregistrarea tutorialului, dar numai în partea care este independentă de conformație:penalizarea specifică ligandului pentru flexibilitate s-a schimbat.

De ce rezultatele mele arată ciudat în PyMOL?PDBQT nu este un format standard de structură moleculară. Versiunea PyMOL folosită în tutorial (0.99rc6) se întâmplă să o afișeze bine (deoarece PDBQT este oarecum similar cu PDB).Este posibil să nu fie cazul versiunilor mai noi ale PyMOL.

orice alt mod de a vedea rezultatele?

de asemenea, puteți vizualiza fișiere PDBQT în PMV (parte a instrumentelor MGL) sau le puteți converti într-un alt format de fișier (de exemplu, folosind instrumente AutoDock sau cu „salvare ca” în PMV)

cât de mare ar trebui să fie spațiul de căutare?

cât mai mic posibil, dar nu mai mic. Cu cât spațiul de căutare este mai mic, cu atât este mai ușor pentru algoritmul de andocare să îl exploreze.Pe de altă parte, nu va explora ligandul și pozițiile flexibile ale atomului lanțului lateral în afara spațiului de căutare. Probabil ar trebui să evitați spațiile de căutare mai mari decât 30 x 30 x 30 Angstrom, dacă nu creșteți și „--exhaustiveness„.

de ce văd un avertisment despre volumul spațiului de căutare fiind peste 27000 Angstrom^3?

acest lucru este probabil pentru că ați intenționat să specificați dimensiunile spațiului de căutare în „puncte grilă” (0.375 Angstrom), ca în AutoDock 4.AutoDock Vina dimensiunile spațiului de căutare sunt date în Angstroms în schimb. Dacă intenționați cu adevărat să utilizați un lucru neobișnuitspațiu mare de căutare, puteți ignora acest avertisment, dar rețineți că munca algoritmului de căutare poate fi mai dificilă.Poate fi necesar să măriți valoarea exhaustiveness pentru a compensa acest lucru. Acest lucru va duce la un timp de rulare mai lung.

conformația legată pare rezonabilă, cu excepția hidrogenilor. De ce?

AutoDock Vina folosește de fapt o funcție de notare a atomilor uniți, adică una care implică doar atomii grei.Prin urmare, pozițiile hidrogenilor din ieșire sunt arbitrare.Hidrogenii din fișierul de intrare sunt folosiți pentru a decide care atomi pot fi donatori sau acceptori de legături de hidrogen,deci protonarea corectă a structurilor de intrare este încă importantă.

ce controlează cu adevărat „exhaustivitatea”, sub capotă?

în implementarea curentă, calculul de andocare constă dintr-un număr de rulări independente, pornind de la conformații aleatorii.Fiecare dintre aceste runde constă dintr-un număr de pași secvențiali. Fiecare pas implică o perturbare aleatorie a conformației urmată de o optimizare locală (folosind algoritmul Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno) și o selecție în care Pasul este acceptat sau nu. Fiecare optimizare locală implică multe evaluări ale funcției de notare, precum și derivatele sale în coordonatele poziție-orientare-torsiuni.Numărul de evaluări într-o optimizare locală este ghidat de convergență și alte criterii.Numărul de pași dintr-o alergare este determinat euristic, în funcție de mărimea și flexibilitatea ligandului și a lanțurilor laterale flexibile. Cu toate acestea, numărul de rulări este setat de parametrul exhaustiveness. Deoarece alergările individuale sunt executate în paralel, acolo unde este cazul,exhaustiveness limitează și paralelismul.Spre deosebire de AutoDock 4, în AutoDock Vina, fiecare rulare poate produce mai multe rezultate: rezultatele intermediare promițătoare sunt amintite.Acestea sunt îmbinate, rafinate, grupate și sortate automat pentru a produce rezultatul final.

De ce nu primesc conformația corectă legată?

poate fi oricare dintr-o serie de lucruri:

• dacă veniți de la AutoDock 4, o greșeală foarte frecventă este să specificați spațiul de căutare în „puncte” (0.375 Angstrom), în loc de angstromi. este posibil ca ligandul sau receptorul dvs. să nu fi fost protonat corect.
• ghinion (algoritmul de căutare ar fi putut găsi conformația corectă cu probabilitate bună, dar a fost pur și simplu ghinionist). Încercați din nou cu o altă sămânță.
• minimul funcției de notare corespunde conformației corecte, dar algoritmul de căutare are probleme în găsirea acesteia. În acest caz, exhaustivitatea mai mare sau spațiul de căutare mai mic ar trebui să ajute.
• minimul funcției de notare pur și simplu nu este acolo unde este conformația corectă. Încercarea din nou și din nou nu va ajuta, dar poate da ocazional răspunsul corect dacă două greșeli (căutare inexactă și notare) fac un drept. Docking-ul este o abordare aproximativă.
• legat de cele de mai sus, vinovatul poate fi, de asemenea, calitatea structurii receptorului cu raze X sau RMN.
• dacă nu faceți redocking, adică folosind forma corectă de potrivire indusă a receptorului, poate că efectele de potrivire induse sunt suficient de mari pentru a afecta rezultatul experimentului de andocare.
• inelele pot fi rigide numai în timpul andocării. Poate că au o conformație greșită, afectând rezultatul.
• utilizați un ligand 2D (plat) ca intrare.
• conformația legată reală a ligandului poate fi ocazional diferită de ceea ce arată structura cu raze X sau RMN.
• alte probleme

Cum pot modifica funcția de notare?

puteți schimba greutățile cu ușurință, specificându-le în fișierul de configurare sau în linia de comandă. De exemplu

vina --weight_hidrogen -1.2 ...

dublează intensitatea tuturor legăturilor de hidrogen.

funcționalitatea care ar permite utilizatorilor să creeze noi tipuri de atomi și pseudo-atomi și să specifice propriile funcții de interacțiune este planificată pentru viitor.

Acest lucru ar trebui să faciliteze adaptarea funcției de notare la ținte specifice,să modeleze andocarea covalentă și flexibilitatea macro-ciclului,să experimenteze noi funcții de notare și,folosind pseudo-atomi, să creeze modele de interacțiune direcțională.

rămâneți la curent cu lista de corespondență AutoDock, dacă doriți să fiți notificat cu privire la orice versiune beta-test.

De ce nu primesc atâtea moduri de legare pe care le specific cu „--num_modes„?

această opțiune specifică numărul maxim de moduri de legare la ieșire. Algoritmul de andocare poate găsi mai puține moduri de legare” interesante ” pe plan intern.Numărul de moduri de legare din ieșire este, de asemenea, limitat de „energy_range„, pe care poate doriți să îl măriți.

de ce nu se schimbă rezultatele când schimb încărcările parțiale?

AutoDock Vina ignoră taxele parțiale furnizate de utilizator. Are propriul mod de a face față interacțiunilor electrostatice prin termenii hidrofobi și de legare a hidrogenului. Consultați publicația originală pentru detalii despre funcția de notare.

am schimbat ceva, iar acum rezultatele de andocare sunt diferite. De ce?

În primul rând, dacă nu ați fi schimbat nimic, unele rezultate ar fi putut fi oricum diferite, datorită naturii nedeterministe a algoritmului de căutare.Reproductibilitatea exactă poate fi asigurată prin furnizarea aceluiași seed la ambele calcule, dar numai dacă toate celelalte intrări și parametri sunt la fel. Chiar și modificările minore ale intrării pot avea un efect similar cu o nouă sămânță aleatorie.Ceea ce are sens discutarea suntproprietățile statistice ale calculelor:de ex. „cu noua stare de protonare, Vina este mult mai puțin probabil să găsească conformația corectă andocată”.

cum folosesc lanțuri laterale flexibile?

împărțiți receptorul în două părți: rigid și flexibil, acesta din urmă fiind reprezentat oarecum similar cu modul în care este reprezentat ligandul. Consultați secțiunea „Fișiere Pdbqt cu Receptor flexibil” din Ghidul utilizatorului AutoDock4.2 (Pagina 14) pentru a afla cum să faceți acest lucru în instrumentele AutoDock.Apoi, puteți emite această comandă:vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.A se vedea, de asemenea, acest scrie-up pe acest subiect.

cum fac screeningul virtual?

vă rugăm să consultați secțiunea relevantă a manualului.

vă rugăm să rețineți că există o varietate de aplicații de gestionare a andocării pentru a vă ajuta în această sarcină.

nu am suficiente resurse de calcul pentru a rula un ecran virtual. Care sunt opțiunile mele?

este posibil să puteți rula proiectul dvs. pe grila comunității mondiale sau să utilizați DrugDiscovery@TACC. A Se Vedea Alte Programe.

am idei pentru noi caracteristici și alte sugestii.

pentru noile caracteristici propuse,ne place să existe un consens larg,rezultat dintr-o discuție publică,cu privire la necesitatea lor.Vă rugăm să luați în considerare începerea sau aderarea la o discuție pe lista de discuții AutoDock.

veți răspunde la întrebările mele despre Vina dacă vă trimit un e-mail sau vă sun?

nu. Vina este susținută de comunitate. Nu există nicio obligație pentru autori de a-i ajuta pe ceilalți cu proiectele lor.Vă rugăm să consultați această pagină pentru cum să obțineți ajutor.

note de platformă și instalare

Windows

compatibilitate

Vina este de așteptat să funcționeze pe Windows XP și sisteme mai noi.

instalarea

faceți dublu clic pe fișierul MSI descărcat și urmați instrucțiunile

rularea

Deschideți promptul de comandă și, dacă ați instalat Vina în locația implicită, tastați

"\Program Files\Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

dacă utilizați Cygwin, comanda de mai sus ar fi în schimb

/cygdrive/c/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help

vezi tutorialul video pentru detalii.Nu uitați să verificați alte programe pentru GUI etc.

Linux

compatibilitate

Vina este de așteptat să funcționeze pe x86 și sisteme compatibile Linux pe 64 de biți.

instalarea

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

opțional, puteți copia fișierele binare unde doriți.

rulează

./ autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --help

dacă executabilul este înPATH, puteți doar să tastați „vina --help” în schimb.Consultați tutorialul Video pentru detalii.Nu uitați să verificați alte programe pentru GUI etc.

Mac

compatibilitate

versiunea pe 64 de biți este de așteptat să funcționeze pe Mac OS X 10.15 (Catalina) și mai noi.Versiunea pe 32 de biți a Vina este de așteptat să funcționeze pe Mac OS X de la 10.4 (Tiger) până la 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type „vina --help” instead.Consultați tutorialul Video pentru detalii.Nu uitați să verificați alte programe pentru GUI etc.

construirea de la sursă

atenție: construirea Vina de la sursă nu este menită să fie făcută de utilizatorii obișnuiți!(aceste instrucțiuni ar putea fi depășite)

Pasul 1: Instalați o suită de compilatoare C++

pe Windows, poate doriți să instalați Visual Studio; pe OS X, Xcode; și pe Linux, suita de compilatoare GCC.

Pasul 2: instalați Boost

instalați Boost.(Versiunea 1.41.0 a fost utilizată pentru a compila binarele oficiale. Cu alte versiuni, norocul dvs. poate varia) apoi, construiți și rulați unul dintre programele de exemplu, cum ar fi exemplul Regex, pentru a confirma că ați finalizat acest pas. Dacă nu puteți face acest lucru, vă rugăm să solicitați ajutor din partea comunității Boost.

Pasul 3: Construiți Vina

dacă utilizați Visual Studio, poate doriți să creați trei proiecte:libmainșisplit, cu codul sursă din subdirectoarele corespunzătoare.libtrebuie să fie o bibliotecă, că celelalte proiecte depind de, șimainșisplittrebuie să fieaplicații cononsole. Pentru performanțe optime, nu uitați să compilați folosind modulRelease.

pe OS X și Linux, poate doriți să navigați la subdirectorulbuild corespunzător, personalizațiMakefilesetând căile și versiunea Boost, apoi tastați

make DEPENDMAKE

alt software

Disclaimer: Această listă are doar scop informativ și nu constituie o aprobare.

• instrumente special concepute pentru a fi utilizate cu Autodock Vina (în nici o ordine anume):
  • MGLTools, care include instrumente AutoDock (ADT) și Python Molecular Viewer (PMV). ADT este necesar pentru generarea fișierelor de intrare pentru Autodock Vina, iar PMV poate fi utilizat pentru vizualizarea rezultatelor
  • PyRx poate fi utilizat pentru a configura andocarea și screeningul virtual cu Autodock Vina și pentru a vizualiza rezultatele
  • noul plugin Autodock/Vina pentru PyMOL poate fi utilizat pentru a configura andocarea și screeningul virtual cu AutoDock Vina și pentru a vizualiza rezultatele
  • platforma de proiectare asistată de Computer folosind PyMOL este un alt plugin pentru PyMOL care integrează, de asemenea, AMBER, reduceți și glisați.
  • AutoGrow folosește Autodock Vina în procedura sa rațională de proiectare a medicamentelor
  • NNScore va re-înscrie rezultatele Vina folosind o rețea neuronală artificială instruită pe legarea MOAD și PDBBind
  • un strat Vina GUI pentru Windows de Biochem Lab Solutions poate fi utilizat pentru a facilita screeningul virtual cu AutoDock Vina
  • VSDK poate fi utilizat pentru a facilita screeningul virtual cu AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV pentru a facilita screeningul virtual cu autodock vina
  • drugdiscovery@TACC vă permite să faceți screeningul virtual cu Autodock vina prin intermediul site-ului lor web
  • NBCR CADD Pipeline oferă acces la screening-ul virtual cu Autodock Vina pe computerele NBCR
  • MOLA este un sistem de auto-configurare pentru screeningul virtual folosind AutoDock4/Vina pe clusterele de computere
  • SMINA este o modificare a Vina care se leagă de OpenBabel pentru I/O și acceptă modificări suplimentare ale funcției de notare
  • off-Target Pipeline este o platformă destinată facilitarea screening-ul virtual cu Autodock vina
  • World Community Grid pot fi utilizate de către calificat proiecte pentru a rula gratuit calculele Autodock Vina pe rețeaua masivă paralelă de computere, unde voluntarii își donează timpul CPU inactiv.
  • DockoMatic este o interfață grafică de utilizator destinată să faciliteze screeningul virtual cu AutoDock și AutoDock Vina.
  • VinaLC este o modificare a Vina de către Laboratorul Național Lawrence Livermore care profită de MPI pe clusterele de computere
• alte instrumente pe care este probabil să le găsiți utile în timpul andocării sau screeningului virtual cu Autodock Vina:
  • PyMOL este unul dintre cele mai populare programe de vizualizare moleculară și poate fi utilizat pentru vizualizarea rezultatelor de andocare
  • OpenBabel poate fi folosit pentru a converti între diferite formate de fișiere de structură, atribui stările de protonare etc.
  • ChemAxon Marvin poate fi folosit pentru a vizualiza structuri, converti între diferite formate de fișiere structură, atribui stările de protonare, etc.

utilizare

rezumat

rezumatul utilizării poate fi obținut cu”vina --help

intrare: -- receptor ARG parte rigidă a receptorului (PDBQT) - flex ARG lanțuri laterale flexibile, dacă există (PDBQT) - ligand ARG ligand (PDBQT)Spațiu de căutare (necesar): - center_x ARG x coordonata Centrului-center_y ARG y coordonata Centrului-center_z ARG z coordonata Centrului-size_x ARG dimensiune în dimensiunea X (Angstroms) - size_y ARG dimensiune în dimensiunea Y (Angstroms) - size_z ARG dimensiune în dimensiunea X (Angstroms) - size_z ARG dimensiune în dimensiunea Y (Angstroms) - size_z dimensiunea z (angstroms) ieșire (opțional): --out modele de ieșire ARG (pdbqt), implicit este ales pe baza numelui de fișier ligand --log ARG opțional, scrie jurnal filemisc (opțional): -- cpu ARG numărul de procesoare pentru a utiliza (implicit este de a încerca să detecteze numărul de procesoare sau, în caz contrar, utilizarea 1) - seed ARG semințe aleatoare explicite-exhaustiveness ARG (=8) exhaustiveness de căutare la nivel mondial (aproximativ proporțională cu timpul): 1+ - num_modes ARG (=9) numărul maxim de moduri de legare pentru a genera-energy_range arg (=3) diferența maximă de energie între cel mai bun mod de legare și cel mai rău poate fi pus aiciinformații (opțional): -- ajutor rezumat utilizare afișare - help_advanced rezumat utilizare afișare cu opțiuni avansate-versiune versiune program de afișare

fișier de configurare

pentru comoditate, unele opțiuni de linie de comandă pot fi plasate într-un fișier de configurare.

de exemplu:

receptor = hsg1/rigid.pdbqtligand = ligand.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y = 25size_z = 25energy_range=4

în cazul unui conflict, opțiunea liniei de comandă are prioritate față de fișierul de configurare.

Spațiu de căutare

spațiul de căutare restricționează efectiv locul în care ar trebui să se afle atomii mobili, inclusiv cei din lanțurile laterale flexibile.

exhaustivitate

cu setarea implicită (sau orice dată) aexhaustiveness, timpul petrecut în căutare este deja variat euristic în funcție de numărul de atomi, flexibilitate etc. În mod normal, nu are sens să petreci timp suplimentar căutând pentru a reduce probabilitatea de a nu găsi minimul global al funcției de notare dincolo de ceea ce este semnificativ mai mic decât probabilitatea ca minimul să fie departe de conformația nativă.Cu toate acestea, dacă simțiți că compromisul automat făcut între exhaustivitate și timp este inadecvat, puteți crește nivelulexhaustiveness. Acest lucru ar trebui să crească timpul liniar și să scadă probabilitatea de a nu găsi exponențial minimul.

ieșire

energie

afinitatea de legare prevăzută este înkcal/mol.

RMSD

valorile RMSD sunt calculate în raport cu cel mai bun mod și utilizează numai atomi grei mobili. Sunt furnizate două variante ale valorilor RMSD,rmsd/lb(limita inferioară RMSD) șirmsd/ub(limita superioară RMSD), diferind prin modul în care atomii sunt potriviți în calculul distanței:

• rmsd/ub se potrivește fiecărui atom într-o conformație cu el însuși în cealaltă Conformație, ignorând orice simetrie
• rmsd' se potrivește fiecărui atom într-o conformație cu cel mai apropiat atom de același tip de element în cealaltă Conformație (rmsd' nu poate fi utilizat direct, deoarece nu este simetric)
• rmsd/lb este definit după cum urmează:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

pozițiile hidrogenului

vina folosește o funcție de notare a atomului Unit. Ca și în AutoDock, hidrogenii polari sunt necesari în structurile de intrare pentru a tasta corect atomii grei ca donatori de legături de hidrogen. Cu toate acestea, în Vina, gradele de libertate care mișcă doar hidrogenii, cum ar fi torsiunile grupării hidroxil, sunt degenerate. Prin urmare, în ieșire, se poate aștepta ca unii atomi de hidrogen să fie poziționați aleatoriu (dar în concordanță cu structura covalentă). Pentru un tratament Unit-atom, aceasta este în esență o problemă cosmetică.

modele Separate

toate modurile de legare prezise, inclusiv pozițiile lanțurilor laterale flexibile, sunt plasate într-un fișier MULTIMODEL PDBQTSPECIFICAT de parametrul „out” sau ales implicit, pe baza numelui fișierului ligand. Dacă este necesar, acest fișier poate fi împărțitla modele individuale folosind un program separat numit „vina_split”, inclus în distribuție.

Opțiuni avansate

„opțiuni avansate” Autodock Vina sunt destinate a fi utilizate în principal de către persoanele interesate de dezvoltarea metodelor, mai degrabă decâtutilizatorii finali. Rezumatul de utilizare, inclusiv opțiunile avansate pot fi afișate cu

vina --help_advanced

opțiunile avansate permit

• notare fără minimizare
• efectuarea de optimizare locală numai
• randomizarea intrării fără căutare (acest lucru este util pentru testarea software-ului de andocare)
• schimbarea ponderilor de la valorile lor implicite (consultați hârtia pentru ceea ce înseamnă greutățile)
• afișarea contribuțiilor individuale la scorul intermolecular, înainte de ponderare (acestea sunt afișate cu „--score_only„; a se vedea lucrarea pentru ceea ce sunt termenii)

Screening Virtual

poate doriți să alegeți unele dintre instrumentele enumerate în alte Software-uri pentru a efectua screening virtual. Alternativ, dacă sunteți familiarizat cu scripturile shell, puteți face screening virtual fără ele.

exemplele de mai jos presupun că Bash este coaja ta. Acestea vor trebui adaptate nevoilor dvs. specifice.

Windows

pentru a efectua screeningul virtual pe Windows, puteți fie să utilizați scripturile Cygwin și Bash de mai jos, fie, alternativ, să le adaptați pentru limbajul de script Windows.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Scriptul presupune căvinaeste înPATH.În caz contrar, modificați-l în consecință.

Cluster PBS

Dacă aveți un cluster Linux Beowulf,puteți efectua dockings individuale în paralel.

continuând cu exemplul nostru, în loc să executăm toate dockingurile într-o buclă local,vom scrie un*.job script per ligand și vom folosiqsub (o comandă PBS)pentru a programa aceste scripturi să fie executate de cluster.

rulați acest script shell pentru a face acest lucru.Scriptul presupune că vina și qsub Sunt în PATH.În caz contrar, modificați-l în consecință.

odată ce lucrările au fost programate, puteți monitoriza starea lor cu

qstat-u `whoami`

selectarea celor mai bune rezultate

Dacă sunteți pe Unix și într-un director care conține directoare cu fișiere pdbqt, toate din care sunt autodock vina rezultate,puteți găsi acest script Python util pentru selectarea rezultatelor de top. Rulați-l ca:

vina_screen_get_top.py 10

pentru a obține numele fișierelor din primele 10 accesări, care pot fi apoi copiate cu ușurință.

istoric

scurte rezumate ale modificărilor între versiuni pot fi găsite aici.

citare

dacă ați folosit Autodock Vina în munca dvs., vă rugăm să citați:

O. Trott, A. J. Olson, Autodock Vina: îmbunătățirea vitezei și preciziei andocării cu o nouă funcție de notare, optimizare eficientă și multithreading,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

obținerea de ajutor

vă rugăm să consultațiaceastă paginădacă aveți întrebări despre Autodock Vina.

raportarea erorilor

Rapoartele potențiale de erori sunt foarte apreciate, chiar dacă nu sunteți sigur că sunt erori.Cu toate acestea, vă rugăm să nu includeți cererile de asistență împreună cu raportul dvs. de eroare.Vezi pagina asta.

probabil bug-uri:

• încetarea anticipată
• eșecul de a termina
• modificări ale lungimilor covalente sau ale unghiurilor invariante în ieșire
• ciocniri”evident greșite” (verificați „spațiul de căutare”, deși)
• dezacord cu documentația

probabil nu bug-uri:

• orice se întâmplă înainte de a rula Vina sau după ce a terminat
• dezacord ocazional cu experimentul
• refuzul vina de a deschide un fișier care nu există (de ex. încercați ls conf.txt pentru a vedea dacă fișierul este într-adevăr acolo)

raportare

puteți trimite rapoartele dvs. la lista de corespondență AutoDock. Vă rugăm să nu uitați să furnizați o linie descriptivă „subiect” și toate informațiile necesare pentru a reproduce problema pe care o vedeți.