În 2001, Flowers s-a mutat înapoi în Alabama, unde s-a concentrat pe dezvoltarea economică ca parte a comisiei județene Lowndes. Populația județului Lowndes este de trei sferturi Negru. Până în 2002, ea a identificat mai multe deficiențe ale salubrității locale; inclusiv persoanele arestate pentru că nu au plătit pentru sistemele septice la fața locului și persoanele care plăteau pentru salubrizarea la fața locului nu li s-au furnizat dispoziții adecvate. Flowers a fost surprins de faptul că guvernul viza cei mai săraci membri ai societății, mai degrabă decât poluatorii corporativi mult mai bogați. Această experiență a motivat-o să se concentreze asupra justiției de mediu și a climei. Ea a primit aprobarea federală de la Agenția pentru Protecția Mediului din Statele Unite (EPA) pentru a produce un plan de abordare a apelor uzate brute în județul Lowndes.în 2011, Flowers a colaborat cu un raportor special al ONU pentru a înțelege mai bine sărăcia și impactul acesteia asupra infrastructurii din comitatul Lowndes, Alabama. Din 2015 Flowers a deținut o funcție de Senior Fellow la Centrul pentru etica Pământului. A petrecut 2017 ca practician al Institutului Franklin Humanities în reședință la Universitatea Duke. Ea a fondat Centrul pentru întreprinderi rurale și Justiție de mediu în 2019.Flowers și Columbia Law School Human Rights Institute au investigat modul în care inegalitățile structurale au impact asupra accesului la salubritate și apă curată. Ea a identificat că comunitățile rurale marginalizate, afectate de sărăcie, aveau mai multe șanse să sufere de apă contaminată și salubritate precară. Împreună, acestea permit răspândirea infecțiilor parazitare intestinale,inclusiv a viermilor. În 2019, Joann Kamuf Ward și Flowers publicat, spălat și uitat: Salubritate și ape uzate în comunitățile rurale din Statele Unite, în care Flowers scria: „în județul Lowndes, Alabama și în multe dintre zonele înconjurătoare, lipsa facilităților de bază pe care mulți americani le consideră de la sine înțeles este un mod de viață”. Raportul a făcut o serie de recomandări, inclusiv luarea de măsuri pentru îmbunătățirea responsabilității, asigurarea participării comunităților afectate la orice proces decizional și asigurarea accesului la salubritate adecvată pe baza egalității.
în 2019, ea a depus mărturie expertă la Congresul Statelor Unite în care a cerut guvernului să abordeze bolile asociate sărăciei din Statele Unite. Ea a fost numită în grupul de lucru Joe Biden pentru schimbările climatice, care este co-prezidat de Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers este singurul membru Negru al Grupului operativ.