Împăratul Qianlong a ordonat apoi genocidul Dzungarilor, mutând restul poporului Dzungar pe continent și ordonând generalilor să omoare toți bărbații din Barkol sau Suzhou și și-au împărțit soțiile și copiii la forțele Qing, care erau alcătuite din Manchu Bannermen și Khalkha mongoli. Savantul Qing Wei Yuan a estimat populația totală a Dzungars înainte de cădere la 600.000 de persoane sau 200.000 de gospodării. Ofițerul Oirat Saaral a trădat și a luptat împotriva Oirats. Într-o relatare larg citată a războiului, Wei Yuan a scris că aproximativ 40% din gospodăriile Dzungar au fost ucise de variolă, 20% au fugit în Rusia sau triburi kazahe, iar 30% au fost uciși de armata Qing din Manchu Bannermen și Khalkha mongoli, fără a lăsa iurte într-o zonă de câteva mii li, cu excepția celor predați. În timpul acestui război kazahii au atacat dispersate Oirats și Altays. Pe baza acestei relatări, Wen-Djang Chu a scris că 80% din cei 600.000 sau mai mulți Dzungari (în special Choros, Olot, Khoid, Baatud și Zakhchin) au fost distruși de boli și atacuri pe care Michael Clarke le-a descris ca „distrugerea completă nu numai a statului Dzungar, ci a Zungarilor ca popor.”Istoricul Peter Perdue a atribuit decimarea Dzungarilor unei politici explicite de exterminare lansată de Qianlong, dar a observat și semne ale unei politici mai îngăduitoare după mijlocul anului 1757. Mark Levene, un istoric ale cărui interese recente de cercetare se concentrează pe genocid, a declarat că exterminarea Dzungarilor a fost „probabil genocidul secolului al XVIII-lea prin excelență.”Genocidul Dzungar a fost completat de o combinație între o epidemie de variolă și sacrificarea directă a Dzungarilor de către forțele Qing formate din Banneri Manchu și mongoli (Khalkha).
rebelii uiguri Anti-Dzungar din oazele Turfan și Hami s-au supus guvernării Qing ca vasali și au cerut ajutor Qing pentru răsturnarea guvernării Dzungar. Liderilor uiguri le place Emin Khoja li s-au acordat titluri în cadrul nobilimii Qing, iar acești uiguri au ajutat la aprovizionarea forțelor militare Qing în timpul campaniei anti-Dzungar. Qing l-a angajat pe Khoja Emin în campania sa împotriva Dzungarilor și l-a folosit ca intermediar cu musulmanii din bazinul Tarim pentru a-i informa că Qing-ul urmărea doar să-l omoare pe Dzungars și că îi vor lăsa pe musulmani în pace și, de asemenea, să-i convingă să-i omoare pe Dzungari înșiși și să se alăture Qing-ului, deoarece Qing-ul a remarcat resentimentul musulmanilor față de experiența lor anterioară sub conducerea Dzungar din mâinile Tsewang araptan.
abia după generații, Dzungaria a revenit din distrugerea și aproape lichidarea Dzungarilor după uciderea în masă a aproape un milion de Dzungari. Istoricul Peter Perdue a arătat că anihilarea Dzungarilor a fost rezultatul unei politici explicite de exterminare lansată de Qianlong, Perdue a atribuit eliminarea Dzungarilor unei „utilizări deliberate a masacrului” și l-a descris ca un „genocid etnic”.
„soluția finală” a genocidului Qing pentru a rezolva problema Dzungarilor a făcut posibilă așezarea sponsorizată de Qing a milioane de chinezi Han, Hui, Turkestani oază oameni (uiguri) și Manchu Bannermen în Dzungaria, deoarece pământul era acum lipsit de Dzungari. Bazinul Dzungarian, care a fost locuit de Dzungars, este în prezent locuit de kazahi. În nordul Xinjiang, Qing a adus coloniști Han, Hui, uigur, Xibe și kazah după ce au exterminat mongolii Dzungar Oirat din regiune, cu o treime din populația totală a Xinjiang formată din Hui și Han în zona de Nord, în timp ce aproximativ două treimi erau uiguri în sudul Xinjiang bazinul Tarim. În Dzungaria, Qing a stabilit noi orașe precum Urumqi și Yining. Qing au fost cei care au unificat Xinjiang și și-au schimbat situația demografică.depopularea Nordului Xinjiang după ce Budiștii Oirats au fost sacrificați, a dus la așezarea Qing Manchu, Sibo (Xibe), Daurs, Solons, chinezi Han, musulmani Hui și musulmani turci Taranchis în nord, migranții chinezi Han și Hui reprezentând cel mai mare număr de coloniști. Din moment ce a fost zdrobirea budistului Inqql (Dzungars) de către Qing care a dus la promovarea Islamului și împuternicirea musulmanilor cerșește în sudul xinjiang, și migrația musulmanilor taranchis în nordul xinjiang, a fost propus de Henry Schwarz că „Victoria Qing a fost, într-un anumit sens, o victorie pentru Islam”. Xinjiang ca identitate geografică definită unificată a fost creată și dezvoltată de Qing. Qing a fost cel care a dus la creșterea puterii musulmane turcești în regiune, deoarece puterea mongolă a fost zdrobită de Qing, în timp ce cultura și identitatea musulmană Turcă au fost tolerate sau chiar promovate de Qing.
Qianlong a comemorat în mod explicit cucerirea Qing a Dzungarilor ca adăugând un nou teritoriu în Xinjiang la „China”, definind China ca stat multietnic, respingând ideea că China însemna doar zone Han în „China propriu-zisă”, ceea ce înseamnă că, potrivit Qing, atât popoarele Han, cât și cele non-Han făceau parte din „China”, care includea Xinjiang pe care Qing l-a cucerit de la Dzungari. După ce Qing-ul a terminat cucerirea Dzungariei în 1759, au proclamat că noul pământ care aparținea anterior Dzungarilor, a fost acum absorbit în „China” (Dulimbai Gurun) într-un memorial în limba Manchu. Qing a expus ideologia lor că reunesc chinezii „exteriori” non-Han, cum ar fi mongolii interiori, mongolii Orientali, mongolii Oirat și tibetanii împreună cu chinezii Han „interiori”, într-o „singură familie” unită în statul Qing, arătând că diversele subiecte ale Qing făceau parte dintr-o singură familie, Qing a folosit expresia „Zhong Wai Yi Jia” („interior și exterior ca o singură familie”), pentru a transmite această idee de”unificare” a diferitelor peoples. În relatarea oficială Manchu a limbii Manchu a lui Tulisen despre întâlnirea sa cu liderul Torghut Ayuka Khan, s-a menționat că, în timp ce Torghuții erau diferiți de ruși, „oamenii Regatului Central” (dulimba-i gurun, Zhongguo) erau ca mongolii torghut, iar „oamenii Regatului central” se refereau la Manchu.Oolodii Hulun Buir au format un banner administrativ de-a lungul râurilor Imin și Shinekhen. În timpul dinastiei Qing, un corp dintre ei s-a reinstalat în orașul Yakeshi. În 1764, mulți Oolodi au migrat în provincia Khovd din Mongolia și au furnizat servicii de corvee pentru garnizoana Khovd a Qing. Numărul lor a ajuns la 9.100 în 1989. O unitate administrativă Unită a fost cerută de ei.
Dzungarii rămași în Xinjiang au fost, de asemenea, redenumiți Oolods. Au dominat 30 din cele 148 de sume Mongole în timpul dinastiei Qing și au numărat 25.000 în 1999.