Daniel Jefferson Harris (aka Dirty Dan) a sosit în zona Bellingham Bay în 1853 sau 1854 și s-a împrietenit cu John Thomas, care depusese o cerere de teren de-a lungul Padden Creek. El l-a ajutat pe Thomas să înceapă o cabină acolo, dar Thomas a murit înainte ca cabina să fie terminată. Dan a terminat cererea asupra terenului, iar brevetul a fost emis în 1871. De asemenea, a achiziționat mai multe proprietăți înconjurătoare și a numit această zonă Fairhaven, de la numele nativ see-see-lich-em, adică port sigur sau fair haven (posibil și dintr-un oraș din Maine care ar fi putut sau nu să fie locul său de naștere). El a platted oraș în 1883, și a început să vândă loturi. Pe măsură ce averea sa s-a îmbunătățit, la fel și aparițiile și reputația sa, permițându-i să se căsătorească în 1885. În 1888, și-a vândut cea mai mare parte a proprietății din Fairhaven lui Nelson Bennett și a plecat în California. Nelson Bennett, împreună cu Charles Larrabee, care a sosit în 1890, au format Fairhaven Land Company, finanțată în mare parte de Larrabee, hotărâtă să crească Fairhaven într-un oraș important. Au promovat terenul bogat în resurse naturale, vreme bună și posibilități nesfârșite, determinând creșterea populației de la aproximativ 150 în 1889 la 8000 la sfârșitul anului 1890. O parte din această creștere s-a datorat achiziționării de către Fairhaven Land Company a unei mici așezări numite Bellingham, ascunsă între Sehome și Fairhaven, care avea un oficiu poștal începând din 1883.Fairhaven, la fel ca multe alte orașe de coastă din Washington, a concurat cu alte orașe din Washington pentru poziția de terminal city of the Great Northern Railroad, dar acest titlu a căzut în cele din urmă pe Seattle. În această perioadă de competitivitate, care a durat de la sfârșitul anilor 1870 până la mijlocul anilor 1880, Fairhaven a adoptat stilul său iconic din secolul al 19-lea și a preluat un apel estetic la arhitectură și design. Chiar și după ce s-a decis că Seattle va găzdui Great Northern Railroad terminal, populația și construcția estetică au continuat să crească până la sfârșitul anilor 1890. Fairhaven a fost înființată oficial la 13 mai 1890.
în timpul freneziei speculative din anii 1890, Hotelul grand Fairhaven a fost construit pentru a atrage magnații căilor ferate pentru a alege Fairhaven ca terminal de pe coasta de vest a căilor ferate transcontinentale. Căile ferate nu au venit niciodată, dar rămășița impunătoare a vechiului hotel a rămas până la un incendiu și demolare în 1953.
la 27 octombrie 1903, cetățenii din Fairhaven și cetățenii unui oraș vecin din Golful Bellingham, orașul Whatcom, au votat să se consolideze într-un oraș numit Bellingham. La 28 decembrie 1903, noul oraș Bellingham a fost înființat oficial.
în 1903, Fairhaven a primit o subvenție pentru a construi prima bibliotecă finanțată de Carnegie din zonă pe strada 12. Biblioteca continuă să funcționeze ca o ramură a sistemului Bibliotecii Publice Bellingham.Fairhaven este, de asemenea, cunoscut pentru legăturile sale istorice cu conservarea somonului, iar de la sfârșitul anilor 1800 până în anii 1940 a fost casa a numeroase operațiuni de conservare a somonului, angajând până la 4.500 de muncitori în zonă. În anii 1940, Pacific American Fisheries avea sediul central în Fairhaven și era cunoscută drept cea mai mare operațiune de conserve de somon din lume.