Fujiwara a fost prima capitală a Japoniei construită într-un model de rețea pe modelul chinez (circulatia sangvina-sei); anchetă recentă a arătat că orașul a acoperit o suprafață de aproximativ 5 km, mult mai mare decât se credea anterior. Palatul a ocupat un teren de aproximativ 1 km2 și a fost înconjurat de ziduri de aproximativ 5 m înălțime. Fiecare dintre cele patru ziduri avea trei porți; Suzakumon, poarta principală, stătea în centrul zidului sudic. Daigokuden (în limba engleză) și alte clădiri ale palatului au fost primele structuri ale palatului din Japonia care au avut un acoperiș de țiglă în stil chinezesc.
zona fusese anterior domeniul clanului Nakatomi, care supraveghea observarea ritualurilor și ceremoniilor Shintin în numele Curții Imperiale. Orașul a ars în 711, la un an după mutarea la Nara, și nu a fost reconstruit. Săpăturile arheologice au început în 1934, iar unele porțiuni ale palatului au fost reconstruite. Aproape 10.000 de tablete din lemn, cunoscute sub numele de mokkan, au fost găsite, inscripționate cu caractere chinezești.
acest waka, scris de împărăteasa JIT, și descriind Fujiwara vara, face parte din antologia poemului celebru, Hyakunin Isshu:
ni kerashi shirotae no Koromo Hosu ch Ama no kaguyama
care se traduce ca primavara a trecut, se pare, iar acum vara a sosit; pentru aceasta, spun ei, este atunci când hainele de alb pur sunt difuzate pe muntele ceresc Kagu.
capitala a fost mutată din Fujiwara-kyo din cauza duhorii extreme cauzate de un sistem de canalizare deschis. Canalizarea a fost înfundată cu excremente și alte deșeuri umane, determinându-l să se acumuleze și să nu se spele în râu. Duhoarea a devenit atât de puternică încât oamenii au început să se plângă de duhoarea Palatului. În cele din urmă, capitala a fost mutată la Nara din cauza mirosului oribil.