pentru distracție, iată câteva exemple de definiții:
pentru a înțelege sistemele biologice complexe este necesară integrarea cercetării experimentale și computaționale — cu alte cuvinte o abordare a biologiei sistemelor. (Kitano, 2002)
Biologia sistemelor studiază sistemele biologice perturbându-le sistematic (biologic, genetic sau chimic); monitorizarea răspunsurilor genei, proteinelor și căilor informaționale; integrarea acestor date; și în cele din urmă, formularea de modele matematice care descriu structura sistemului și răspunsul său la perturbațiile individuale. (Ideker et al, 2001)
obiectivul biologiei sistemelor definit ca înțelegerea comportamentului rețelei și, în special, a aspectelor lor dinamice, care necesită utilizarea modelării metematice strâns legată de experiment. (Cassman, 2005)
descoperind cum apare funcția în interacțiunile dinamice, biologia sistemelor abordează legăturile lipsă dintre molecule și fiziologie. Biologia sistemelor de sus în jos identifică rețelele de interacțiune moleculară pe baza comportamentului molecular corelat observat în studiile „omics” la nivel de genom. Biologia sistemelor de jos în sus examinează mecanismele prin care apar proprietățile funcționale în interacțiunile componentelor cunoscute. (Bruggeman și Westerhoff, 2007)
De ce este atât de dificil să vină cu o definiție concisă a biologiei sistemelor? Unul dintre motive ar putea fi că fiecare definiție trebuie să respecte un echilibru delicat între” yin și yang ” al disciplinei: integrarea abordărilor experimentale și computaționale (Kitano, 2002); echilibrul dintre abordările sistematice la nivel de genom (Ideker și colab., 2001) și studii cantitative la scară mai mică (Tyson și colab., 2001); strategii de sus în jos față de jos în sus pentru a rezolva arhitectura sistemelor și proprietățile funcționale (Bruggeman și Westerhoff, 2007). Dar, în ciuda diversității opiniilor și opiniilor, ar putea exista două aspecte principale care sunt conservate în aceste definiții: a) o abordare la nivel de sistem încearcă să ia în considerare toate componentele unui sistem; b) proprietățile și interacțiunile componentelor sunt legate de funcțiile îndeplinite de sistemul intact printr-un model de calcul. Acest lucru poate dezvălui, de fapt, o altă sursă de dificultate atunci când încercăm să definim biologia sistemelor, care este de a găsi o definiție generală și obiectivă a „funcției biologice” (sau „scopul sistemului” lui Lander, vezi scurta noastră postare teleologie și Biologie a sistemelor).
în orice caz, în loc să încerc prea mult să trasez limite conceptuale cu definiții teoretice, m-am gândit că ar fi interesant să văd cum se definește câmpul. Am introdus toate articolele originale de cercetare publicate în Molecular Systems Biology în del.icio.noi și etichetat intrările pentru a avea o idee despre distribuția mai multor aspecte ale cercetării pe care o publicăm. În mod inevitabil, etichetele mele au semnificații destul de largi, iar limitele sunt adesea neclare (de exemplu, ce este un „mecanism”?), dar am încercat meu cel mai bun, luând în considerare următoarele dimensiuni:
- scara studiului: genenome-wide vs scară mică sau unicelular, etc
- abordare biologică: transcriptomics, proteomics etc…
- abordare computațională: simulare, model de corelație bazată pe date, model structural de rețea, etc …
- insight câștigat: dinamica sistemului, proprietățile globale (modularitate, robustețe, evolutivitate…), înțelegere mecanică, etc…
iată rezultatul, ca un „nor de etichete”
există o dominare clară și nu prea surprinzătoare a studiilor de tip „omics” la nivel de genom (în special transcriptomică). Dar este, de asemenea, bine să vedem că studiile la scară mică, adesea folosind abordări cantitative și concentrându-se pe dinamica sistemelor, sunt, de asemenea, bine reprezentate. Din nou, această clasificare este foarte brută și oarecum arbitrară, dar oferă totuși, dintr-o privire, o imagine de ansamblu asupra peisajului biologiei sistemelor. Dacă găsesc timpul, voi încerca să perfecționez conceptele și să introduc conținutul nostru într-un mod mai structurat în freebase. Găsirea unei modalități structurate de a caracteriza „înțelegerea” unui studiu ar putea fi deosebit de dificilă, dar ar putea fi un exercițiu instructiv.