|
proiectare automată a oligonucleotidelor pentru sinteza genei pe bază de PCR
|
ajutor
|
disponibilitatea secvențelor de genomi întregi a crescut dramatic numărul de ținte proteice, dintre care multe vor trebui supraexprimate în alte celule decât sursa originală de ADN. Sinteza genelor oferă adesea o abordare rapidă și eficientă din punct de vedere economic. Gena sintetică poate fi optimizată pentru exprimare și construită pentru o manipulare mutațională ușoară, fără a ține cont de genomul părinte. Cu toate acestea, proiectarea și construcția genelor sintetice, în special a celor care codifică proteinele mari, poate fi un proces lent, dificil și confuz. DNAWorks automatizează proiectarea oligonucleotidelor pentru sinteza genelor prin metode bazate pe PCR.
o descriere a DNAWorks originale pot fi găsite în publicația noastră (Hoover, D. și Lubkowski, J., 2002).
pentru îmbunătățiri suplimentare în performanța DNAWorks, feedback-ul cu privire la succesul sau eșecul sintezei genelor folosind DNAWorks este foarte important. Vă rugăm să ne anunțați despre rezultatul experimentelor dvs. de sinteză.
DNAWorks este open-source, și poate fi descărcat de lahttps://github.com/davidhoover/DNAWorks. Dacă puteți găsi un compilator Fortran, puteți rula DNAWorks prin commandline.
exemplu:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc