Pacific Biosciences (PacBio) a comercializat secvențierea SMRT în 2011, după lansarea unei versiuni beta a instrumentului său RS la sfârșitul anului 2010.
RS și RS IIEdit
la comercializare lungimea citirii a avut o distribuție normală cu o medie de aproximativ 1100 baze. Un nou kit de chimie lansat la începutul anului 2012 a mărit lungimea de citire a secvenței; un client timpuriu al chimiei a citat lungimi medii de citire de 2500 până la 2900 de baze.kitul de chimie XL lansat la sfârșitul anului 2012 a crescut durata medie de citire la peste 4300 de baze.
pe 21 August 2013, PacBio a lansat un nou kit de legare a ADN polimerazei P4. Această enzimă P4 are lungimi medii de citire de peste 4.300 de baze atunci când este asociată cu chimia de secvențiere C2 și mai mult de 5.000 de baze atunci când este asociată cu chimia XL. Precizia enzimei este similară cu C2, ajungând la QV50 între acoperirea 30x și 40x. Atributele P4 rezultate au furnizat ansambluri de calitate superioară folosind mai puține celule SMRT și cu apelare variantă îmbunătățită. Când este cuplat cu selecția dimensiunii ADN-ului de intrare (folosind un instrument de electroforeză, cum ar fi BluePippin) produce o lungime medie de citire de peste 7 kilobaze.
pe 3 octombrie 2013, PacBio a lansat o nouă combinație de reactivi pentru PacBio RS II, ADN polimeraza P5 cu chimie C3 (P5-C3). Împreună, ele extind lungimile de citire a secvențierii la o medie de aproximativ 8.500 de baze, cele mai lungi lecturi depășind 30.000 de baze. Debitul pe celulă SMRT este de aproximativ 500 de milioane de baze demonstrate prin secvențierea rezultatelor din linia celulară CHM1.
pe 15 octombrie 2014, PacBio a anunțat lansarea noii chimii P6-C4 pentru sistemul RS II, care reprezintă a 6 – a generație de polimerază și a 4-a generație de chimie a companiei, extinde în continuare lungimea medie de citire la 10.000-15.000 de baze, cele mai lungi lecturi depășind 40.000 de baze. Debitul cu noua chimie era de așteptat să fie între 500 de milioane și 1 miliard de baze pe celulă SMRT, în funcție de eșantionul secvențiat. Aceasta a fost versiunea finală a chimiei lansată pentru instrumentul RS.
debitul per experiment pentru tehnologie este influențat atât de lungimea citită a moleculelor de ADN secvențiate, cât și de multiplexul total al unei celule SMRT. Prototipul celulei SMRT conținea aproximativ 3000 de găuri ZMW care permiteau secvențierea ADN-ului paralelizat. La comercializare, celulele SMRT au fost modelate fiecare cu 150.000 de găuri ZMW care au fost citite în două seturi de 75.000. În aprilie 2013, compania a lansat o nouă versiune a secvențiatorului numită „PacBio RS II” care folosește simultan toate cele 150.000 de găuri ZMW, dublând debitul pe experiment. Cel mai mare mod de transfer din noiembrie 2013 a folosit legarea P5, chimia C3, selecția dimensiunii BluePippin și un PacBio RS II a dat oficial 350 de milioane de baze pe celulă SMRT, deși un set de date uman de novo lansat cu chimia în medie de 500 de milioane de baze pe celulă SMRT. Debitul variază în funcție de tipul de eșantion secvențiat. Odată cu introducerea chimiei P6-C4, debitul tipic pe celulă SMRT a crescut la 500 de milioane de baze la 1 miliard de baze.
| C1 | C2 | P4-XL | P5-C3 | P6-C4 | |
|---|---|---|---|---|---|
| Average read length bases | 1100 | 2500 – 2900 | 4300 – 5000 | 8500 | 10,000 – 15,000 |
| Throughput per SMRT Cell | 30M – 40M | 60M – 100M | 250M – 300M | 350M – 500M | 500M – 1B |
SequelEdit
în septembrie 2015, compania a anunțat lansarea unui nou instrument de secvențiere, sistemul Sequel, care a crescut capacitatea la 1 milion de găuri ZMW.
cu instrumentul de continuare, lungimile inițiale de citire au fost comparabile cu RS, apoi mai târziu chimia eliberează o lungime de citire crescută.
pe 23 ianuarie 2017, V2 chemistry a fost lansat. A crescut lungimea medie de citire la între 10.000 și 18.000 de baze.
pe 8 martie 2018, a fost lansat 2.1 chemistry. A crescut durata medie de citire la 20.000 de baze și jumătate din toate citirile peste 30.000 de baze în lungime. Randamentul pe celulă SMRT a crescut la 10 sau 20 de miliarde de baze, fie pentru bibliotecile cu inserție mare, fie pentru bibliotecile cu inserție mai scurtă (de exemplu, amplicon).
la 19 septembrie 2018, compania a anunțat continuarea 6.0 chimie cu lungimi medii de citire a crescut la 100.000 baze pentru biblioteci cu inserare mai scurtă și 30.000 pentru biblioteci cu inserare mai lungă. Randamentul celulelor SMRT a crescut până la 50 de miliarde de baze pentru bibliotecile cu inserție mai scurtă.
| V2 | 2.1 | 6.0 | |
|---|---|---|---|
| baze de lungime medie de citire | 10.000 – 18.000 | 20.000 – 30.000 | 30.000 – 100.000 |
| debit pe celulă SMRT | 5B – 8B | 10b – 20B | 20B – 50B |
8m chipedit
în aprilie 2019, compania a lansat o nouă celulă SMRT cu opt milioane de ZMWS, crescând debitul pe celulă SMRT cu un factor de opt. Clienții cu acces timpuriu în martie 2019 au raportat un randament de peste 58 de celule rulate de clienți de 250 GB randament brut pe celulă cu șabloane de aproximativ 15 kb lungime și 67,4 GB randament pe celulă cu șabloane în molecule cu greutate mai mare. Performanța sistemului este acum raportată fie în lecturi lungi continue cu greutate moleculară mare, fie în HiFi pre-corectat (cunoscut și sub numele de secvență de consens Circular (CCS)) citește. Pentru citirile cu greutate moleculară mare, aproximativ jumătate din toate citirile au o lungime mai mare de 50 kb.
| 1.0 | 2.0 | debit pe celulă SMRT | ~ 67.4 GB | până la 160 GB | până la 200 GB |
|---|
performanța hifi include baze corectate cu o calitate peste scorul phred Q20, folosind treceri amplicon repetate pentru corecție. Acestea iau ampliconi de până la 20kb în lungime.
| Early Access | 1.0 | 2.0 | |
|---|---|---|---|
| Raw reads per SMRT Cell | ~250 GB | Up to 360 GB | Up to 500 GB |
| Corrected reads per SMRT Cell (>Q20) | ~25 GB | Up to 36 GB | Up to 50 GB |