termenul a fost inventat de Gerard Prunier în lucrarea sa despre confruntarea din 1898 dintre trupele britanice și franceze din Sudanul de Sud, pe care a citat-o și ca fiind cauza intervenției rapide și profunde a acestuia din urmă în criza din Rwanda. A fost numit după incidentul Fashoda. În 4 noiembrie 1898, un contingent de trupe franceze a ocupat fortul din Fashoda (acum Kodok în partea de sud a Sudanului). Cu toate acestea, au fost forțați să se retragă după ce o armată Anglo-egipteană mai mare condusă de Lord Kitchener a preluat și conflictul a fost rezolvat prin declarația Anglo-franceză din 21 martie 1899. Incidentul a fost văzut ca o victorie diplomatică pentru Britanici și, ca urmare, politica externă franceză a început să sublinieze o urmărire agresivă a influenței franceze în zonele din Africa care sunt susceptibile de influența britanică. Această politică a definit așa-numitul sindrom Fashoda și nu a denotat doar lupta Anglo-franceză din Africa, ci și echilibrul de putere dintre aceste două, care a fost considerat redolent al realpolitik.
în statul african, istoricul britanic Martin Meredith a explicat:
„încă de la un incident în satul Sudanez Fashoda … francezii au fost vigilenți în paza împotriva pătrunderii anglofone în ceea ce ei considerau a fi propria lor curte—le Pr Carrot. În memoriile sale, generalul de Gaulle a enumerat dezastrele care au afectat Franța în tinerețe și care l-au determinat să se dedice susținerii măreției Franței: primul pe listă a fost incidentul Fashoda. Sindromul Fashoda, așa cum era cunoscut, a constituit o componentă de bază a politicii Africii a Franței. Pentru a se asigura că problemele africane au primit atenția cuvenită, biroul prezidențial francez a inclus o unitate specială din Africa—Cellule Africaine—cu o misiune largă de a acoperi totul, de la munca de informații la luare de mită. Meredith a concluzionat, de asemenea, că intervenția franceză din 1990 în Rwanda a fost o expresie a „sindromului”. Rwanda se află la granița dintre Africa „francofonă” și „anglofonă”. În 1990, a existat o invazie de scurtă durată de către Frontul Patriotic din Rwanda (RPF), o coaliție de exilați Tutsi și cei care susțineau reforma democratică. Mulți dintre RPF crescuseră în taberele de refugiați Tutsi din Uganda controlată anterior de britanici și învățaseră să lupte în Armata ugandeză, iar Uganda era văzută de Paris ca fiind, la acea vreme, în sfera de influență britanică.
Complexul Fashoda a fost utilizat în legătură cu politicile externe ale altor țări, în special Egipt și Sudan. A fost, de asemenea, baza interpretării franceze a rebeliunii lui Laurent-Desire Kabila.