AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

innehåll

• funktioner
• licens
• handledning
• Vanliga frågor
• plattformsanteckningar och installation
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • bygga från källan
• annan programvara
• användning
  • sammanfattning
  • konfigurationsfil
  • sökutrymme
  • uttömmande
  • utgång
  • Avancerade alternativ
• virtuell screening
• Historik
• citat
• få hjälp
• Rapportera fel

funktioner

noggrannhet AutoDock Vina förbättras avsevärt den genomsnittliga noggrannheten i Bindningsläget förutsägelser jämfört med autodock 4, Att döma av våra tester på utbildning som används i autodock 4 utveckling. dessutom och oberoende, AutoDock Vina har testats mot en virtuell screening riktmärke kallas Directory of Användbara lockbete av Watowich group, och befanns vara”en stark konkurrent mot de andra programmen, och på toppen av förpackningen i många fall”. Det bör noteras att alla sex av de andradockningsprogram, som det jämfördes med, distribueras kommersiellt. autodock Tools Compatibility För in-och utmatning använder Vina samma pdbqt-molekylstrukturfilformat som används av AutoDock. PDBQT-filer kan genereras (interaktivt eller i batch-läge) och visas med MGLTools.Andra filer, till exempel parameterfilerna AutoDock och AutoGrid (GPF, DPF) och grid map-filer Behövs inte.

Bindningsläge förutsägelse noggrannhet på testuppsättningen. ”AutoDock ”avser AutoDock 4 och” Vina ” till AutoDock Vina 1.

användarvänlighet

Vinas designfilosofi är inte att kräva att användaren förstår dess implementeringsdetaljer, tweak obskyra sökparametrar, klusterresultat eller vet avancerad algebra (quaternions). Allt som krävs är strukturerna hos molekylerna som dockas och specifikationen av sökutrymmet inklusive bindningsstället. Beräkning av nätkartor och tilldelning av atomavgifter behövs inte. Användarsammanfattningen kan skrivas ut med ”vina --help”. Sammanfattningen förblir automatiskt synkroniserad med möjliga användningsscenarier.

Implementeringskvalitet

• genom design bör resultaten inte ha en statistisk bias relaterad till konformationen av ingångsstrukturen.
• uppmärksamhet ägnas åt att kontrollera den syntaktiska korrektheten hos inmatnings-och rapporteringsfel till användaren på ett tydligt sätt.
• invariansen hos de kovalenta bindningslängderna verifieras automatiskt i utgångsstrukturerna.
• Vina undviker att införa konstgjorda begränsningar, såsom antalet atomer i ingången, antalet torsioner, storleken på sökutrymmet, sökningens uttömmande etc.

flexibla sidokedjor

liksom i AutoDock 4 kan vissa receptorsidokedjor väljas för att behandlas som flexibla under dockning.

hastighet AutoDock Vina tenderar att vara snabbare än AutoDock 4 med storleksordningar. flera processorer/kärnor Dessutom kan Vina dra nytta av flera processorer eller CPU-kärnor på ditt system för att avsevärt förkorta dess körtid. World Community Grid kvalificerade projekt kan köra AutoDock Vina-beräkningar gratis på det massivt parallella World Community Grid.Befintliga projekt som använder AutoDock Vina där inkluderar de targetingAIDS, Malaria, Leishmaniasis ochschistosomiasis.Några av dessa projekt genomsnitt över 50 år till ett värde av beräkning per dag.

genomsnittlig tid per receptor-ligandpar på testuppsättningen.”AutoDock ”avser AutoDock 4 och” Vina ” till AutoDock Vina 1.

licens

AutoDock Vina släpps under en mycket tillåtande Apache-licens, med få begränsningar för kommersiell eller icke-kommersiell användning, eller på derivatverk.Texten till licensen finns här.

Tutorial

om du aldrig har använt AutoDock Vina innan, vänligen studera video Tutorial innan du försöker använda den.

denna video tutorial visar molekylär dockning av imatinib med hjälp av Vina med autodock verktyg och pymol

vanliga frågor

hur för att komma igång att lära sig att använda Vina?

titta på video tutorial kan vara det bästa sättet att göra det.

vad är betydelsen eller betydelsen av namnet ”Vina”? Varför utvecklades det?

se denna postlista post.

hur exakt är AutoDock Vina?

Se funktioner

det bör noteras att den prediktiva noggrannheten varierar mycket beroende på målet, så det är vettigt att utvärdera AutoDock Vina mot ditt specifika mål först,om du har känt aktiva eller en bunden nativ ligandstruktur innan du beställer föreningar. När du utvärderar någon dockningsmotor i en retrospektiv virtuell skärm, kan det vara meningsfullt att välja lockbete av liknande storlek, och kanske andra fysiska egenskaper,till dina kända aktiva.

vad är skillnaden mellan AutoDock Vina och AutoDock 4?

AutoDock 4 (och tidigare versioner) och AutoDock Vina utvecklades båda i Molecular Graphics Lab vid Scripps Research Institute. AutoDock Vina ärver några av AutoDock 4: s ideer och tillvägagångssätt, som att behandla dockning som en stokastisk global opimisering av poängfunktionen, förberäkna rutnätskartor (Vina gör det internt) och några andra implementeringstrick, t.ex. Den använder också samma typ av strukturformat (PDBQT) för maximal kompatibilitet med hjälpprogramvara.

källkoden, scoring funcion och de faktiska algoritmerna som används är dock helt nya,så det är mer korrekt att tänka på AutoDock Vina som en ny ”generation” snarare än ”version” av AutoDock. Föreställningen jämfördes i den ursprungliga publikationen , och i genomsnitt gjorde AutoDock Vinabetydligt bättre, både i hastighet och noggrannhet. Men för ett visst mål kan något av programmen ge ett bättre resultat, även om AutoDock Vina är mer benägna att göra det.Detta beror på att poängfunktionerna är olika, och båda är inexakta.

vad är skillnaden mellan AutoDock Vina och AutoDock Tools?

AutoDock Tools är en modul i MGL Tools programpaket speciellt för att generera input (PDBQT filer) forAutoDock eller Vina. Det kan också användas för att visa resultaten.

kan jag docka två proteiner med AutoDock Vina?

Du kanske kan göra det, men AutoDock Vina är endast avsedd för dockning av receptor-ligand. Det finns bättre program för protein-protein dockning.

kommer Vina att köras på min 64-bitars maskin?

Ja. Genom design kan moderna 64-bitars maskiner köra 32-bitars binärer naturligt.

Varför får jag ” kan inte öppna conf.txt ” fel? Filen finns!

ofta döljer filwebbläsare filtillägget, så medan du tror att du har en fil ”conf.txt”, kallas det faktiskt ”conf.txt.txt”.Den här inställningen kan ändras i kontrollpanelen eller systeminställningarna.

Du bör också se till att filsökvägen du anger är korrekt med avseende på katalogen (mappen) du befinner dig i, t.ex. om du bara hänvisar till conf.txt på kommandoraden, se till att du är i samma katalog (mapp)som den här filen. Du kan använda ls eller dir kommandon på Linux/MacOS respektive Windows för att lista innehållenav din katalog.

Varför får jag ”användningsfel” när jag försöker följa videohandledningen?

kommandoradsalternativen har ändrats något sedan handledningen har spelats in. I synnerhet”--out ”ersatt”--all”.

Vina går bra på min maskin, men när jag kör den på mitt exotiska Linux-kluster får jag ett ”boost thread resource” – fel. Varför?

ditt Linux-kluster är konfigurerat på ett sådant sätt att det inte tillåter gyttrådar. Därför kan Vina inte springa. Kontakta din systemadministratör.

Varför är min dockade konformation annorlunda än vad du får i videohandledningen?

dockningsalgoritmen är icke-deterministisk. Även om med detta receptor-ligandpar motsvarar minsta poängfunktionen den korrekta konformationen, misslyckas dockningsalgoritmen ibland att hitta den. Prova flera gånger och se själv. Observera att sannolikheten för att inte hitta mininum kan vara annorlunda med ett annat system.

min dockade konformation är densamma, men mina energier skiljer sig från vad du får i videohandledningen. Varför?

poängfunktionen har ändrats sedan handledningen spelades in, men endast i den del som är oberoende av konformationen:den ligandspecifika straffen för flexibilitet har förändrats.

Varför ser mina resultat konstigt ut i PyMOL?

PDBQT är inte ett standardmolekylärt strukturformat. Den version av PyMOL som används i handledningen (0.99rc6) råkar visa den bra (eftersom PDBQT liknar PDB).Detta kanske inte är fallet för nyare versioner av PyMOL.

något annat sätt att se resultaten?

Du kan också visa pdbqt-filer i PMV (en del av MGL Tools), eller konvertera dem till ett annat filformat (t. ex. med hjälp av AutoDock Tools, eller med ”Spara som” i PMV)

hur stor ska sökutrymmet vara?

så liten som möjligt, men inte mindre. Ju mindre sökutrymmet desto lättare är det för dockningsalgoritmen att utforska den.Å andra sidan kommer det inte att utforska ligand och flexibla sidokedjans atompositioner utanför sökutrymmet. Du bör förmodligen undvika sökutrymmen större än 30 x 30 x 30 Ångström, om du inte också ökar”--exhaustiveness”.

Varför ser jag en varning om att sökutrymmet är över 27000 Angstrom^3?

detta beror förmodligen på att du tänkte ange sökutrymmestorlekarna i” grid points ” (0.375 Angstrom), som i AutoDock 4.Autodock Vina sökutrymme storlekar ges i Ångström istället. Om du verkligen tänkte använda ett ovanligtstort sökutrymme kan du Ignorera denna varning, men notera att sökalgoritmens jobb kan vara svårare.Du kan behöva öka värdet på exhaustiveness för att kompensera för det. Detta kommer att leda till längre körtid.

den bundna konformationen ser rimlig ut, förutom väten. Varför?

AutoDock Vina använder faktiskt en united-atom scoring-funktion, dvs en som bara involverar de tunga atomerna.Därför är positionerna för väten i utgången godtyckliga.Väten i ingångsfilen används för att bestämma vilka atomer som kan vara vätebindningsgivare eller acceptorer,så den korrekta protonationen av ingångsstrukturerna är fortfarande viktig.

vad kontrollerar” exhaustiveness ” verkligen, under huven?

i den nuvarande implementeringen består dockningsberäkningen av ett antal oberoende körningar, utgående från slumpmässiga konformationer.Var och en av dessa körningar består av ett antal sekventiella steg. Varje steg innebär en slumpmässig störning av konformationen följdgenom en lokal optimering (med broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno-algoritmen) och ett urval där steget antingen accepteras eller inte. Varje lokal optimering innebär många utvärderingar av poängfunktionen såväl somdess derivat i position-orientering-torsions koordinater.Antalet utvärderingar i en lokal optimering styrs av konvergens och andra kriterier.Antalet steg i en körning bestäms heuristiskt, beroende på ligandens storlek och flexibilitet och de flexibla sidokedjorna. Antalet körningar ställs dock in av parametern exhaustiveness. Eftersom de enskilda körningarna körs parallellt, där så är lämpligt, begränsar exhaustiveness också parallelliteten.Till skillnad från i AutoDock 4, i AutoDock Vina, kan varje körning ge flera resultat: lovande mellanresultat kommer ihåg.Dessa slås samman, raffineras, grupperas och sorteras automatiskt för att producera det slutliga resultatet.

Varför får jag inte rätt bunden konformation?

det kan vara något av ett antal saker:

• Om du kommer från AutoDock 4 är ett mycket vanligt misstag att ange sökutrymmet i” poäng ” (0.375 Ångström) istället för Ångström.
• din ligand eller receptor kanske inte har protonerats korrekt.
• otur (sökalgoritmen kunde ha hittat rätt konformation med god sannolikhet, men var helt enkelt otur). Försök igen med ett annat frö.
• minsta poängfunktionen motsvarar rätt konformation, men sökalgoritmen har problem med att hitta den. I det här fallet bör högre uttömmande eller mindre sökutrymme hjälpa till.
• minsta poängfunktionen är helt enkelt inte där den korrekta konformationen är. Att försöka om och om igen hjälper inte, men kan ibland ge rätt svar om två fel (inexakt sökning och poäng) gör rätt. Dockning är ett ungefärligt tillvägagångssätt.
• relaterat till ovanstående kan den skyldige också vara kvaliteten på röntgen-eller NMR-receptorstrukturen.
• Om du inte gör omdockning, dvs. använder receptorns korrekta inducerade fit-form, kanske de inducerade fit-effekterna är tillräckligt stora för att påverka resultatet av dockningsexperimentet.
• ringarna kan endast vara styva under dockning. Kanske har de fel konformation som påverkar resultatet.
• du använder en 2D (platt) ligand som ingång.
• den faktiska bundna konformationen av liganden kan ibland skilja sig från vad röntgen-eller NMR-strukturen visar.
• andra problem

hur kan jag justera poängfunktionen?

Du kan enkelt ändra vikterna genom att ange dem i konfigurationsfilen eller på kommandoraden. Till exempel

vina --weight_hydrogen -1.2 ...

fördubblar styrkan av alla vätebindningar.

funktionalitet som skulle göra det möjligt för användarna att skapa nya atom-och pseudoatomtyper och specificera sina egna interaktionsfunktioner planeras för framtiden.

detta bör göra det lättare att anpassa poängfunktionen till specifika mål,modellera kovalent dockning och makrocykelflexibilitet,experimentera med nya poängfunktioner och,med hjälp av pseudoatomer, skapa riktningsinteraktionsmodeller.

Håll dig uppdaterad till autodocks e-postlista, om du vill bli underrättad om några beta-testversioner.

Varför får jag inte så många bindningslägen som jag anger med ”--num_modes”?

det här alternativet anger det maximala antalet bindningslägen som ska matas ut. Dockningsalgoritmen kan hitta färre ”intressanta” bindningslägen internt.Antalet bindningslägen i utgången begränsas också av ”energy_range”, som du kanske vill öka.

varför ändras inte resultaten när jag ändrar delkostnaderna?

AutoDock Vina ignorerar de användarlevererade partiella laddningarna. Det har sitt eget sätt att hantera de elektrostatiska interaktionerna genom de hydrofoba ochvätebindningsvillkoren. Se originalpublikationen för detaljer om poängfunktionen.

Jag ändrade något, och nu är dockningsresultaten olika. Varför?

För det första, hade du inte ändrat någonting, kunde vissa resultat ha varit annorlunda ändå på grund av sökalgoritmens icke-deterministiska karaktär.Exakt Reproducerbarhet kan säkerställas genom att leverera samma slumpmässiga seed till båda beräkningarna, men endast om alla andra ingångar och parametrar är desamma också. Även mindre ändringar i ingången kan ha en effekt som liknar ett nytt slumpmässigt frö.”Med det nya protonationstillståndet är Vina mycket mindre benägna att hitta rätt dockad konformation”.

hur använder jag flexibla sidokedjor?

du delar receptorn i två delar: styv och flexibel, med den senare representerade något liknande hur liganden representeras. Se avsnittet ”flexibla Receptor PDBQT-filer” i användarhandboken AutoDock4.2 (Sidan 14) för hur du gör detta i AutoDock-verktyg.Sedan kan du utfärda detta kommando: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Se även denna skrivning om detta ämne.

hur gör jag virtuell screening?

Se relevant avsnitt i manualen.

Observera att en mängd olika dockningshanteringsapplikationer finns för att hjälpa dig i den här uppgiften.

Jag har inte tillräckliga datorresurser för att köra en virtuell skärm. Vilka är mina alternativ?

Du kanske kan köra ditt projekt på World Community Grid eller använda DrugDiscovery@TACC. Se Annan Programvara.

Jag har förslag på nya funktioner och andra förslag.

För föreslagna nya funktioner, vi vill att det ska finnas ett brett samförstånd, till följd av en offentlig diskussion,om deras nödvändighet.Överväg att starta eller gå med i en diskussion på AutoDock-e-postlistan.

kommer du att svara på mina frågor om Vina om jag maila eller ringa dig?

Nej. Vina är gemenskapsstödd. Det finns ingen skyldighet för författarna att hjälpa andra med sina projekt.Se denna sida för hur du får hjälp.

Platform Notes and Installation

Windows

Kompatibilitet

Vina förväntas fungera på Windows XP och nyare system.

installera

dubbelklicka på den nedladdade MSI-filen och följ instruktionerna

kör

öppna Kommandotolken och, om du installerade Vina på standardplatsen, skriv

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

om du använder Cygwin skulle ovanstående kommando istället vara

/cygdrive/C/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina-help

se videohandledningen för detaljer.Glöm inte att kolla in annan programvara för Gui, etc.

Linux

Kompatibilitet

Vina förväntas fungera på x86 och kompatibla 64-bitars Linux-system.

installera

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

Alternativt kan du kopiera binära filer där du vill.

kör

./ autodock_vina_1_1_2_linux_x86 / bin / vina --help

om den körbara filen finns i dinPATH, kan du bara skriva”vina --help” istället.Se videohandledningen för detaljer.Glöm inte att kolla in annan programvara för Gui, etc.

Mac

Kompatibilitet

64-bitarsversionen förväntas fungera på Mac OS X 10.15 (Catalina) och nyare.32-bitarsversionen av Vina förväntas fungera på Mac OS X från 10.4 (Tiger) till 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type ”vina --help” instead.Se videohandledningen för detaljer.Glöm inte att kolla in annan programvara för Gui, etc.

bygga från källan

Obs: bygga Vina från källan är inte tänkt att göras av vanliga användare!(dessa instruktioner kan vara föråldrade)

Steg 1: Installera en C++ – kompilatorsvit

på Windows kanske du vill installera Visual Studio; på OS X, Xcode; och på Linux, GCC-kompilatorsviten.

steg 2: Installera Boost

installera Boost.(Version 1.41.0 användes för att sammanställa de officiella binärerna. Med andra versioner kan din tur variera)bygg sedan och kör ett av exempelprogrammen, till exempel Regex-exemplet, för att bekräfta att du har slutfört det här steget. Om du inte kan göra det, vänligen sök hjälp från Boost-samhället.

steg 3: Bygg Vina

om du använder Visual Studio kanske du vill skapa tre projekt:libmainochsplit, med källkoden från lämpliga underkataloger.libmåste vara ett bibliotek, som de andra projekten är beroende av, ochmainochsplitmåste varakonsolprogram. För optimal prestanda, kom ihåg att kompilera medRelease– läget.

på OS X och Linux kanske du vill navigera till lämplig build underkatalog, anpassa Makefilegenom att ställa in sökvägarna och Boost-versionen och skriv sedan

make dependmake

annan programvara

Disclaimer: Denna lista är endast i informationssyfte och utgör inte ett godkännande.

• verktyg speciellt utformade för användning med AutoDock Vina (i ingen särskild ordning):
  • MGLTools, som inkluderar AutoDock Tools (ADT) och Python Molecular Viewer (PMV). ADT krävs för att generera indatafiler för AutoDock Vina, och PMV kan användas för att visa resultaten
  • PyRx kan användas för att ställa in dockning och virtuell screening med AutoDock Vina och för att visa resultaten
  • den nya Autodock/Vina plugin för PyMOL kan användas för att ställa in dockning och virtuell screening med AutoDock Vina och för att visa resultaten
  • datorstödd Drogdesignplattform med PyMOL är ett annat plugin för PyMOL som också integrerar, minska och glida.
  • AutoGrow använder AutoDock Vina i sin rationella läkemedelsdesignprocedur
  • NNScore kommer att göra om Vina-resultat med ett artificiellt neuralt nätverk utbildat på bindande MOAD och PDBBind
  • ett Vina GUI-lager för Windows av Biochem Lab-lösningar kan användas för att underlätta virtuell screening med AutoDock Vina
  • VSDK kan användas för att underlätta virtuell screening med AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV kan användas för att underlätta virtuell screening med autodock Vina
  • drugdiscovery@TACC kan du göra virtuell screening med autodock Vina via deras hemsida
  • NBCR CADD Pipeline ger tillgång till virtuell screening med AutoDock Vina på nbcr-datorer
  • MOLA är ett startbart, självkonfigurerande system för virtuell screening med AutoDock4/Vina på datorkluster
  • SMINA är en modifiering av Vina som länkar till OpenBabel för I/O och stöder ytterligare tweaks av scoring-funktionen
  • off-Target Pipeline är en plattform avsedd att utföra sekundär målidentifiering och dockning
  • Audockerkan användas för att underlätta virtuell screening med autodock Vina
  • World Community Grid kan användas av kvalificerade projekt för att köra AutoDock Vina-beräkningar gratis på det massivt parallella nätverket av datorer, där volontärer donerar sin lediga CPU-tid.
  • DockoMatic är ett grafiskt användargränssnitt avsett att underlätta virtuell screening med AutoDock och AutoDock Vina.
  • VinaLC är en modifiering av Vina av Lawrence Livermore National Laboratory som utnyttjar MPI på datorkluster
• andra verktyg som du sannolikt kommer att hitta användbara vid dockning eller virtuell screening med AutoDock Vina:
  • PyMOL är ett av de mest populära programmen för molekylär visualisering och kan användas för att visa dockningsresultaten
  • OpenBabel kan användas för att konvertera mellan olika strukturfilformat, tilldela protonationstillstånd etc.
  • ChemAxon Marvin kan användas för att visualisera strukturer, konvertera mellan olika strukturfilformat, tilldela protonationstillstånd etc.

användning

sammanfattning

användarsammanfattningen kan erhållas med”vina --help

inmatning: -- receptor arg styv del av receptorn (PDBQT) - flex arg flexibla sidokedjor, om någon (Pdbqt) - ligand arg ligand (PDBQT)Sökutrymme (krävs): - center_x arg x koordinat för Centrum-center_y arg y koordinat för Centrum-center_z arg Z koordinat för Centrum-size_x arg storlek i X dimension (Ångström) - size_y arg storlek i y dimension (Ångström) - size_z arg storlek i y dimension (Ångström) - size_z arg storlek i z dimension (Ångström) utgång (tillval): --out arg utgångsmodeller (pdbqt), är standard väljs baserat på ligand filnamn --log arg valfritt skriva Log filemisc (tillval): -- cpu arg antalet processorer att använda (standard är att försöka upptäcka antalet processorer eller, om inte, använd 1) --seed arg explicit random seed --exhaustiveness arg (=8) uttömmande av den globala sökningen (ungefär proportionell mot tiden): 1+ --num_modes arg (=9) maximalt antal bindningslägen för att generera --energy_range arg (=3) maximal energiskillnad mellan det bästa bindningsläget och det värsta som visas (kcal/mol)konfigurationsfil (tillval): --config arg ovanstående alternativ kan läggas härinformation (valfritt): -- hjälp display användning sammanfattning-help_advanced display användning sammanfattning med avancerade alternativ-version display programversion

konfigurationsfil

för enkelhetens skull kan vissa kommandoradsalternativ placeras i en konfigurationsfil.

till exempel:

receptor = hsg1/styv.pdbqtligand = ligand.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y = 25size_z = 25energy_range=4

I händelse av en konflikt har kommandoradsalternativet företräde framför konfigurationsfilen one.

Sökutrymme

sökutrymmet begränsar effektivt var de rörliga atomerna, inklusive de i de flexibla sidokedjorna, ska ligga.

Exhaustiveness

med standardinställningen (eller någon given) förexhaustivenessvarierar tiden för sökningen redan heuristiskt beroende på antalet atomer, flexibilitet etc. Normalt är det inte meningsfullt att spendera extra tid på att söka för att minska sannolikheten för att inte hitta det globala minimumet för poängfunktionen utöver vad som är betydligt lägre än sannolikheten för att minimumet är långt ifrån den ursprungliga konformationen.Men om du känner att den automatiska avvägningen mellan uttömmande och tid är otillräcklig kan du öka nivånexhaustiveness. Detta bör öka tiden linjärt och minska sannolikheten för att inte hitta det minsta exponentiellt.

utgång

energi

den förutsagda bindningsaffiniteten är ikcal/mol.

RMSD

rmsd-värden beräknas i förhållande till det bästa läget och använder endast rörliga tunga atomer. Två varianter av rmsd-mätvärden tillhandahålls,rmsd/lb(rmsd nedre gräns) ochrmsd/ub(rmsd övre gräns), olika i hur atomerna matchas i avståndsberäkningen:

• rmsd/ub matchar varje atom i en konformation med sig själv i den andra konformationen, ignorerar någon symmetri
• rmsd' matchar varje atom i en konformation med närmaste atom av samma elementtyp i den andra konformationen (rmsd' kan inte användas direkt, eftersom det inte är symmetriskt)
• rmsd/lb definieras enligt följande:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

vätepositioner

Vina använder en United-Atom scoring-funktion. Som i AutoDock behövs polära väten i ingångsstrukturerna för att korrekt skriva tunga atomer som vätebindningsgivare. I Vina är emellertid frihetsgraderna som bara rör väten, såsom hydroxylgruppens torsioner, degenererade. Därför kan vissa väteatomer i utgången förväntas placeras slumpmässigt (men överensstämmer med den kovalenta strukturen). För en united-atom-behandling är detta i huvudsak en kosmetisk fråga.

separata modeller

alla förutsagda bindningslägen, inklusive positionerna för de flexibla sidokedjorna, placeras i en multimodel PDBQT-filspecificerad av parametern ”out” eller vald som standard, baserat på ligandfilnamnet. Om det behövs kan den här filen delas upptill enskilda modeller med ett separat program som heter ”vina_split”, som ingår i distributionen.

Avancerade alternativ

AutoDock Vinas ”Avancerade alternativ” är avsedda att främst användas av personer som är intresserade av metodutveckling snarare än slutanvändarna. Användarsammanfattningen inklusive avancerade alternativ kan visas med

vina --help_advanced

de avancerade alternativen tillåter

• scoring utan minimering
• utför endast lokal optimering
• randomisera ingången utan sökning (detta är användbart för att testa dockningsprogram)
• ändra vikterna från deras standardvärden (se papperet för vad vikterna betyder)
• visar de enskilda bidragen till intermolekylär poäng, före viktning (dessa visas med ”--score_only”; se papperet för vad villkoren är)

virtuell Screening

du kanske vill välja några av verktygen som listas under annan programvara för att utföra virtuell screening. Alternativt, om du är bekant med skalskript, kan du göra virtuell screening utan dem.

exemplen nedan antar att Bash är ditt skal. De måste anpassas till dina specifika behov.

Windows

för att utföra virtuell screening på Windows kan du antingen använda Cygwin och Bash-skripten nedan, eller alternativt anpassa dem till Windows-skriptspråket.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Skriptet förutsätter attvinafinns i dittPATH.Annars, ändra det i enlighet därmed.

PBS Cluster

Om du har ett Linux Beowulf-kluster kan du utföra de enskilda dockningarna parallellt.

fortsätter med vårt exempel,istället för att utföra alla dockningar i en slinga lokalt,skriver vi ett *.job skript per ligand och använder qsub (ett PBS-kommando)för att schemalägga dessa skript som ska köras av klustret.

kör detta skalskript för att göra det.Skriptet förutsätter att vina och qsub finns i ditt PATH.Annars, ändra det i enlighet därmed.

när jobben har schemalagts kan du övervaka deras status med

qstat-u `whoami`

välja bästa resultat

Om du är på Unix och i en katalog som innehåller kataloger med pdbqt-filer, som alla är autodock Vina-resultat, kan du hitta det här Python-skriptet användbart för att välja de bästa resultaten. Kör det som:

vina_screen_get_top.py 10

för att få filnamnen på de 10 bästa träffarna, som sedan enkelt kan kopieras.

Historik

korta sammanfattningar av ändringar mellan versioner finns här.

Citation

om du använde AutoDock Vina i ditt arbete, vänligen citera:

O. Trott, aj Olson, AutoDock Vina: förbättra dockningens hastighet och noggrannhet med en ny poängfunktion, effektiv optimering och multithreading,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

få hjälp

sedenna sida om du har frågor om AutoDock Vina.

Rapportera fel

potentiella felrapporter är mycket uppskattade, även om du inte är helt säker på att de är fel.Vänligen inkludera dock inte begäran om hjälp tillsammans med din felrapport.Se denna sidainsead.

sannolika buggar:

• tidig uppsägning
• underlåtenhet att avsluta
• ändringar av de kovalenta längderna eller av de invarianta vinklarna i utmatningen
• ”uppenbarligen fel” kollisioner (kontrollera ditt ”sökutrymme” men)
• oenighet med dokumentationen

sannolikt inte buggar:

• allt som händer innan du kör Vina eller efter det är klart
• tillfällig oenighet med experimentet
• Vina vägran att öppna en fil som inte existerar (t. ex. försök ls conf.txt för att se om filen verkligen finns där)

rapportering

du kan skicka dina rapporter till AutoDock-e-postlistan. Kom ihåg att ange en beskrivande ”ämne” – rad och all information som behövs för att reproducera problemet du ser.