Daniel Jefferson Harris (aka Dirty Dan) anlände till Bellingham Bay-området i 1853 eller 1854, och blev vän med John Thomas, som hade lämnat in ett landanspråk längs padden Creek. Han hjälpte Thomas att starta en stuga där, men Thomas dog innan stugan var klar. Dan avslutade fordran på marken och den patenterade utfärdades 1871. Han förvärvade också flera omgivande fastigheter och namngav detta område Fairhaven, från det ursprungliga namnet see-See-lich-em, vilket betyder säker hamn eller fair haven (möjligen också från en stad i Maine som kanske eller inte har varit hans födelseort). Han plattade staden 1883 och började sälja massor. När hans förmögenhet förbättrades så gjorde hans utseende och rykte, så att han kunde gifta sig 1885. 1888 sålde han det mesta av sin egendom i Fairhaven till Nelson Bennett och åkte till Kalifornien. Nelson Bennett, tillsammans med Charles Larrabee, som anlände 1890, bildade Fairhaven Land Company, mestadels finansierat av Larrabee, fast besluten att växa Fairhaven till en storstad. De främjade landet rikt på naturresurser, bra väder och oändliga möjligheter, vilket fick befolkningen att växa från cirka 150 år 1889 till 8000 i slutet av 1890. En del av den ökningen berodde på att Fairhaven Land Company köpte en liten bosättning som heter Bellingham, undangömt mellan Sehome och Fairhaven, som hade ett postkontor från och med 1883.
Fairhaven, liksom många andra kuststäder i Washington, tävlade med andra Washington-städer om positionen som terminal city Of The Great Northern Railroad, men den titeln föll slutligen på Seattle. Under denna period av konkurrenskraft, som varade från slutet av 1870-talet till mitten av 1880-talet, Fairhaven antog sin ikoniska 19th century stil och tog på en estetisk vädjan till arkitektur och design. Även efter det beslutades att Seattle skulle hysa Great Northern Railroad terminal, befolkning och estetiskt sinnade konstruktion fortsatte att boom fram till slutet av 1890-talet. Fairhaven införlivades officiellt den 13 maj 1890. under 1890-talets spekulativa frenesi byggdes grand Fairhaven Hotel för att locka järnvägsmagnater att välja Fairhaven som västkustterminalen för transkontinentala järnvägar. Järnvägarna kom aldrig, men den imponerande kvarlevan av det gamla hotellet stod tills en brand och rivning 1953.
den 27 oktober 1903 röstade medborgare i Fairhaven och medborgare i en grannstad på Bellingham Bay, Whatcom City, för att konsolidera till en stad som heter Bellingham. Den 28 December 1903 grundades den nya staden Bellingham officiellt.1903 fick Fairhaven ett bidrag för att bygga områdets första Carnegie-finansierade bibliotek på 12th Street. Biblioteket fortsätter att fungera som en gren av Bellingham Public Library system.Fairhaven är också känd för sina historiska band till lax konservering, och från slutet av 1800-talet fram till 1940-talet var hem för många lax konservering verksamhet, sysselsätter så många som 4500 arbetare i området. På 1940-talet hade Stillahavsområdet amerikanskt fiske huvudkontor i Fairhaven och var känt som den största laxkonserveringsoperationen i världen.