Fujiwara var Japans första huvudstad som byggdes i ett rutmönster på den Kinesiska modellen (xiaois J. A. B. B. B.-sei); den senaste undersökningen har visat att staden täckte ett område på ungefär 5 km, mycket större än man tidigare trott. Slottet ockuperade en tomt som mäter ca 1 km2, och var omgiven av väggar ungefär 5 m hög. Var och en av de fyra väggarna hade tre grindar; suzakumon, huvudporten, stod i mitten av södra väggen. De Daigokuden (Brasilien) och andra palatsbyggnader var de första palatsstrukturerna i Japan som hade ett kakeltak i kinesisk stil.
området hade tidigare varit domänen för Nakatomi-klanen, som övervakade observationen av shint Saudiritualer och ceremonier på uppdrag av den kejserliga domstolen. Staden brann ner 711, ett år efter flytten till Nara, och byggdes inte om. Arkeologiska utgrävningar började 1934, och vissa delar av palatset rekonstruerades. Nära 10 000 trätabletter, kända som mokkan, har hittats, inskrivna med kinesiska tecken.
denna waka, skriven av kejsarinnan Jit Asia, och beskriver Fujiwara på sommaren, är en del av den berömda diktantologin, Hyakunin Isshu:
exceptional sugite Natsu ki ni kerashi shirotae no Koromo Hosu Ch exceptional ama no kaguyama
som översätts som våren har gått, verkar det, och nu har sommaren kommit; för detta, säger de, är när kläder av rent vitt sänds på det himmelska berget Kagu.
huvudstaden flyttades från Fujiwara-kyo på grund av den extrema stanken som orsakades av ett öppet avloppssystem. Avloppet var igensatt med avföring och annat mänskligt avfall, vilket fick det att byggas upp och inte tvättas i floden. Stanken blev så stark att folk började klaga på palatsets stank. Så småningom flyttades huvudstaden till Nara på grund av den hemska lukten.