Inokuleringsedit
laboratorietekniker inokulerar provet på vissa fasta agarplattor med streak plate-metoden eller i flytande odlingsmedium, beroende på vad syftet med isoleringen är:
- Om man bara vill isolera en viss grupp av bakterier, såsom Grupp A streptokocker från en halspinne, kan man använda ett selektivt medium som kommer att undertrycka tillväxten av samtidiga bakterier som förväntas i blandningen (av antibiotika som finns i agar), så att endast streptokocker är ”valda”, d.v. s. synligt sticker ut. För att isolera svampar kan Sabouraud agar användas. Alternativt gynnar dödliga tillstånd för streptokocker och gramnegativa bakterier som höga saltkoncentrationer i mannitolsaltagar överlevnad av eventuella stafylokocker som finns i ett prov av tarmbakterier, och fenolröd i agar fungerar som en ph-indikator som visar om bakterierna kan jäsa mannitol genom att utsöndra syra i mediet. I andra agar tillsätts ämnen för att utnyttja en organisms förmåga att producera ett synligt pigment (t. ex. granada medium för grupp B streptokocker) som ändrar bakteriekolonins färg, eller för att lösa upp blodagar genom hemolys så att de lättare kan upptäckas. Vissa bakterier som Legionella-arter kräver särskilda näringsämnen eller toxinbindning som i kol för att växa och därför måste media som buffrad koljästextrakt agar användas.
- Om man vill isolera så många eller alla stammar som möjligt måste olika näringsmedier såväl som berikade medier, såsom blodagar och chokladagar och anaeroba odlingsmedier som tioglykolatbuljong inokuleras. För att räkna upp tillväxten kan bakterier suspenderas i smält agar innan den blir fast och hälls sedan i petriskålar, den så kallade hällplattmetoden som används i miljömikrobiologi och livsmedelsmikrobiologi (t.ex. mejeriprovning) för att fastställa det så kallade aeroba plattantalet.
Inkubationedit
Efter att provet har inokulerats i eller på valmediet inkuberas de under lämpliga atmosfäriska inställningar, såsom aeroba, anaeroba eller mikroaerofila förhållanden eller med tillsatt koldioxid (5%), vid olika temperaturinställningar, till exempel 37 kcal C i en inkubator eller i kylskåp för kall anrikning, under lämpligt ljus, till exempel strikt utan ljus inslaget i papper eller i en mörk flaska för scotokromogen mykobakterier, och under olika längder, eftersom olika bakterier växer vid en olika hastighet, varierande från timmar (Escherichia coli) till veckor (t ex mykobakterier).
vid regelbundna seriella intervaller inspekterar laboratorietekniker och mikrobiologer mediet för tecken på synlig tillväxt och registrerar det. Inspektionen måste återigen ske under förhållanden som gynnar isolatets överlevnad, dvs i en ’anaerob kammare’ för anaeroba bakterier till exempel, och under förhållanden som inte hotar den som tittar på plattorna från att smittas av en särskilt infektiös mikrobe, dvs under ett biologiskt säkerhetsskåp för Yersinia pestis (pest) eller Bacillus anthracis (miltbrand) till exempel.
IdentificationEdit
När bakterier har synligt vuxit blandas de ofta fortfarande. Identifieringen av en mikrob beror på isoleringen av en enskild koloni, eftersom biokemisk testning av en mikrobe för att bestämma dess olika fysiologiska egenskaper beror på en ren culture.To gör en subkultur, man arbetar igen i aseptisk teknik i mikrobiologi, lyfter en enda koloni från agarytan med en slinga och sträcker materialet i 4 kvadranter av en agarplatta eller överallt om kolonin var singulär och såg inte blandad ut.Gramfärgning av råprovet före inkubation eller färgning av nyodlat kolonimaterial hjälper till att avgöra om en koloni består av likformigt uppträdande bakterier eller blandas, och bakteriens färg och form tillåter en första klassificering baserad på morfologi. I klinisk mikrobiologi används många andra färgningstekniker för vissa organismer (syra snabb bakteriell fläck för mykobakterier). Immunologiska färgningstekniker, såsom direkt immunofluorescens, har utvecklats för medicinskt viktiga patogener som växer långsamt (Auramin-rhodaminfläck för mykobakterier) eller svåra att växa (såsom Legionella pneumophila-arter) och där testresultatet skulle förändra standardhantering och empirisk terapi.
biokemisk testning av bakterier involverar en uppsättning agarer i flaskor för att separera rörliga från icke-rörliga bacteria.In 1970 en miniatyriserad version utvecklades, kallad analytisk profilindex.
framgångsrik identifiering via t. ex. genomsekvensering och genomik beror på rena kulturer.