|
Automatisk oligonukleotiddesign för PCR-baserad gensyntes
|
hjälp
|
tillgängligheten av sekvenser av hela genom har dramatiskt ökat antalet proteinmål, varav många måste överuttryckas i andra celler än den ursprungliga DNA-källan. Gensyntes ger ofta ett snabbt och ekonomiskt effektivt tillvägagångssätt. Den syntetiska genen kan optimeras för uttryck och konstrueras för enkel mutationsmanipulation utan hänsyn till modergenomet. Ändå kan design och konstruktion av syntetiska gener, särskilt de som kodar för stora proteiner, vara en långsam, svår och förvirrande process. DNAWorks automatiserar utformningen av oligonukleotider för gensyntes med PCR-baserade metoder.
en beskrivning av de ursprungliga DNAWorks finns i vår publikation (Hoover, D. och Lubkowski, J., 2002).
För ytterligare förbättringar i dnaworks prestanda är återkoppling om framgång eller misslyckande av gensyntes med hjälp av DNAWorks mycket viktigt. Låt oss veta om resultatet av dina syntesexperiment.
DNAWorks är öppen källkod och kan laddas ner frånhttps://github.com/davidhoover/DNAWorks. Om du kan hitta en A Fortran kompilator, du kan köra DNAWorks via kommandoraden.
exempel:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc