Pacific Biosciences (PacBio) kommersialiserade SMRT-sekvensering 2011, efter att ha släppt en betaversion av sitt RS-instrument i slutet av 2010.
RS och RS IIEdit
vid kommersialisering hade läslängden en normalfördelning med ett medelvärde på cirka 1100 baser. Ett nytt kemipaket som släpptes i början av 2012 ökade sequencerens läslängd; en tidig kund av kemin citerade genomsnittliga läslängder på 2500 till 2900 baser.XL chemistry kit som släpptes i slutet av 2012 ökade Genomsnittlig läslängd till mer än 4300 baser.
den 21 augusti 2013 släppte PacBio nytt DNA-polymerasbindningssats P4. Detta P4-enzym har genomsnittliga läslängder på mer än 4300 baser när de paras ihop med C2-sekvenseringskemi och mer än 5000 baser när de paras ihop med XL-Kemi. Enzymets noggrannhet liknar C2 och når QV50 mellan 30x och 40x täckning. De resulterande P4-attributen gav enheter av högre kvalitet med färre SMRT-celler och med förbättrad variantsamtal. När det kombineras med input DNA-storleksval (med hjälp av ett elektroforesinstrument som BluePippin) ger Genomsnittlig läslängd över 7 kilobaser.
den 3 oktober 2013 släppte PacBio ny reagenskombination för PacBio RS II, P5-DNA-polymeraset med C3-Kemi (P5-C3). Tillsammans förlänger de sekvenseringsläsningslängder till i genomsnitt cirka 8 500 baser, med de längsta avläsningarna som överstiger 30 000 baser. Genomströmning per SMRT-cell är cirka 500 miljoner baser demonstrerade genom sekvenseringsresultat från CHM1-cellinjen.
den 15 oktober 2014 tillkännagav PacBio lanseringen av ny kemi P6-C4 för RS II – systemet, som representerar företagets 6: e generation av polymeras och 4: e generationens Kemi, förlänger ytterligare Den genomsnittliga läslängden till 10 000-15 000 baser, med den längsta läsningen som överstiger 40 000 baser. Genomströmningen med den nya kemin förväntades vara mellan 500 miljoner till 1 miljard baser per SMRT-Cell, beroende på provet som sekvenseras. Detta var den slutliga versionen av kemi som släpptes för RS-instrumentet.
genomströmning per experiment för tekniken påverkas både av läslängden av DNA-molekyler sekvenserade såväl som total multiplex av en SMRT-Cell. Prototypen av SMRT-cellen innehöll cirka 3000 ZMW-hål som möjliggjorde parallelliserad DNA-sekvensering. Vid kommersialisering mönstrades SMRT-cellerna vardera med 150 000 ZMW-hål som lästes i två uppsättningar av 75 000. I April 2013 släppte företaget en ny version av sequencer som heter ”PacBio RS II” som använder alla 150 000 ZMW-hål samtidigt, vilket fördubblar genomströmningen per experiment. Det högsta genomströmningsläget i November 2013 använde P5-bindning, C3-Kemi, val av BluePippin-storlek och en PacBio RS II gav officiellt 350 miljoner baser per SMRT-Cell även om en human de novo-datamängd släpptes med kemin i genomsnitt 500 miljoner baser per SMRT-Cell. Genomströmningen varierar beroende på vilken typ av prov som sekvenseras. Med introduktionen av P6-C4-Kemi ökade typisk genomströmning per SMRT-Cell till 500 miljoner baser till 1 miljard baser.
| C1 | C2 | P4-XL | P5-C3 | P6-C4 | |
|---|---|---|---|---|---|
| Average read length bases | 1100 | 2500 – 2900 | 4300 – 5000 | 8500 | 10,000 – 15,000 |
| Throughput per SMRT Cell | 30M – 40M | 60M – 100M | 250M – 300M | 350M – 500M | 500M – 1B |
SequelEdit
i September 2015 tillkännagav företaget lanseringen av ett nytt sekvenseringsinstrument, uppföljningssystemet, som ökade kapaciteten till 1 miljon ZMW-hål.
med Uppföljningsinstrumentet var initiala läslängder jämförbara med RS, och senare släpper Kemi ökad läslängd.
den 23 januari 2017 släpptes v2-kemin. Det ökade genomsnittliga läslängder till mellan 10 000 och 18 000 baser.
den 8 mars 2018 släpptes 2.1-kemin. Den ökade den genomsnittliga läslängden till 20 000 baser och hälften av alla läser över 30 000 baser i längd. Utbyte per SMRT-Cell ökade till 10 eller 20 miljarder baser, för antingen stora insatsbibliotek eller kortare insatsbibliotek (t.ex. amplicon).
den 19 September 2018 tillkännagav företaget uppföljaren 6.0 kemi med genomsnittliga läslängder ökade till 100 000 baser för kortare infoga bibliotek och 30.000 för längre infoga bibliotek. Smrt-cellutbytet ökade upp till 50 miljarder baser för kortare infogningsbibliotek.
| V2 | 2.1 | 6.0 | |
|---|---|---|---|
| genomsnittliga läslängdsbaser | 10 000-18 000 | 20 000-30 000 | 30 000-100 000 | genomströmning per SMRT – Cell | 5B – 8B | 10B – 20B | 20B – 50B |
8m chipedit
i april 2019 släppte företaget en ny smrt – cell med åtta miljoner ZMW, vilket ökar den förväntade genomströmning per smrt – cell med en faktor åtta. Early access-kunder i mars 2019 rapporterade genomströmning över 58 kundkörningsceller med 250 GB råutbyte per cell med mallar om 15 kb i längd och 67,4 GB utbyte per cell med mallar i molekyler med högre vikt. Systemprestanda rapporteras nu i antingen kontinuerlig långläsning med hög molekylvikt eller i förkorrigerad HiFi (även känd som cirkulär konsensussekvens (CCS)) läser. För högmolekylära läser ungefär hälften av alla läser är längre än 50 kb i längd.
| tidig åtkomst | 1.0 | 2.0 | genomströmning per SMRT-Cell | ~67.4 GB | upp till 160 GB | upp till 200 GB |
|---|
hifi-prestandan inkluderar korrigerade baser med kvalitet över phred-poäng Q20, med upprepade AMPLICONPASS för korrigering. Dessa tar amplikoner upp till 20kb i längd.
| Early Access | 1.0 | 2.0 | |
|---|---|---|---|
| Raw reads per SMRT Cell | ~250 GB | Up to 360 GB | Up to 500 GB |
| Corrected reads per SMRT Cell (>Q20) | ~25 GB | Up to 36 GB | Up to 50 GB |