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Conception automatique d’oligonucléotides pour la synthèse de gènes basée sur la PCR
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La disponibilité de séquences de génomes entiers a considérablement augmenté le nombre de cibles protéiques, dont beaucoup devront être surexprimées dans des cellules autres que la source originale d’ADN. La synthèse des gènes fournit souvent une approche rapide et économiquement efficace. Le gène synthétique peut être optimisé pour l’expression et construit pour une manipulation mutationnelle facile sans tenir compte du génome parent. Pourtant, la conception et la construction de gènes synthétiques, en particulier ceux codant pour de grandes protéines, peuvent être un processus lent, difficile et déroutant. DNAWorks automatise la conception d’oligonucléotides pour la synthèse de gènes par des méthodes basées sur la PCR.
Une description des DNAWorks originaux se trouve dans notre publication (Hoover, D. et Lubkowski, J., 2002).
Pour améliorer encore les performances de DNAWorks, le retour d’information sur le succès ou l’échec de la synthèse de gènes à l’aide de DNAWorks est très important. Veuillez nous informer du résultat de vos expériences de synthèse.
DNAWorks est open-source et peut être téléchargé à partir de https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Si vous pouvez trouver un compilateur Fortran, vous pouvez exécuter DNAWorks via la ligne de commande.
Exemple:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc