AutoDock Vina Manual

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Contenu

• Caractéristiques
• Licence
• Tutoriel
• Questions fréquemment posées
• Notes de la Plateforme et Installation
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • Construction à partir de la Source
• Autres Logiciels
• Utilisation
  • Résumé
  • Fichier de configuration
  • Espace de recherche
  • Exhaustivité
  • Sortie
  • Options avancées
• Projection virtuelle
• Historique
• Citation
• Obtenir de l’aide
• Signaler des bogues

Caractéristiques

Précision AutoDock Vina s’améliore considérablement la précision moyenne des prédictions du mode de liaison par rapport à AutoDock 4, à en juger par nos tests sur l’ensemble d’entraînement utilisé dans le développement d’AutoDock 4. En outre et indépendamment, AutoDock Vina a été testé par le groupe Watowich contre un test de dépistage virtuel appelé Répertoire des Leurres utiles, et s’est avéré être « un concurrent puissant par rapport aux autres programmes et en tête du peloton dans de nombreux cas ». Il convient de noter que les six autresprogrammes de verrouillage, auxquels il a été comparé, sont distribués commercialement. Compatibilité des outils AutoDock Pour son entrée et sa sortie, Vina utilise le même format de fichier de structure moléculaire PDBQT utilisé par AutoDock. Les fichiers PDBQT peuvent être générés (de manière interactive ou en mode batch) et visualisés à l’aide de MGLTools.D’autres fichiers, tels que les fichiers de paramètres AutoDock et AutoGrid (GPF, DPF) et les fichiers de carte de grille ne sont pas nécessaires.

Précision de prédiction du mode de liaison sur l’ensemble de test. « AutoDock » fait référence à l’AutoDock 4 et « Vina » à l’AutoDock Vina 1.

Facilité d’utilisation

La philosophie de conception de Vina n’est pas d’exiger de l’utilisateur qu’il comprenne les détails de sa mise en œuvre, qu’il modifie des paramètres de recherche obscurs, des résultats de grappes ou qu’il connaisse une algèbre avancée (quaternions). Tout ce qui est requis est la structure des molécules à ancrer et la spécification de l’espace de recherche, y compris le site de liaison. Il n’est pas nécessaire de calculer des cartes de grille et d’attribuer des charges atomiques. Le résumé d’utilisation peut être imprimé avec « vina --help« . Le résumé reste automatiquement synchronisé avec les scénarios d’utilisation possibles.

Qualité de l’implémentation

• De par leur conception, les résultats ne doivent pas présenter de biais statistique lié à la conformation de la structure d’entrée.
• Une attention particulière est portée à la vérification de l’exactitude syntaxique de la saisie et au signalement des erreurs à l’utilisateur de manière lucide.
• L’invariance des longueurs de liaison covalente est automatiquement vérifiée dans les structures de sortie.
• Vina évite d’imposer des restrictions artificielles, telles que le nombre d’atomes dans l’entrée, le nombre de torsions, la taille de l’espace de recherche, l’exhaustivité de la recherche, etc.

Chaînes latérales flexibles

Comme dans AutoDock 4, certaines chaînes latérales du récepteur peuvent être choisies pour être traitées comme flexibles lors de l’amarrage.

Vitesse AutoDock Vina a tendance à être plus rapide que AutoDock 4 par ordre de grandeur. Plusieurs processeurs/cœurs De plus, Vina peut tirer parti de plusieurs PROCESSEURS ou cœurs de PROCESSEUR sur votre système pour réduire considérablement sa durée de fonctionnement. Grille de la Communauté mondiale Les projets qualifiés peuvent exécuter gratuitement des calculs de Vina AutoDock sur la grille de la Communauté mondiale massivement parallèle.Les projets existants utilisant AutoDock Vina comprennent ceux ciblant les aides, le Paludisme, la Leishmaniose et la schistosomiase.Certains de ces projets durent en moyenne plus de 50 ans de calcul par jour.

Temps moyen par paire récepteur-ligand sur l’ensemble de test. »AutoDock » fait référence à l’AutoDock 4 et « Vina » à l’AutoDock Vina 1.

License

AutoDock Vina est publié sous une licence Apache très permissive, avec peu de restrictions sur l’utilisation commerciale ou non commerciale, ou sur les œuvres dérivées.Le texte de la licence peut être trouvé ici.

Tutoriel

Si vous n’avez jamais utilisé AutoDock Vina auparavant, veuillez étudier le Tutoriel vidéo avant de tenter de l’utiliser.

Ce tutoriel vidéo montre l’amarrage moléculaire de l’imatinib à l’aide de Vina avec des outils de verrouillage automatique et de PyMOL

Foire aux questions

Comment commencer à apprendre à utiliser Vina ?

Regarder le tutoriel vidéo pourrait être la meilleure façon de le faire.

Quelle est la signification ou la signification du nom « Vina »? Pourquoi a-t-il été développé?

Veuillez consulter cet article de la liste de diffusion.

Quelle est la précision d’AutoDock Vina ?

Voir Caractéristiques

Il convient de noter que la précision prédictive varie beaucoup en fonction de la cible, il est donc logique d’évaluer d’abord AutoDock Vina par rapport à votre cible particulière, si vous avez des actifs connus, ou une structure ligand native liée, avant de commander des composés. Lors de l’évaluation d’un moteur d’amarrage dans un écran virtuel rétrospectif, il peut être judicieux de sélectionner des leurres de taille similaire, et peut-être d’autres caractéristiques physiques, à vos actifs connus.

Quelle est la différence entre AutoDock Vina et AutoDock 4?

AutoDock 4 (et les versions précédentes) et AutoDock Vina ont tous deux été développés dans le Laboratoire de graphisme Moléculaire de l’Institut de recherche Scripps. AutoDock Vina hérite de certaines des idées et approches d’AutoDock 4, telles que le traitement de l’amarrage comme une opimisation globale stochastique de la fonction de notation, le précalcul des cartes de grille (Vina le fait en interne) et d’autres astuces d’implémentation, telles que le calcul de l’interaction entre chaque paire de types d’atomes à chaque distance. Il utilise également le même type de format de structure (PDBQT) pour une compatibilité maximale avec les logiciels auxiliaires.

Cependant, le code source, la fonction de notation et les algorithmes utilisés sont tout nouveaux, il est donc plus correct de considérer AutoDock Vina comme une nouvelle « génération » plutôt que comme une « version » d’AutoDock. Les performances ont été comparées dans la publication originale, et en moyenne, AutoDock Vina a fait nettement mieux, à la fois en vitesse et en précision. Cependant, pour une cible donnée, l’un ou l’autre programme peut fournir un meilleur résultat, même si AutoDock Vina est plus susceptible de le faire.Cela est dû au fait que les fonctions de notation sont différentes et que les deux sont inexactes.

Quelle est la différence entre les outils AutoDock Vina et AutoDock ?

AutoDock Tools est un module du progiciel MGL Tools spécialement conçu pour générer des entrées (fichiers PDBQT) Pourautodock ou Vina. Il peut également être utilisé pour visualiser les résultats.

Puis-je ancrer deux protéines avec AutoDock Vina?

Vous pouvez peut-être le faire, mais AutoDock Vina est conçu uniquement pour l’amarrage récepteur-ligand. Il existe de meilleurs programmes pour l’amarrage protéine-protéine.

Vina fonctionnera-t-il sur ma machine 64 bits ?

Oui. De par leur conception, les machines modernes 64 bits peuvent exécuter des binaires 32 bits en mode natif.

Pourquoi est-ce que je reçois « impossible d’ouvrir conf.erreur « txt » ? Le fichier existe !

Souvent, les navigateurs de fichiers masquent l’extension de fichier, donc alors que vous pensez avoir un fichier « conf.txt« , il s’appelle en fait « conf.txt.txt« .Ce paramètre peut être modifié dans le panneau de configuration ou les préférences système.

Vous devez également vous assurer que le chemin du fichier que vous fournissez est correct par rapport au répertoire (dossier) dans lequel vous vous trouvez, par exemple si vous faites simplement référence à conf.txt dans la ligne de commande, assurez-vous que vous vous trouvez dans le même répertoire (dossier) que ce fichier. Vous pouvez utiliser les commandes ls ou dir sous Linux/macOS et Windows, respectivement, pour répertorier le contenu de votre répertoire.

Pourquoi ai-je des « erreurs d’utilisation » lorsque j’essaie de suivre le tutoriel vidéo?

Les options de la ligne de commande ont quelque peu changé depuis l’enregistrement du tutoriel. En particulier, « --out » a remplacé « --all« .

Vina fonctionne bien sur ma machine, mais lorsque je l’exécute sur mon cluster Linux exotique, j’obtiens une erreur « ressource de thread boost ». Pourquoi?

Votre cluster Linux est configuré de manière à interdire la création de threads. Par conséquent, Vina ne peut pas courir. Contactez votre administrateur système.

Pourquoi ma conformation ancrée est-elle différente de ce que vous obtenez dans le tutoriel vidéo?

L’algorithme d’amarrage n’est pas déterministe. Même si avec cette paire récepteur-ligand, le minimum de la fonction de notation correspond à la conformation correcte, l’algorithme d’amarrage ne parvient parfois pas à la trouver. Essayez plusieurs fois et voyez par vous-même. Notez que la probabilité de ne pas trouver le mininum peut être différente avec un système différent.

Ma conformation ancrée est la même, mais mes énergies sont différentes de ce que vous obtenez dans le tutoriel vidéo. Pourquoi?

La fonction de notation a changé depuis l’enregistrement du tutoriel, mais uniquement dans la partie indépendante de la conformation : la pénalité de flexibilité spécifique au ligand a changé.

Pourquoi mes résultats semblent-ils bizarres dans PyMOL ?

PDBQT n’est pas un format de structure moléculaire standard. La version de PyMOL utilisée dans le tutoriel (0.99rc6) l’affiche bien (car PDBQT est quelque peu similaire à PDB).Cela pourrait ne pas être le cas pour les versions plus récentes de PyMOL.

Une autre façon de voir les résultats?

Vous pouvez également afficher les fichiers PDBQT dans PMV (une partie des outils MGL), ou les convertir dans un format de fichier différent (par exemple en utilisant des outils de verrouillage automatique, ou avec « enregistrer sous » dans PMV)

Quelle doit être la taille de l’espace de recherche?

Aussi petit que possible, mais pas plus petit. Plus l’espace de recherche est petit, plus il est facile pour l’algorithme d’amarrage de l’explorer.D’autre part, il n’explorera pas les positions des ligands et des atomes de chaînes latérales flexibles en dehors de l’espace de recherche. Vous devriez probablement éviter les espaces de recherche plus grands que 30 x 30 x 30 Angstrom, sauf si vous augmentez également « --exhaustiveness« .

Pourquoi vois-je un avertissement indiquant que le volume d’espace de recherche est supérieur à 27000 Angstrom ^ 3?

C’est probablement parce que vous aviez l’intention de spécifier les tailles d’espace de recherche dans « points de grille » (0,375 Angstrom), comme dans AutoDock 4.Les tailles d’espace de recherche Vina AutoDock sont données en Angstroms à la place. Si vous aviez vraiment l’intention d’utiliser un espace de recherche inhabituellegrand, vous pouvez ignorer cet avertissement, mais notez que le travail de l’algorithme de recherche peut être plus difficile.Vous devrez peut-être augmenter la valeur de exhaustiveness pour la compenser. Cela conduira à un temps d’exécution plus long.

La conformation liée semble raisonnable, sauf pour les hydrogènes. Pourquoi?

AutoDock Vina utilise en fait une fonction de notation des atomes unifiés, c’est-à-dire qui n’implique que les atomes lourds.Par conséquent, les positions des hydrogènes dans la sortie sont arbitraires.Les hydrogènes dans le fichier d’entrée sont utilisés pour décider quels atomes peuvent être des donneurs ou des accepteurs de liaisons hydrogène, de sorte que la protonation correcte des structures d’entrée est toujours importante.

Qu’est-ce que « l’exhaustivité » contrôle vraiment, sous le capot ?

Dans l’implémentation actuelle, le calcul d’amarrage consiste en un certain nombre d’essais indépendants, à partir de conformations aléatoires.Chacune de ces étapes consiste en un certain nombre d’étapes séquentielles. Chaque étape implique une perturbation aléatoire de la conformation suivie d’une optimisation locale (utilisant l’algorithme de Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno) et une sélection dans laquelle l’étape est acceptée ou non. Chaque optimisation locale implique de nombreuses évaluations de la fonction de notation ainsi que de ses dérivées dans les coordonnées position-orientation-torsions.Le nombre d’évaluations dans une optimisation locale est guidé par la convergence et d’autres critères.Le nombre de pas dans une course est déterminé de manière heuristique, en fonction de la taille et de la flexibilité du ligand et des chaînes latérales flexibles. Cependant, le nombre d’exécutions est défini par le paramètre exhaustiveness. Étant donné que les exécutions individuelles sont exécutées en parallèle, le cas échéant, exhaustiveness limite également le parallélisme.Contrairement à AutoDock 4, dans AutoDock Vina, chaque exécution peut produire plusieurs résultats: des résultats intermédiaires prometteurs sont mémorisés.Ceux-ci sont fusionnés, affinés, regroupés et triés automatiquement pour produire le résultat final.

Pourquoi n’ai-je pas la conformation liée correcte?

Cela peut être n’importe laquelle d’un certain nombre de choses:

• Si vous venez d’AutoDock 4, une erreur très courante est de spécifier l’espace de recherche en « points » (0,375 Angstrom), au lieu d’Angstroms.
• Votre ligand ou récepteur n’a peut-être pas été correctement protoné.
• Malchance (l’algorithme de recherche aurait pu trouver la conformation correcte avec une bonne probabilité, mais était tout simplement malchanceux). Essayez à nouveau avec une graine différente.
• Le minimum de la fonction de notation correspond à la conformation correcte, mais l’algorithme de recherche a du mal à la trouver. Dans ce cas, une plus grande exhaustivité ou un espace de recherche plus petit devraient aider.
• Le minimum de la fonction de notation n’est tout simplement pas là où se trouve la conformation correcte. Essayer encore et encore n’aidera pas, mais peut parfois donner la bonne réponse si deux torts (recherche inexacte et notation) font un droit. L’amarrage est une approche approximative.
• Par rapport à ce qui précède, le coupable peut également être la qualité de la structure du récepteur aux rayons X ou à la RMN.
• Si vous ne faites pas de redocking, c’est-à-dire en utilisant la forme d’ajustement induit correcte du récepteur, les effets d’ajustement induit sont peut-être suffisamment importants pour affecter le résultat de l’expérience d’amarrage.
• Les anneaux ne peuvent être rigides que pendant l’amarrage. Peut-être ont-ils la mauvaise conformation, affectant le résultat.
• Vous utilisez un ligand 2D (plat) comme entrée.
• La conformation liée réelle du ligand peut parfois être différente de ce que montre la structure des rayons X ou de la RMN.
• Autres problèmes

Comment puis-je modifier la fonction de notation?

Vous pouvez modifier les poids facilement, en les spécifiant dans le fichier de configuration, ou dans la ligne de commande. Par exemple

vinaweightweight_hydrogène -1.2...

double la force de toutes les liaisons hydrogène.La fonctionnalité

qui permettrait aux utilisateurs de créer de nouveaux types atom et pseudo-atom, et de spécifier leurs propres fonctions d’interaction est prévue pour le futur.

Cela devrait faciliter l’adaptation de la fonction de notation à des cibles spécifiques, modéliser l’amarrage covalent et la flexibilité du macro-cycle, expérimenter de nouvelles fonctions de notation et, à l’aide de pseudo-atomes, créer des modèles d’interaction directionnelle.

Restez à l’écoute de la liste de diffusion AutoDock, si vous souhaitez être informé des versions bêta-test.

Pourquoi n’ai-je pas autant de modes de liaison que je le spécifie avec « --num_modes« ?

Cette option spécifie le nombre maximum de modes de liaison à la sortie. L’algorithme d’amarrage peut trouver moins de modes de liaison « intéressants » en interne.Le nombre de modes de liaison dans la sortie est également limité par le « energy_range« , que vous voudrez peut-être augmenter.

Pourquoi les résultats ne changent-ils pas lorsque je change les charges partielles ?

AutoDock Vina ignore les frais partiels fournis par l’utilisateur. Il a sa propre façon de traiter les interactions électrostatiques à travers les termes de liaison hydrophobe et hydrogène. Voir la publication originale pour plus de détails sur la fonction de notation.

J’ai changé quelque chose, et maintenant les résultats d’amarrage sont différents. Pourquoi?

Premièrement, si vous n’aviez rien changé, certains résultats auraient pu être différents de toute façon, en raison de la nature non déterministe de l’algorithme de recherche.La reproductibilité exacte peut être assurée en fournissant le même seed aléatoire aux deux calculs, mais seulement si toutes les autres entrées et paramètres sont également identiques. Même des modifications mineures de l’entrée peuvent avoir un effet similaire à une nouvelle graine aléatoire.Ce qui est logique de discuter estles propriétés statistiques des calculs: par exemple, « avec le nouvel état de protonation, Vina est beaucoup moins susceptible de trouver la conformation ancrée correcte ».

Comment utiliser les chaînes latérales flexibles ?

Vous divisez le récepteur en deux parties: rigide et flexible, cette dernière étant représentée de la même manière que le ligand. Reportez-vous à la section « Fichiers PDBQT des récepteurs flexibles » du Guide de l’utilisateur AutoDock4.2 (page 14) pour savoir comment procéder dans les Outils AutoDock.Ensuite, vous pouvez émettre cette commande : vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Voir aussi cet article sur ce sujet.

Comment faire un dépistage virtuel ?

Veuillez consulter la section correspondante du manuel.

Veuillez noter qu’une variété d’applications de gestion d’amarrage existent pour vous aider dans cette tâche.

Je n’ai pas suffisamment de ressources informatiques pour exécuter un écran virtuel. Quelles sont mes options?

Vous pourrez peut-être exécuter votre projet sur la grille de la Communauté mondiale ou utiliser DrugDiscovery@TACC. Voir D’Autres Logiciels.

J’ai des idées de nouvelles fonctionnalités et d’autres suggestions.

Pour les nouvelles fonctionnalités proposées, nous souhaitons qu’il y ait un large consensus, résultant d’un débat public, sur leur nécessité.Veuillez envisager de commencer ou de rejoindre une discussion sur la liste de diffusion AutoDock.

Répondrez-vous à mes questions sur Vina si je vous envoie un e-mail ou vous appelle ?

Non. Vina est soutenu par la communauté. Les auteurs n’ont aucune obligation d’aider les autres dans leurs projets.Veuillez consulter cette page pour savoir comment obtenir de l’aide.

Notes sur la plate-forme et installation

Compatibilité Windows

Vina devrait fonctionner sur Windows XP et les systèmes plus récents.

Installation

Double-cliquez sur le fichier MSI téléchargé et suivez les instructions

En cours d’exécution

Ouvrez l’invite de commande et, si vous avez installé Vina à l’emplacement par défaut, tapez

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe"helphelp

Si vous utilisez Cygwin, la commande ci-dessus serait à la place

/cygdrive/c/Program\Files/The\Scripps\Research\Institute/Vina/vinahelphelp

Voir le tutoriel vidéo pour plus de détails.N’oubliez pas de consulter d’autres logiciels pour les interfaces graphiques, etc.

Linux

Compatibilité

Vina devrait fonctionner sur les systèmes Linux 64 bits x86 et compatibles.

Installation

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

En option, vous pouvez copier les fichiers binaires où vous le souhaitez.

En cours d’exécution

./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vinahelphelp

Si l’exécutable se trouve dans votrePATH, vous pouvez simplement taper « vina --help » à la place.Voir le tutoriel vidéo pour plus de détails.N’oubliez pas de consulter d’autres logiciels pour les interfaces graphiques, etc.

Mac

Compatibilité

La version 64 bits devrait fonctionner sur Mac OS X 10.15 (Catalina) et plus récent.La version 32 bits de Vina devrait fonctionner sur Mac OS X de 10.4 (Tiger) à 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type « vina --help » instead.Voir le tutoriel vidéo pour plus de détails.N’oubliez pas de consulter d’autres logiciels pour les interfaces graphiques, etc.

Construire à partir de la source

Attention: Construire Vina à partir de la source n’est PAS destiné à être fait par des utilisateurs réguliers!(ces instructions peuvent être obsolètes)

Étape 1: Installez une suite de compilateurs C++

Sous Windows, vous voudrez peut-être installer Visual Studio; sous OS X, Xcode; et sous Linux, la suite de compilateurs GCC.

Étape 2: Installez Boost

Installez Boost.(La version 1.41.0 a été utilisée pour compiler les binaires officiels. Avec d’autres versions, votre chance peut varier) Puis, créez et exécutez l’un des exemples de programmes, tels que l’exemple Regex, pour confirmer que vous avez terminé cette étape. Si vous ne pouvez pas le faire, veuillez demander de l’aide à la communauté Boost.

Étape 3: Build Vina

Si vous utilisez Visual Studio, vous pouvez créer trois projets:libmainetsplit, avec le code source des sous-répertoires appropriés.libdoit être une bibliothèque dont dépendent les autres projets, etmainetsplitdoit être une application unique. Pour des performances optimales, n’oubliez pas de compiler en utilisant le modeRelease.

Sous OS X et Linux, vous pouvez naviguer vers le sous-répertoire build approprié, personnaliser le Makefile en définissant les chemins et la version Boost, puis tapez

make dependmake

Autres logiciels

Avertissement: Cette liste est fournie à titre d’information uniquement et ne constitue pas une approbation.

• Outils spécialement conçus pour une utilisation avec AutoDock Vina (sans ordre particulier):
  • MGLTools, qui inclut les outils de verrouillage automatique (ADT) et la visionneuse moléculaire Python (PMV). ADT est nécessaire pour générer des fichiers d’entrée pour AutoDock Vina, et PMV peut être utilisé pour afficher les résultats
  • PyRx peut être utilisé pour configurer l’amarrage et le dépistage virtuel avec AutoDock Vina et pour afficher les résultats
  • Le nouveau plugin Autodock / Vina pour PyMOL peut être utilisé pour configurer l’amarrage et le dépistage virtuel avec AutoDock Vina et pour afficher les résultats
  • Plate-forme de conception de médicaments assistée par ordinateur utilisant PyMOL est un autre plugin pour PyMOL qui intègre également AMBER, Réduire et GLISSER.
  • AutoGrow utilise AutoDock Vina dans sa procédure de conception rationnelle de médicaments
  • NNScore recalculera les résultats de Vina à l’aide d’un réseau de neurones artificiels formés sur la liaison MOAD et PDBBind
  • Une couche graphique Vina pour Windows de Biochem Lab Solutions peut être utilisée pour faciliter le dépistage virtuel avec AutoDock Vina
  • VSDK peut être utilisé pour faciliter le dépistage virtuel avec AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV peut être utilisé pour faciliter le dépistage virtuel avec AutoDock Vina
  • DrugDiscovery @TACC vous permet de faire un dépistage virtuel avec AutoDock Vina via leur site Web
  • Le pipeline de CADD NBCR donne accès au criblage virtuel avec AutoDock Vina sur les ordinateurs NBCR
  • MOLA est un système amorçable et auto-configurable pour le criblage virtuel à l’aide d’AutoDock4 / Vina sur des clusters d’ordinateurs
  • SMINA est une modification de Vina qui se connecte à OpenBabel pour les E / S et prend en charge des ajustements supplémentaires de la fonction de notation
  • Le pipeline hors cible est une plate-forme destinée à effectuer l’identification et l’amarrage de cibles secondaires
  • AUDocker peut être utilisé pour faciliter le dépistage virtuel avec AutoDock Vina
  • La grille de la communauté mondiale peut être utilisée par des personnes qualifiées projets pour exécuter gratuitement des calculs AutoDock Vina sur le réseau massivement parallèle d’ordinateurs, où des volontaires donnent leur temps CPU inactif.
  • DockoMatic est une interface utilisateur graphique destinée à faciliter le criblage virtuel avec AutoDock et AutoDock Vina.
  • VinaLC est une modification de Vina par le Lawrence Livermore National Laboratory qui tire parti de MPI sur des clusters informatiques
• D’autres outils que vous êtes susceptibles de trouver utiles lors de l’amarrage ou du criblage virtuel avec AutoDock Vina:
  • PyMOL est l’un des programmes les plus populaires pour la visualisation moléculaire et peut être utilisé pour visualiser les résultats d’amarrage
  • OpenBabel peut être utilisé pour convertir entre différents formats de fichiers de structure, attribuer les états de protonation, etc.
  • ChemAxon Marvin peut être utilisé pour visualiser des structures, convertir parmi différents formats de fichiers de structure, attribuer les états de protonation, etc.

Utilisation

Résumé

Le résumé de l’utilisation peut être obtenu avec « vina --help

 Entrée: --récepteur arg partie rigide du récepteur (PDBQT) --flex arg flexible des chaînes latérales, le cas échéant (PDBQT) --ligand arg ligand (PDBQT)l'espace de Recherche (obligatoire): --center_x arg coordonnée X du centre --center_y arg coordonnée Y du centre --center_z arg Z coordonnées du centre --size_x arg taille dans la dimension X (Angströms) --size_y arg taille dans la dimension Y (Angströms) --size_z arg taille dans la dimension Z (Nm)puissance de Sortie (en option): --out arg modèles à sortie (PDBQT), la valeur par défaut est choisie sur la base de ligand de nom de fichier --log arg éventuellement, écriture du journal fileMisc (facultatif): -- cpu arg le nombre de CPU à utiliser (la valeur par défaut est d'essayer de détecter le nombre de CPU ou, à défaut, d'utiliser 1) arseed arg graine aléatoire explicite arexhaustivité arg (= 8) exhaustivité de la recherche globale (à peu près proportionnelle au temps) : 1 +numnum_modes arg (=9) nombre maximum de modes de liaison pour générerenergenergy_range arg (= 3) différence d'énergie maximale entre le meilleur mode de liaison et le pire affiché (kcal/mol) Fichier de configuration (facultatif) :confconfig arg les options ci-dessus peut être mis iciiNformations (facultatif): -- aide afficher le résumé de l'utilisation summaryhelp_advanced afficher le résumé de l'utilisation avec les options avancéesversionversion afficher la version du programme

Fichier de configuration

Pour plus de commodité, certaines options de ligne de commande peuvent être placées dans un fichier de configuration.

Par exemple :

receptor=hsg1/rigid.pdbqtligand = ligand.pdbqtcenter_x=2center_y=6center_z =-7size_x=25size_y=25size_z=25energy_range=4

En cas de conflit, l’option de ligne de commande a priorité sur celle du fichier de configuration.

Espace de recherche

L’espace de recherche limite efficacement l’emplacement des atomes mobiles, y compris ceux des chaînes latérales flexibles.

Exhaustivité

Avec le paramètre par défaut (ou tout paramètre donné) deexhaustiveness, le temps consacré à la recherche varie déjà heuristiquement en fonction du nombre d’atomes, de la flexibilité, etc. Normalement, il n’est pas logique de passer plus de temps à chercher pour réduire la probabilité de ne pas trouver le minimum global de la fonction de notation au-delà de ce qui est nettement inférieur à la probabilité que le minimum soit loin de la conformation native.Cependant, si vous estimez que le compromis automatique effectué entre exhaustivité et temps est insuffisant, vous pouvez augmenter le niveau

exhaustiveness. Cela devrait augmenter le temps de manière linéaire et diminuer la probabilité de ne pas trouver le minimum de manière exponentielle.

Sortie

Énergie

L’affinité de liaison prédite est enkcal/mol.

RMSD

Les valeurs RMSD sont calculées par rapport au meilleur mode et n’utilisent que des atomes lourds mobiles. Deux variantes de métriques RMSD sont fournies,rmsd/lb(limite inférieure RMSD) etrmsd/ub(limite supérieure RMSD), qui diffèrent par la manière dont les atomes sont appariés dans le calcul de la distance:

• rmsd/ub fait correspondre chaque atome dans une conformation avec lui-même dans l’autre conformation, en ignorant toute symétrie
• rmsd' fait correspondre chaque atome dans une conformation avec l’atome le plus proche du même type d’élément dans l’autre conformation (rmsd' ne peut pas être utilisé directement , parce qu’il n’est pas symétrique)
• rmsd/lb est défini comme suit: rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

Positions de l’hydrogène

Vina utilise une fonction de notation de l’atome uni. Comme dans l’AutoDock, des hydrogènes polaires sont nécessaires dans les structures d’entrée pour taper correctement les atomes lourds en tant que donneurs de liaisons hydrogène. Cependant, dans Vina, les degrés de liberté qui ne font que déplacer les hydrogènes, tels que les torsions du groupe hydroxyle, sont dégénérés. Par conséquent, dans la sortie, on peut s’attendre à ce que certains atomes d’hydrogène soient positionnés de manière aléatoire (mais compatible avec la structure covalente). Pour un traitement united-atom, il s’agit essentiellement d’un problème cosmétique.

Modèles séparés

Tous les modes de liaison prédits, y compris les positions des chaînes latérales flexibles, sont placés dans un fichier PDBQT multimodèle spécifié par le paramètre « out » ou choisi par défaut, en fonction du nom du fichier ligand. Si nécessaire, ce fichier peut être divisé en modèles individuels à l’aide d’un programme séparé appelé « vina_split », inclus dans la distribution.

Options avancées

Les « options avancées » d’AutoDock Vina sont destinées à être principalement utilisées par des personnes intéressées par le développement de méthodes plutôt que par les utilisateurs finaux. Le résumé de l’utilisation, y compris les options avancées, peut être affiché avec

vina --help_advanced

Les options avancées permettent

• la notation sans minimisation
• effectuer une optimisation locale uniquement
• randomiser l’entrée sans recherche (ceci est utile pour tester le logiciel d’amarrage)
• changer les poids de leurs valeurs par défaut (voir l’article pour la signification des poids)
• afficher les contributions individuelles au score intermoléculaire, avant la pondération (celles-ci sont affichées avec « --score_only« ; voir l’article pour connaître les termes)

Filtrage virtuel

Vous pouvez choisir certains des outils répertoriés sous Autres logiciels pour effectuer un filtrage virtuel. Sinon, si vous êtes familier avec les scripts shell, vous pouvez effectuer un filtrage virtuel sans eux.

Les exemples ci-dessous supposent que Bash est votre shell. Ils devront être adaptés à vos besoins spécifiques.

Windows

Pour effectuer un filtrage virtuel sous Windows, vous pouvez soit utiliser Cygwin et les scripts Bash ci-dessous, soit les adapter au langage de script Windows.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Le script suppose quevinase trouve dans votrePATH.Sinon, modifiez-le en conséquence.

Cluster PBS

Si vous avez un cluster Linux Beowulf, vous pouvez effectuer les ancrages individuels en parallèle.

Poursuivant notre exemple, au lieu d’exécuter tous les ancrages dans une boucle localement, nous écrirons un script *.job par ligand, et utiliserons qsub (une commande PBS) pour planifier l’exécution de ces scripts par le cluster.

Exécutez ce script shell pour le faire.Le script suppose que vina et qsub sont dans votre PATH.Sinon, modifiez-le en conséquence.

Une fois les travaux planifiés, vous pouvez surveiller leur état avec

qstat-u `whoami`

Sélection des meilleurs résultats

Si vous êtes sous Unix et dans un répertoire contenant des répertoires avec les fichiers PDBQT, qui sont tous des résultats Vina AutoDock, vous pouvez trouver ce script Python utile pour sélectionner les meilleurs résultats. Exécutez-le comme:

vina_screen_get_top.py 10

pour obtenir les noms de fichiers des 10 premiers résultats, qui peuvent ensuite être facilement copiés.

Historique

De brefs résumés des changements entre les versions peuvent être trouvés ici.

Citation

Si vous avez utilisé AutoDock Vina dans votre travail, veuillez citer :

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: améliorer la vitesse et la précision de l’amarrage avec une nouvelle fonction de notation, une optimisation efficace et un multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Obtenir de l’aide

Veuillez voircette pagesi vous avez des questions sur AutoDock Vina.

Rapports de bogues

Les rapports de bogues potentiels sont très appréciés, même si vous n’êtes pas exactement sûr qu’il s’agit de bogues.Cependant, veuillez ne pas inclure les demandes d’assistance avec votre rapport de bogue.Voir cette pageinsead.

Bugs probables:

• Terminaison anticipée
• Échec de la terminaison
• Changements des longueurs covalentes ou des angles invariants dans la sortie
• Conflits « évidemment faux » (vérifiez cependant votre « espace de recherche »)
• Désaccord avec la documentation

Probablement pas de bogues:

• Tout ce qui se passe avant d’exécuter Vina ou après sa fin
• Désaccord occasionnel avec l’expérience
• Le refus de Vina d’ouvrir un fichier qui n’existe pas (par ex. essayez ls conf.txt pour voir si le fichier est vraiment là)

Reporting

Vous pouvez envoyer vos rapports à la liste de diffusion AutoDock. N’oubliez pas de fournir une ligne descriptive « Sujet » et toutes les informations nécessaires pour reproduire le problème que vous rencontrez.