AutoDock Vina Manual

콘텐츠

• 특징
• 사용권
• 튜토리얼
• 자주 묻는 질문에
• 플랫폼 메모 및 설치
  • Windows
  • Linux
  • 맥
  • 소스에서 빌
• 기타 소프트웨어
• 사용
  • 요약
  • 파일 구성
  • 검색 공간
  • Exhaustiveness
  • 출력
  • 고급 옵션
• 가상 검사
• 역사 자동 독 비나 크게 의 평균 정확도를 향상시킨다./리>정확도속도 바인딩 모드 예측은 오토 독 4 개발에 사용되는 교육 세트에 대한 우리의 테스트에 의해 판단,오토 독 4 에 비해.또한 독립적으로,오토독 비나는 와토위치 그룹에 의해 유용한 미끼의 디렉토리라는 가상 심사 벤치 마크에 대해 테스트되었습니다,그리고”다른 프로그램에 대한 강력한 경쟁자로 밝혀졌다,그리고 많은 경우에 팩의 상단에”. 다른 여섯 명 모두 주목해야한다.그것이 비교 된 도킹 프로그램은 상업적으로 배포됩니다. 이 프로그램은 모듈식 구조,유연한 구조,그리고 외부 데이터 베이스와는 독립적으로 구동할 수 있도록 설계되었습니다. 대화 형 또는 배치 모드에서 생성 할 수 있습니다.다른 파일(예:자동 독 및 자동 그리드 매개 변수 파일)및 그리드 맵 파일은 필요하지 않습니다.
  바인딩 mode 예측 정확도 테스트에서 설정합니다. “자동 독”은 자동 독 4 를 의미하고”비나”는 자동 독 비나 1 을 의미합니다.비나의 디자인 철학은,구현 세부 사항을 이해 모호한 검색 매개 변수,클러스터 결과를 조정할 또는 고급 대수(쿼터니언)을 알고 사용자를 필요로하지 않는 것입니다. 필요한 모든 것은 도킹 된 분자의 구조와 바인딩 사이트를 포함한 검색 공간의 사양입니다. 그리드지도를 계산하고 원자 요금을 할당 할 필요가 없습니다. 사용 요약은 다음과 같이 인쇄할 수 있습니다. 요약은 가능한 사용 시나리오와 자동으로 동기화됩니다. 설계 상,결과는 입력 구조의 형태와 관련된 통계적 편견을 가져서는 안된다.주의는 입력의 구문 정확성을 확인하고 명쾌한 방식으로 사용자에게 오류를보고 지급됩니다.공유 결합 길이의 불변성이 자동으로 출력 구조에서 확인된다. 비나는 입력의 원자 수,비틀림의 수,검색 공간의 크기,검색의 완전성 등과 같은 인공적인 제한을 부과하는 것을 피한다. 자동 도킹 4 에서와 같이,일부 수용체 측쇄는 도킹 중에 유연하게 처리되도록 선택 될 수있다.이 웹 사이트는 귀하가 웹 사이트를 탐색하는 동안 귀하의 경험을 향상시키기 위해 쿠키를 사용합니다.이 쿠키들 중에서 필요에 따라 분류 된 쿠키는 웹 사이트의 기본적인 기능을 수행하는 데 필수적이므로 브라우저에 저장됩니다.또한이 웹 사이트의 사용 방식을 분석하고 이해하는 데 도움이되는 제 3 자 쿠키를 사용합니다.이 쿠키는 귀하의 동의하에 만 브라우저에 저장됩니다.이러한 쿠키를 거부 할 수도 있습니다.그러나 이러한 쿠키 중 일부를 선택 해제하면 검색 환경에 영향을 미칠 수 있습니다.또한 시스템에 있는 여러 개의 코어를 활용하여 실행 시간을 크게 단축할 수 있습니다.자격을 갖춘 프로젝트는 대규모 병렬 세계 커뮤니티 그리드에서 무료로 자동 독 비나 계산을 실행할 수 있습니다.자동 독 비나를 사용하는 기존 프로젝트에는 대상화 된 말라리아,말라리아,리 슈만 편모충 증 및시 스토 조마 증이 포함됩니다.이 프로젝트 중 일부는 하루에 평균 50 년 이상의 계산 가치가 있습니다.
  평균 시간당 수용체-리간드에서 테스트를 설정합니다.”자동 독”은 자동 독 4 를 의미하고”비나”는 자동 독 비나 1 을 의미합니다.자동 독 비나는 상업적 또는 비상업적 사용에 대한 몇 가지 제한,또는 파생 작품에 매우 허용 아파치 라이센스에 따라 해제됩니다.라이센스 텍스트는 여기에서 찾을 수 있습니다.당신이 전에 자동 독 비나를 사용한 적이 있다면,그것을 사용하기 전에 비디오 자습서를 공부하시기 바랍니다.

  이 비디오 튜토리얼을 보여 분자의 도킹 imatinib 를 사용하여 비나와 AutoDock 도구 및 PyMOL

  자주 묻는 질문에

  시작하는 방법을 사용하여 학습 Vina?비디오 자습서를 보는 것이 가장 좋은 방법 일 수 있습니다.”비나”라는 이름의 의미 또는 의미는 무엇입니까? 왜 개발 되었습니까?리눅스 클러스터는 산란 스레드를 허용하지 않는 방식으로 구성되어 있습니다. 따라서 비나는 달릴 수 없습니다. 시스템 관리자에게 문의하십시오.내 도킹 된 형태가 비디오 자습서에서 얻는 것과 다른 이유는 무엇입니까?도킹 알고리즘은 비 결정적입니다. 이 수용체-리간드 쌍을 사용하면 채점 함수의 최소값이 올바른 형태에 해당하지만 도킹 알고리즘은 때때로 그것을 찾지 못합니다. 여러 번 시도하고 자신을 참조하십시오. 미니넘을 찾지 못할 확률은 다른 시스템에 따라 다를 수 있습니다.내 도킹 된 형태는 동일하지만,내 에너지는 비디오 자습서에서 얻는 것과 다릅니다. 왜?튜토리얼이 기록 된 이후 채점 기능이 변경되었지만 형태와는 독립적 인 부분에서만 유연성에 대한 리간드 특이 적 페널티가 변경되었습니다.왜 내 결과가 피몰에서 이상하게 보입니까?표준 분자 구조 형식은 아닙니다. 이 튜토리얼에 사용 된 피몰의 버전은 잘 표시 발생합니다.이 피몰의 최신 버전의 경우되지 않을 수 있습니다.결과를 볼 수있는 다른 방법은 무엇입니까?

  볼 수도 있습 PDBQT 파일에서 PMV(의 일부 MGL 도구),또는 그들을 변환로 다른 파일 형식으로(예를 들어 사용 AutoDock 도구,또는”다른 이름으로 저장”에 PMV)

  얼마나 큰 검색 공간이 될?가능한 한 작지만 작지는 않습니다. 검색 공간이 작을수록 도킹 알고리즘이 탐색하기 쉽습니다.한편,검색 공간 외부 리간드 유연한 측쇄 원자 위치를 탐구하지 않을 것이다. 당신은 아마 당신이 또한 증가하지 않는 한,보다 큰 검색 공간을 피해야한다”022 7 01 8″>아니오. 비나는 지역 사회 지원. 그들의 프로젝트에 다른 사람을 돕는 저자에 아무 의무도 없다.도움을 얻는 방법은 이 페이지를 참조하십시오.이 프로그램은 윈도우 10 과 윈도우 10 에서 작동 할 것으로 예상된다.명령 프롬프트를 열고 기본 위치에 비나를 설치한 경우 프로그램 파일\스크립스 연구소\비나\비나.이 응용 프로그램은 당신이 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 당신의 웹 사이트를 방문 할 때,당신은 자세한 내용은 비디오 자습서를 참조하십시오.다른 소프트웨어를 체크 아웃하는 것을 잊지 마십시오.비나는 86 및 호환 64 비트 리눅스 시스템에서 작동 할 것으로 예상된다.2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년 10 월 15 일 2015 년선택적으로,당신은 당신이 원하는 바이너리 파일을 복사 할 수 있습니다.2018 년 11 월 1 일(토)~2018 년 12 월 15 일(일)~2018 년 12 월 15 일(일)이 문서는 최신판 번역이 아닙니다.이 문서는 최신판 번역이 아닙니다.이 문서는 최신판 번역이 아닙니다.자세한 내용은 비디오 자습서를 참조하십시오.다른 소프트웨어를 체크 아웃하는 것을 잊지 마십시오.64 비트 버전은 맥 오에스 텐 10.15(카탈리나)및 최신에서 작동 할 것으로 예상된다.비나의 32 비트 버전은 10.14(모하비)를 통해 10.4(타이거)에서 맥 오에스 텐에서 작동 할 것으로 예상된다.

  Installing

  tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

  Optionally, you can copy the binary files where you want.

  Running

  ./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

  If the executable is in your PATH, you can just type “vina --help” instead.자세한 내용은 비디오 자습서를 참조하십시오.다른 소프트웨어를 체크 아웃하는 것을 잊지 마십시오.주의:소스에서 건물 비나는 일반 사용자에 의해 수행 될 것을 의미하지 않는다!(이 지침은 오래된 수 있습니다)부스트를 설치합니다.(버전 1.41.0 은 공식 바이너리를 컴파일하는 데 사용되었습니다. 다른 버전에서는 운이 다를 수 있습니다)그런 다음 정규식 예제와 같은 예제 프로그램 중 하나를 빌드하고 실행하여이 단계를 완료했는지 확인하십시오. 이 작업을 수행 할 수없는 경우,부스트 커뮤니티에서 도움을 요청하시기 바랍니다.3 단계:비나 빌드 당신이 비주얼 스튜디오를 사용하는 경우,당신은 세 가지 프로젝트를 만들 수 있습니다: 라이브러리는 다른 프로젝트에 의존하는 라이브러리여야 하며,이 라이브러리는 다른 프로젝트에 의존하는 라이브러리여야 하며,이 라이브러리는 다른 프로젝트에 의존하는 라이브러리여야 합니다. 최적의 성능을 위해,사용하여 컴파일하는 것을 잊지 마십시오.

  OS X 와 리눅스에서,당신은 탐색할 적절한buildMakefile설정하여 경로 및 부스트 버전 다음 유형

  게 dependmake

  기타 소프트웨어

  면책 조항:이 목록은 정보에 대한 목적으로만 구성하지 않는 것입니다.특히 오토 독 비나와 함께 사용하도록 설계 도구(특별한 순서없이): 이 툴의 목적은 소프트웨어 개발 및 배포를 위한 것입니다. 2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 10 월 15 일(토)~2015 년 황색,감소 및 슬라이드. 바이오켐 연구소 솔루션으로 윈도우에 대한 비나 구이 층은 자동 독 비나와 가상 심사를 용이하게하기 위해 사용될 수있다 자동 독 비나와 가상 심사를 용이하게하기 위해 사용될 수있다 자신의 웹 사이트를 통해 자동 독 비나와 가상 검사를 수행 할 수 있습니다

• NBCR CADD 파이프라인 액세스를 제공하는 가상 검사 AutoDock Vina 에 NBCR 컴퓨터
• 몰라는 부팅 가능 자체 구성 시스템에 대한 가상 검사를 사용하여 AutoDock4/Vina 컴퓨터에서 클러스터
• SMINA 은 수정 비나는 링크와 함께 OpenBabel I/O 를 추가 개의 점수 기능
• Off-Target 파이프라인 플랫폼를 수행하기위한 보조 대상 식별과 도킹
• AUDocker 사용할 수 있습을 촉진하는 가상 검사 AutoDock Vina
• 사회 격자에 의해 사용될 수 있습 자격 프로젝트는 자원 봉사자가 자신의 유휴 시간을 기부 컴퓨터의 대규모 병렬 네트워크에 무료로 자동 도킹 비나 계산을 실행합니다. 도코매틱 오토독 및 오토독 비나와 가상 심사를 용이하게하기위한 그래픽 사용자 인터페이스이다. 이 응용 프로그램은 당신이 당신의 컴퓨터에 대한 액세스를 제어 할 수 있습니다,당신은 당신의 컴퓨터에 대한 액세스를 제어 할 수 있습니다,당신은 또한 당신의 컴퓨터에 대한 액세스를 제어 할 수 있습니다,당신은 당신의 컴퓨터에 대한 액세스를 제어 할 수 있습니다,당신은 당신의 컴퓨터에 대한 액세스를 제어 할 수 있습니다,당신은 또한 당신의 컴퓨터에 대한 액세스를 제어 할 수 있습니다,당신은 당신의 컴퓨터에 대한 액세스를 제어 할 수 있습니다.: 피몰은 분자 시각화를위한 가장 인기있는 프로그램 중 하나이며 도킹 결과를 볼 수 있습니다. 케맥슨 마빈은 구조를 시각화하고,다양한 구조 파일 형식으로 변환하고,양성자 상태 등을 할당하는 데 사용할 수 있습니다. 2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년 12 월 1 일,2018 년: –receptor arg 엄밀한 일부의 수용체(PDBQT)–플렉스 arg 유연성 측면 체인 경우(PDBQT)–ligand arg 리간드(PDBQT)검색 공간(필수):–center_x arg 의 X 좌표를 중심–center_y arg 의 Y 좌표를 중심–center_z arg 의 Z 좌표 중심–size_x arg 크기에서 X 차원(옹스트롬)–size_y arg 크기 Y 차원(옹스트롬)–size_z arg 크기 Z 차원(옹스트롬)출력(옵션): –아웃 arg 모델 출력(PDBQT)기본값은 기준으로 선택한 리간드 파일의 이름–로그 arg 선택적으로,쓰기 로그 fileMisc(옵션): -2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 12 월 1 일,2015 년 여기에 넣을 수 있습니다.정보(선택 사항): –도움말 디스플레이 사용 요약-고급 옵션 도움말 고급 디스플레이 사용 요약-버전 디스플레이 프로그램 버전 편의를 위해,일부 명령 줄 옵션은 구성 파일에 배치 할 수 있습니다.예를 들어,”073″과”073″과”073″과”073″과”073″과”073″이 있습니다.리간드.pdbqtcenter_x=2center_y=6center_z=-7size_x=25size_y=25size_z=25energy_range=4충돌이 발생하는 경우에는,명령행 옵션보다 우선 구성 파일 하나입니다.검색 공간은 유연한 측쇄를 포함하여 이동 가능한 원자가 어디에 있어야 하는지를 효과적으로 제한합니다.검색 시간은 원자 수,유연성 등에 따라 이미 경험적으로 다양합니다. 일반적으로 채점 함수의 전역 최소값을 찾지 못할 확률을 최소값이 기본 형식에서 멀어 질 확률보다 훨씬 낮은 것 이상으로 줄이기 위해 추가 시간을 검색하는 것은 의미가 없습니다.그러나,당신은 철저한 시간 사이의 자동 트레이드 오프가 불충분하다고 생각되면,당신은 수준을 높일 수 있습니다. 이것은 시간을 선형으로 증가시키고 최소값을 기하 급수적으로 찾지 못할 확률을 줄여야합니다.예측된 결합 선호도는 다음과 같다.값은 최상의 모드를 기준으로 계산되며 움직일 수있는 무거운 원자 만 사용합니다. 두 개의 RMSD 메트릭스가 제공됩rmsd/lb(RMSD 낮은 바)그리고rmsd/ub(RMSD 상)이 다른,어떻게 원자 일치 거리에서 계산:
  • rmsd/ub경기 각 원자 중 하나에서 구조 그 자체로 다른 구조을 무시하고,어떤 대칭
  • rmsd'rmsd'직접 사용할 수 없습니다이기 때문에,그것은 대칭)
  • rmsd/lbrmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

  수소 위치

  Vina 사용하여 미국-원자 점수 기능입니다. 자동 독에서와 같이,극성 수소는 수소 결합 공여자로 무거운 원자를 올바르게 입력하기 위해 입력 구조에 필요합니다. 그러나 비나에서는 수소만을 움직이는 자유도(예:수산기 비틀림)가 퇴화됩니다. 따라서 출력에서 일부 수소 원자는 무작위로 위치 할 것으로 예상 할 수 있습니다(그러나 공유 결합 구조와 일치 함). 미국 원자 처리를 위해,이것은 근본적으로 화장용 문제점이다. “아웃”매개 변수에 의해 지정 또는 리간드 파일 이름에 기초하여,기본적으로 선택. 필요한 경우 이 파일을 배포판에 포함된”비나 _분할”이라는 별도의 프로그램을 사용하여 개별 모델로 분할할 수 있습니다.오토독 비나의”고급 옵션”은 최종 사용자가 아닌 방법 개발에 관심이 있는 사람들이 주로 사용하려는 것입니다. 고급 옵션을 포함한 사용 요약은 최소화하지 않고 스코어링 할 수 있습니다 로컬 최적화 만 수행 로컬 최적화를 사용하여 입력을 랜덤화합니다.분자간 점수에 대한 개별 기여를 표시,가중치 전에(이 함께 표시됩니다 가상 스크리닝을 수행하기 위해 다른 소프트웨어 아래에 나열된 도구 중 일부를 선택할 수 있습니다. 당신은 쉘 스크립팅에 익숙한 경우 또는,당신은 그들없이 가상 검사를 할 수 있습니다.아래의 예는 배쉬가 쉘이라고 가정합니다. 그들은 당신의 특정한 필요에 적응시킬 필요가 있을 것이다.윈도우에서 가상 스크리닝을 수행하려면 아래의 시그윈과 배쉬 스크립트를 사용하거나 윈도우 스크립팅 언어에 맞게 조정할 수 있습니다.

  Linux, Mac

  Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

  You can create a configuration file conf.txt, such as

  receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

  and dock all ligands with this shell script.이 스크립트는 다음과 같은 방식으로 작동합니다.그렇지 않으면 그에 따라 수정하십시오.당신은 리눅스 베오 울프 클러스터가있는 경우,당신은 병렬로 개별 도킹을 수행 할 수 있습니다. 이 예제를 계속 진행하면서 루프에서 모든 도킹을 로컬로 실행하는 대신 리간드 당 스크립트를 하나씩 작성하고 클러스터에 의해 이러한 스크립트가 실행되도록 예약합니다.이 쉘 스크립트를 실행하려면 다음을 수행하십시오.이 스크립트는 다음과 같이 가정합니다.이 스크립트는 다음과 같이 작동합니다.그렇지 않으면 그에 따라 수정하십시오.작업 스케줄링이 완료되면,당신은 최상의 결과를 선택하여 자신의 상태를 모니터링 할 수 있습니다 당신은 유닉스와 디렉토리가 포함 된 디렉토리에있는 경우 자동 독 비나 결과 모두 파일,당신은 최고 결과를 선택하기위한 유용한 파이썬 스크립트를 찾을 수 있습니다. 로 실행:2018 년 11 월 1 일-2018 년 12 월 1 일 vina_screen_get_top.py 다음 쉽게 복사 할 수 있습니다 상위 10 히트의 파일 이름을 얻을 수 있습니다. 버전 간 변경 사항에 대한 간략한 요약을 찾을 수 있습니다.당신이 당신의 작업에 자동 독 비나를 사용하는 경우,인용을 인용하십시오:존재하지 않는 파일을 열 비나의 거부(예를 들어, 당신은 자동 도킹 메일 링리스트에 보고서를 보낼 수 있습니다. 설명”제목”라인과 당신이보고있는 문제를 재현하는 데 필요한 모든 정보를 제공하는 것을 기억하십시오.