El mecanismo de acción de la 6-fosfogluconato deshidrogenasa con el sustrato alternativo 2-desoxi 6-fosfogluconato se investigó utilizando enzimas de hígado de oveja, eritrocitos humanos y Trypanosoma brucei. Las tres enzimas oxidan el 2-desoxi 6-fosfogluconato, pero solo la enzima hepática de oveja libera el intermedio 2-desoxi,3-ceto 6-fosfogluconato. La comparación cinética mostró que un aumento en la tasa de reducción de NADP+ a pH alto se debe a una mayor liberación del intermedio, en lugar de un aumento en la tasa de reacción general. 2-Desoxi, 3-ceto 6-fosfogluconato es descarboxilado por las enzimas de los eritrocitos y tripanosomas, pero no por el hígado en ausencia de NADPH o 6-fosfogluconato, que actúan como activadores. La dependencia del pH de la descarboxilación y el grado de activación sugieren que el 6-fosfogluconato es el activador que opera en condiciones normales de ensayo, mientras que el NADPH actúa principalmente aumentando la unión del intermedio. Los datos sugieren que la actividad del 6PGDH está sujeta a una regulación bidireccional: el NADPH, que regula la vía de fosfato de pentosa, inhibe la enzima, mientras que el 6-fosfogluconato, cuyos niveles aumentan cuando se elimina la inhibición del NADPH, actúa como activador asegurando que el 6-fosfogluconato se elimine rápidamente.