With one click, MAXIMIZE the chance to obtain functional proteins
Try it Now
Patent Number: WO2020024917A1
a szintetikus DNS vezető szolgáltatójaként a genscript elkötelezett a legújabb fejlesztések felhasználásával a meglévő algoritmusok frissítésére a génexpresszió javítása érdekében. Legújabb fejlesztésünk a Gensmart Codon Optimization; egy ingyenes, felhasználóbarát online eszköz, amely lehetővé teszi a vad típusú vagy rekombináns génszekvenciák tervezésének optimalizálását a prokarióta és emlős expressziós rendszerek magasabb expressziója felé.
Gensmart a kodon optimalizálás egy újonnan tervezett algoritmust használ, amely a “populáció Immunalgoritmusán” alapul, amely kihasználja mind a populációgenetikát, mind az immunológiai elméleteket. Ebben a megközelítésben több mint 200 tényező vesz részt a génexpresszióban, beleértve a GC-tartalmat, a kodonhasználatot és a tartalomindexet, az RNáz splicing helyeket és a cisz-hatású mRNS destabilizáló motívumokat. Ahelyett, hogy egyfaktoros szimulációt alkalmazna a számítástechnikában, többfaktoros megközelítést alkalmaznak annak biztosítására, hogy egy bizonyos célgénszekvencia összes kulcsfontosságú tényezője súlyt hordozzon. Ennek eredményeként minden génoptimalizálás teljesen testre van szabva, hogy maximalizálja a funkcionális és aktív fehérje megszerzésének esélyét.
a hasonló eszközökhöz képest a Gensmart Codon Optimization hozzáférhetőbb és felhasználóbarátabb. Az összes paraméter integrálva van az algoritmusba, és nem igényel bemenetet tőled. Minden, ami szükséges, a szekvencia és a kívánt gazdaszervezet; a többi gondoskodik az optimalizáló eszköz. Ezen felül, az optimalizált szekvenciák könnyen megrendelhető keresztül Gensmart Ft azonnali árajánlatot rendszer vagy archivált későbbi felhasználásra.
frissített! A gensmart 6 Kodonoptimalizálást már 50 gazdaszervezetre alkalmazták, beleértve a CHO, az Emberi, az E. coli, a T-sejt, az élesztő, a rovar, az Arabidopsis, a kukorica, a rizs, a szójabab, a gyümölcslégy stb.!
miért Gensmart GmbH kodon optimalizálás
- Megközelíthetőség: ingyenes, online eszköz; csak egy kattintásnyira van, hogy az optimális sorrend
- átfogó faktoranalízis: több mint 200 tényező átvilágított és validált
- Advanced Computing: szabadalmaztatott populáció immun algoritmus, hogy biztosítsa a legjobb kimenet
- egyéni szekvencia-alapú: Nagyon személyre szabott számítástechnika, hogy elkerüljék a súlyelosztási torzítást a kulcsfontosságú tényezőkön
- egyszerű Rendelés: Zökkenőmentes integráció a Gensmart GmbH-val azonnali Ajánlatrendszer
mit mondanak az adatok
GenScript adatok
célkitűzés: a gensmart Codon Optimization tool teljesítményének értékelése a JNK3 és a GFP fehérjék expressziójának növelésében.
megközelítés: az egyes gének vad típusát és szekvencia-optimalizált szekvenciáit egy expressziós vektorban klónozta, és a Cho 3E7 sejtekben lévő három különböző klón fehérje expresszióját Western blotton keresztül értékelte.
eredmények: A gensmart által optimalizált szekvenciákból származó mindhárom GFP és JNK3 klón szignifikáns, 18 – szorosára, illetve ~8-szorosára növelte a fehérje expresszióját a nem optimalizált natív génszekvenciákhoz képest.
független adatok
célkitűzés: a be4 alapszerkesztő változatok szerkesztési hatékonyságának felmérése különböző kodonoptimalizáló eszközökkel optimalizálva a génexpresszió génszerkesztésre gyakorolt hatásának átfogó céljának részeként
megközelítés: Optimalizálta a be4 nukleáris lokalizációs kodonját az IDT, Coller, GeneArt és GenScript eszközeivel, majd értékelte a génexpressziót és a szerkesztési hatékonyságot a HEK293 sejtekben
eredmények: míg a genscript (GS), GeneArt (GA) és Coller (JC) eszközeivel optimalizált kodonok javították a szerkesztési hatékonyságot az IDT-khez képest, a genscript kodonoptimalizálásával optimalizált kiméra változatok önmagukban felülmúlják a többieket azáltal, hogy 1,8-szer nagyobb szerkesztési hatékonyságot indukálnak