az Rnázok olyanok, mint a baddie szuperhősök a laboratóriumi enzimek között. Mindenhatóak, rombolóak és látszólag elpusztíthatatlanok.
Ez azért van, mert gonosz főurak hozták létre őket, kizárólag azzal a céllal, hogy megnehezítsék a bátor tudósok életét, akik minden nap harcolnak a kiváló minőségű, ép RNS Prep-k előállításáért.
Ok, viccelek az overlords részről. De miért van az RNAs-oknak ezek a szuperhatalmak? És mit tehetsz, hogy legyőzd őket? Derítsük ki.
az Rnázok szuperhatalmai, magyarázva.
az Rnázok mindenhatóak
Ez igaz. Az rnázok minden sejttípusban és organizmusban megtalálhatók a prokariótáktól az eukariótákig. azaz mindenhol ott vannak. Ez az egyik fő oka annak, hogy ilyen problémát jelentenek a laboratóriumban. Lebegnek a levegőben, a test minden felületén. Ami azt jelenti, hogy beszennyeznek mindent, amit a levegő vagy a test bármely felülete megérintett. Ami alapvetően minden. Ezenkívül különösen az RNase A nagyon erősen adszorbeálódik az üveghez, így még nehezebb eltávolítani a palackokból stb.
az Rnázok nagyon destruktívak
az Rnázok általában nagyon magas specifikus aktivitással rendelkeznek szubsztrátjukkal (RNS) szemben. Ez azt jelenti, hogy a legkisebb mennyiségű RNáz könnyen átszakíthatja értékes RNS-előkészítőit. Mellesleg, ez is az egyik oka annak, hogy egy RNáz (RNáz A) volt az első enzim, amelynek katalízis mechanizmusa levezethető (Findlay et al 1962).
az Rnázok látszólag elpusztíthatatlanok
Főnix-szerű helyreállítást mutatnak autoklávozás után
konvencionális bölcsesség azt mondja, hogy ha autoklávozunk Rnázokat, akkor denaturálódnak, de lehűlés után újra megújulnak és részleges funkciót kapnak. Ezt a csodálatos, mesés erőt egy sor intramolekuláris diszulfidkötés teszi lehetővé, amelyek sértetlenül tartják a szerkezetet, még akkor is, ha a hidrogénkötések, amelyek általában a 3D fehérje szerkezetét tartják a helyén, megszakadnak. Mint minden mese, ez bizonyos mértékig igaz. De Olvass tovább, és megtudjuk, hogy ezt a különleges szuperhatalmat az RNase Baddies Inc. spin-orvosai növelték.
még EDTA sem tudja megállítani őket!
más nukleázokkal ellentétben sok RNáz nem igényel fémionokat a katalízishez, mivel az RNS-szubsztrát 2-prime hidroxilcsoportját reaktív fajként használják, így a TE egyszerű hozzáadása nem gátolja őket, mint a DNS-csámcsogó nukleázok esetében.
hogyan lehet legyőzni a gonosz Rnázokat
ne izgulj, tudóstárs. Az rnázok félelmetes ellenségek lehetnek, de vannak gyengeségeik, amelyeket kihasználhatunk.
Rúgd be őket a H-ba
az Rnázok az aktív helyükön lévő hisztidin maradványokra támaszkodnak a katalízishez. Tehát a dietil-pirokarbonát (DEPC), amely hisztidin-specifikus alkilezőszer, inaktiválhatja őket. Az autoklávozás ezután eltávolítja a DEPC-t, hogy megakadályozza a benne lévő egyéb fehérjék lúgosítását, vagy a minták.
az autoklávozás működik, bizonyos mértékig
az rnázok mesés elpusztíthatatlansága az autoklávozással szemben igaz a magban, de nagyon túlzottan is, amint azt fentebb említettem. Az Ambion egy szép kis tanulmánya kimutatta, hogy az Rnázok (vagy legalább az RNáz A) nem teljesen ellenállnak az autoklávozásnak. Tevékenységüket inkább az autoklávozás tizedeli meg, de az RNáz aktivitás kis része az autoklávozás után is megmarad.
de ha természetesen egy kis mennyiségű RNáz még mindig sok RNS csámcsogó erő. Ez azt jelenti, hogy a rutin autoklávozás az RNase dekontaminációs eljárások részeként minden bizonnyal érdemes-csak nem támaszkodhat rá az összes tevékenység eltávolítására.
nem bírják a (száraz) hőt
míg a nedves hő (autoklávozás) részben elpusztítja az Rnázokat, nincs remény arra, hogy ellenálljanak a száraz hőnek. A száraz hő oxidálja a Rnázokat – bármely más fehérjét, függetlenül attól, hogy mennyire robusztusak. Tehát az üvegáru tisztításához néhány óra 180 degC-nál meg kell tennie.
kémiai hadviselés
a felületek tisztításához az rnázok, bármennyire robusztusak is, nem bírják a hidrogén-peroxidot, az erős savakat/bázisokat, a Trizolt stb. Ezek mind általánosan használt megszabadulni még a legkeményebb RNases.
kriptonit az Rnázok számára: Inhibitorok
talán a legjobb fegyver a fegyvertárunkban az Rnázok ellen az RNáz inhibitorok. Leggyakrabban a kereskedelmi RNáz inhibitorok a placenta ribonukleáz inhibitor (RI) változatai. Mint valaki, aki egy évet próbál tökéletesíteni az RNS in situ hibridizációit RNáz inhibitor segítsége nélkül (a főnököm hamis gazdasága miatt!), Tudom, milyen jó ez az RNase kriptonit. Egy mikroliter RI és hirtelen a kísérleteim működni kezdtek.
azt mondom, hogy ez a legjobb fegyver a fegyvertárunkban az Rnázok ellen, mert a fent felsorolt összes többi megoldástól eltérően az RNáz inhibitorok specifikusak, így (általában) oda helyezheti őket, ahol számít a munkafolyamatban, és megkaphatja a szükséges védelmet a gonoszoktól. Ne legyen anélkül, hogy ez a cucc, ha dolgozik RNS.
Ez segített neked? Akkor kérjük, ossza meg a hálózattal.