AutoDock Vina Manual

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Características

Erro

AutoDock Vina melhora significativamente a precisão média do modo de ligação previsões comparado com AutoDock 4, a julgar pelos testes no conjunto de treinamento utilizado em AutoDock 4 desenvolvimento.

Além disso e de forma independente, AutoDock Vina foi testado contra um virtual triagem benchmark chamado de Diretório de Útil Chamarizes pelo Watowich grupo, e foi encontrado para ser um forte concorrente contra os outros programas, e no topo do pacote, em muitos casos”. Note-se que todos os seis dos outros programas, com os quais foi comparado, são distribuídos comercialmente.

AutoDock Tools Compatibility

For its input and output, Vina uses the same PDBQT molecular structure file format used by AutoDock. Os arquivos PDBQT podem ser gerados (interativamente ou em modo lote) e vistos usando MGLTools.Não são necessários outros ficheiros, como os ficheiros de parâmetros AutoDock e AutoGrid (GPF, DPF) e grid map.

 erro
modo de Ligação de previsão de precisão no conjunto de teste. “AutoDock “refere-se ao AutoDock 4, e” Vina ” ao AutoDock Vina 1.

Facilidade de Uso

Vina filosofia de design é não obrigar o usuário a entender seus detalhes de implementação, ajustar obscuro parâmetros de pesquisa, cluster de resultados ou sabe avançados de álgebra (quaternions). Tudo o que é necessário é as estruturas das moléculas que estão sendo acopladas e a especificação do espaço de busca, incluindo o local de ligação. Não é necessário calcular os mapas da grelha e atribuir cargas atómicas. O resumo de utilização pode ser impresso com ” vina --help“. O resumo permanece automaticamente em sintonia com os cenários de Utilização possíveis.

Qualidade de implementação

  • por design, os resultados não devem ter um viés estatístico relacionado com a conformação da estrutura de entrada.
  • É dada atenção à verificação da correcção sintática da entrada e à comunicação de erros ao utilizador de uma forma lúcida.
  • a invariância dos comprimentos das ligações covalentes é verificada automaticamente nas estruturas de saída.
  • Vina evita impor restrições artificiais, tais como o número de átomos na entrada, o número de torções, o tamanho do espaço de busca, a exaustividade da busca, etc. tal como no AutoDock 4, algumas cadeias laterais receptoras podem ser tratadas como flexíveis durante a acoplagem.
    Velocidade

    AutoDock Vina tende a ser mais rápido do que AutoDock 4 ordens de magnitude.

    múltiplos CPUs/núcleos

    adicionalmente, a Vina pode tirar partido de múltiplos CPUs ou núcleos de CPU no seu sistema para encurtar significativamente o seu tempo de execução.

    ede comunitária Mundial

    projectos qualificados podem efectuar cálculos de auto-bloqueamento gratuito na rede mundial paralela maciça da Comunidade.Entre os projectos existentes que utilizam o AutoDock Vina contam-se os anti-inflamatórios não esteróides,a malária,a Leishmaniose e a cistossomíase.Alguns destes projectos têm, em média, mais de 50 anos de cálculo por dia.

    		 velocidade
    tempo Médio por receptor-ligante par no conjunto de teste.”AutoDock “refere-se ao AutoDock 4, e” Vina ” ao AutoDock Vina 1.

    Licença

    AutoDock Vina é lançado sob uma muito permissiva licença Apache, com poucas restrições comerciais ou não comerciais, ou a criação de obras derivadas.O texto da licença pode ser encontrado aqui.

    Tutorial

    se nunca usou o AutoDock Vina antes, por favor estude o tutorial de vídeo antes de tentar usá-lo.

    retrato

    Este vídeo tutorial demonstra molecular do acoplamento de imatinib usando Vina com AutoDock Ferramentas e PyMOL

    Perguntas mais Frequentes

    Como começar a aprender a usar Vina?

    assistir ao tutorial de vídeo pode ser a melhor maneira de fazer isso.

    Qual é o significado ou significado do nome “Vina”? Por que foi desenvolvido?

    Por favor, Veja este post da lista de discussão.quão precisa é a AutoDock Vina?

    Ver características

    deve-se notar que a precisão preditiva varia muito dependendo do alvo, por isso faz sentido avaliar a Vina AutoDock contra o seu alvo em particular primeiro,se você tem ativos conhecidos, ou uma estrutura ligando nativa ligada, antes de ordenar compostos. Ao avaliar qualquer motor de acoplagem em uma tela virtual retrospectiva, pode fazer sentido selecionar chamarizes de tamanho semelhante,e talvez outras características físicas, para seus ativos conhecidos.

    Qual é a diferença entre o AutoDock Vina e o AutoDock 4?

    AutoDock 4 (and previous versions) and AutoDock Vina were both developed in the Molecular Graphics Lab at the Scripps Research Institute. AutoDock Vina herda algumas das idéias e abordagens de AutoDock 4, tais como o tratamento de ancoragem como um estocástico global opimization de pontuação função, precalculating mapas grade (Vina é que internamente), e alguns outros de implementação truques, tais asprecalculating a interação entre cada átomo tipo de par em cada distância. Ele também usa o mesmo tipo de formato de estrutura (PDBQT) para máxima compatibilidade com o software auxiliar.

    no Entanto, o código-fonte, a pontuação funcion e o real algoritmos utilizados são novos,por isso é mais correto pensar de AutoDock Vina como uma nova “geração” em vez de “versão” de AutoDock. O desempenho foi comparado na publicação original , e em média, AutoDock Vina foi consideravelmente melhor, tanto em velocidade e precisão. No entanto, para qualquer alvo dado, qualquer programa pode fornecer um melhor resultado, mesmo que AutoDock Vina é mais provável de fazê-lo.Isto é devido ao fato de que as funções de pontuação são diferentes, e ambos são inexatos.

    Qual é a diferença entre o AutoDock Vina e as ferramentas do AutoDock?

    AutoDock Tools é um módulo dentro do pacote de software MGL Tools especificamente para gerar entrada (arquivos PDBQT) para autodock ou Vina. Ele também pode ser usado para visualizar os resultados.posso acoplar duas proteínas com Autodocacta Vina?

    pode ser capaz de o fazer, mas o auto-choque Vina foi concebido apenas para acoplamento receptor-ligante. Há programas melhores para acoplagem proteína-proteína.a Vina vai funcionar na minha máquina de 64 bits?Sim. Por design, máquinas modernas de 64 bits podem rodar binários de 32 bits nativamente.

    Why do I get ” can not open conf.erro do txt? O ficheiro existe!

    muitas vezes, os navegadores de ficheiros escondem a extensão do ficheiro, por isso, enquanto pensa que tem um ficheiro “conf.txt“, é na verdade chamado “conf.txt.txt“.Esta configuração pode ser alterada no painel de controle ou nas preferências do sistema.

    deve também certificar-se de que a localização do ficheiro que está a fornecer está correcta em relação à pasta em que se encontra, por exemplo, se estiver a referir-se simplesmente a conf.txt na linha de comandos, certifique-se de que está na mesma pasta (pasta) que este ficheiro. Você pode usar ls ou dir comandos em Linux / MacOS e Windows, respectivamente, para listar os conteúdos do seu directório.

    Por que eu recebo “erros de uso” quando tento seguir o tutorial de vídeo?

    As Opções da linha de comandos mudaram um pouco desde que o tutorial foi gravado. Em particular,” --out” substituiu “--all“.

    Vina corre bem na minha máquina, mas quando a corro no meu cluster exótico Linux, recebo um erro de “boost thread resource”. Por quê?

    o seu cluster Linux está configurado de forma a não permitir a desova de tópicos. Portanto, Vina não pode correr. Contacte o seu administrador de Sistema.

    Por que é a minha conformação acoplada diferente do que você obtém no tutorial de vídeo?

    o algoritmo de acoplagem não é determinístico. Mesmo que com este par receptor-ligante, o mínimo da função de pontuação corresponde à conformação correta,o algoritmo de acoplagem às vezes não consegue encontrá-lo. Tente várias vezes e veja por si mesmo. Note que a probabilidade de não encontrar o mininum pode ser diferente com um sistema diferente.

    minha conformação acoplada é a mesma, mas minhas energias são diferentes do que você obtém no tutorial de vídeo. Por quê?

    a função de pontuação mudou desde que o tutorial foi gravado, mas apenas na parte que é independente da conformação:a penalidade específica do ligando para a flexibilidade mudou.porque é que os meus resultados parecem estranhos em PyMOL?

    PDBQT não é um formato de estrutura molecular padrão. A versão do PyMOL usada no tutorial (0.99rc6) acontece para exibi-lo bem (porque PDBQT é um pouco semelhante ao PDB).Este pode não ser o caso para versões mais recentes do PyMOL.

    qualquer outra maneira de ver os resultados?

    Pode também ver os ficheiros PDBQT no PMV( parte das ferramentas MGL), ou convertê-los num formato de ficheiro diferente (por exemplo, usando ferramentas de auto-bloqueio ou com “save as” no PMV)

    quão grande deve ser o espaço de pesquisa?

    o mais pequeno possível, mas não menor. Quanto menor o espaço de busca, mais fácil é para o algoritmo de acoplagem explorá-lo.Por outro lado, ele não vai explorar ligando e posições atômicas flexíveis da cadeia lateral fora do espaço de busca. Você deve provavelmente evitar espaços de pesquisa maiores que 30 x 30 x 30 Angstrom, a menos que você também aumente “--exhaustiveness“.por que estou a ver um aviso sobre o volume do espaço de pesquisa ser superior a 27000 Angstrom^3?

    isto deve-se provavelmente ao facto de ter a intenção de indicar os tamanhos dos espaços de pesquisa em “pontos da grelha” (0, 375 Angstrom), como no AutoDock 4.O tamanho do espaço de busca Vina é dado em Angstroms. Se você realmente pretendia usar um espaço de pesquisa não usado, você pode ignorar este aviso, mas note que o trabalho do algoritmo de pesquisa pode ser mais difícil.Você pode precisar aumentar o valor do exhaustiveness para compensar isso. Isto levará a um tempo de execução mais longo.

    A conformação ligada parece razoável, exceto para os hidrogénios. Por quê?

    AutoDock Vina realmente usa uma função de pontuação atômica Unida, ou seja, uma que envolve apenas os átomos pesados.Portanto, as posições dos hidrogénios na saída são arbitrárias.Os hidrogénios no arquivo de entrada são utilizados para decidir qual os átomos podem ser de ligação de hidrogênio doadores ou aceitadores embora,então o correto protonation de entrada estruturas ainda é importante.

    O que é que a” exaustividade ” realmente controla, sob o capô?

    na implementação atual, o cálculo de acoplagem consiste de uma série de corridas independentes, começando a partir de conformações aleatórias.Cada uma destas corridas consiste de uma série de passos sequenciais. Cada passo envolve uma perturbação aleatória da conformação seguida por uma otimização local (usando o algoritmo Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno) e uma seleção na qual o passo é aceito ou não. Cada otimização local envolve muitas avaliações da função de pontuação, bem como seus derivados nas coordenadas de posição-orientação-torções.O número de avaliações em uma otimização local é guiado pela convergência e outros critérios.O número de passos em uma corrida é determinado heuristicamente, dependendo do tamanho e flexibilidade do ligando e das cadeias laterais flexíveis. No entanto, o número de Corridas é definido pelo parâmetro exhaustiveness. Uma vez que os runs individuais são executados em paralelo, quando apropriado, exhaustiveness também limita o paralelismo.Ao contrário do AutoDock 4, em AutoDock Vina, cada execução pode produzir vários resultados: resultados intermediários promissores são lembrados.Estes são fundidos, refinados, agrupados e ordenados automaticamente para produzir o resultado final.

    Por que não consigo a conformação de encadernação correta?

    pode ser qualquer um de uma série de coisas:

    • Se você estiver vindo de AutoDock 4, um erro muito comum é especificar o espaço de busca em “pontos” (0.375 Angstrom), em vez de Angstroms. o seu ligante ou receptor pode não ter sido correctamente protonado.
    • má sorte (o algoritmo de busca pode ter encontrado a conformação correta com boa probabilidade, mas foi simplesmente azarado). Tente novamente com uma semente diferente.
    • o mínimo da função de pontuação corresponde à conformação correta, mas o algoritmo de busca tem dificuldade em encontrá-lo. Neste caso, uma maior exaustividade ou um menor espaço de pesquisa deve ajudar.
    • o mínimo da função de pontuação simplesmente não é onde a conformação correta está. Tentar uma e outra vez não vai ajudar, mas pode ocasionalmente dar a resposta certa se dois erros (busca inexata e pontuação) fazer um certo. Acoplagem é uma aproximação aproximada. relacionado com o acima, o culpado também pode ser a qualidade da estrutura do receptor de raios X ou NMR. se não estiver a fazer repovoamento, ou seja, a utilizar a forma correcta de encaixe induzida do receptor, talvez os efeitos de encaixe induzidos sejam suficientemente grandes para afectar o resultado da experiência de acoplagem. os anéis só podem ser rígidos durante a acoplagem. Talvez tenham a conformação errada, afetando o resultado.
    • Você está usando um ligando 2D (plano) como entrada.
    • A conformação real do ligando pode ocasionalmente ser diferente do que a estrutura de raio-X ou NMR mostra. Como posso ajustar a função de pontuação?

      pode alterar os pesos facilmente, especificando-os no ficheiro de configuração ou na linha de comandos. Por exemplo,

      vina --weight_hydrogen -1.2 ...

      duplica a intensidade de todas as ligações de hidrogénio.

      funcionalidade que permitiria aos usuários criar novos tipos atom e pseudo-atom, e especificar suas próprias funções de interação é planejada para o futuro.

      isto deverá facilitar a adaptação da função de pontuação a alvos específicos,acoplagem covalente de modelos e flexibilidade de macro-ciclos,experimentar novas funções de pontuação e,utilizando pseudo-átomos, criar modelos de interacção direccional.

      Mantenha-se sintonizado com a lista de correio do Auto-choque, se desejar ser notificado de quaisquer lançamentos de testes beta.

      porque é que não consigo tantos modos de ligação que especifique com “--num_modes“?

      Esta opção indica o número máximo de modos de ligação ao resultado. O algoritmo de acoplagem pode encontrar menos modos de ligação “interessantes” internamente.O número de modos de ligação na saída também é limitado pelo “energy_range“, que você pode querer aumentar.porque é que os resultados não mudam quando eu mudo as taxas parciais?

      AutoDock Vina ignora as taxas parciais fornecidas pelo utilizador. Ele tem sua própria maneira de lidar com as interações eletrostáticas através dos Termos de ligação hidrofóbica e hidrogênio. Veja a publicação original para mais detalhes sobre a função de pontuação.

      eu mudei algo, e agora os resultados de acoplagem são diferentes. Por quê?

      Em Primeiro Lugar, Se você não tivesse mudado nada, alguns resultados poderiam ter sido diferentes de qualquer maneira, devido à natureza não-determinística do algoritmo de busca.A reprodutibilidade exata pode ser assegurada fornecendo o mesmo randômico seed para ambos os cálculos, mas apenas se todas as outras entradas e parâmetros forem os mesmos também. Mesmo pequenas mudanças na entrada podem ter um efeito semelhante a uma nova semente aleatória.O que faz sentido discutir são as propriedades estatísticas dos cálculos: por exemplo, “com o novo estado de protonação, Vina é muito menos provável de encontrar a conformação acoplada correta”.como é que uso correntes laterais flexíveis?

      Você divide o receptor em duas partes: rígido e flexível, com o último representado um pouco semelhante a como o ligante é representado. Ver a secção “ficheiros PDBQT de receptores flexíveis” do Guia de utilizadores do AutoDock4.2 (Página 14) para saber como fazer isto nas Ferramentas do AutoDock automático.Então, você pode emitir este comando: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Veja Também este artigo sobre este assunto.como faço a triagem virtual?por favor, consulte a secção relevante do manual.

      Por Favor note que existe uma variedade de aplicações de gestão de acoplagem para ajudá-lo nesta tarefa.

      I don’t have sufficient computing resources to run a virtual screen. Quais são as minhas opções?

      Você pode ser capaz de executar o seu projeto na rede da Comunidade Mundial, ou usar DrugDiscovery@TACC. Ver Outro Software.tenho ideias para novas funcionalidades e outras sugestões.

      para as novas características propostas, nós gostamos que haja um amplo consenso, resultante de uma discussão pública,sobre a sua necessidade.Por favor, considere iniciar ou juntar-se a uma discussão na lista de discussão AutoDock.pode responder às minhas perguntas sobre a Vina se lhe enviar um e-mail ou ligar?não. A Vina é apoiada pela comunidade. Os autores não têm qualquer obrigação de ajudar os outros nos seus projectos.Por favor, veja esta página para obter ajuda.

      notas de plataforma e instalação

      Windows

      Compatibilidade

      Vina é esperado para trabalhar no Windows XP e sistemas mais recentes.

      instalando

      faça duplo-click no ficheiro MSI Transferido e siga as instruções

      executando

      abra a linha de comandos e, se instalou o Vina na localização predefinida, escreva

      "\Programme Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

      Se você estiver usando o Cygwin, o comando acima deverá ser

      /cygdrive/c/Program\ Files/O\ Scripps\ Pesquisa\ Institute/Vina/vina --help

      Veja o Vídeo do Tutorial para mais detalhes.Não se esqueça de verificar outros softwares para GUIs, etc.

      Linux

      Compatibilidade

      Vina é esperado para trabalhar em sistemas Linux x86 e 64-bit compatíveis.

      Instalar

      tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.TGZ

      opcionalmente, poderá copiar os ficheiros binários onde quiser.

      Com

      ./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --help

      Se o executável é o PATH, você pode simplesmente digitar “vina --help” em vez disso.Veja o Tutorial de vídeo para mais detalhes.Não se esqueça de verificar outros softwares para GUIs, etc.

      Mac

      Compatibilidade

      a versão de 64 bits deverá funcionar no Mac OS X 10.15 (Catalina) e mais recente.A versão de 32 bits do Vina é esperado para trabalhar no Mac OS X de 10.4 (Tiger) a 10.14 (Mojave).

      Installing

      tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

      Optionally, you can copy the binary files where you want.

      Running

      ./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

      If the executable is in your PATH, you can just type “vina --help” instead.Veja o Tutorial de vídeo para mais detalhes.Não se esqueça de verificar outros softwares para GUIs, etc.atenção: construir Vina a partir da fonte não é feito para ser feito por usuários regulares!(estas instruções podem estar desactualizadas)

      Passo 1: Instalar um conjunto de compiladores C++

      no Windows, você pode querer instalar o Visual Studio; no OS X, Xcode; e no Linux, o GCC compiler suite.

      Passo 2: Instalar impulso

      instalar impulso.(Versão 1.41.0 foi usada para compilar os binários oficiais. Com outras versões, sua sorte pode variar)então, construir e executar um dos programas de exemplo, como o exemplo Regex, para confirmar que você completou este passo. Se você não pode fazer isso, por favor, procure ajuda da Comunidade impulsionadora.

      Passo 3: Construir Vina

      Se você estiver usando o Visual Studio, você pode criar três projetos: libmain e split, com o código-fonte do subpastas apropriadas. lib deve ser uma biblioteca, que outros projetos dependem, e main e split deve beconsole aplicações. Para melhor desempenho, lembre-se de compilar usando o modo Release.

      No OS X e no Linux, você pode querer navegar para o adequado build subdiretório, personalizar o Makefiledefinindo os caminhos e o Impulso versão, e, em seguida, escreva

      fazer dependmake

      Outro Software

      Disclaimer: Esta lista é apenas para fins de informação e não constituem um endosso.ferramentas especificamente concebidas para utilização com o AutoDock Vina (sem ordem específica):

      • MGLTools, que inclui o AutoDock Tools (ADT) e o Python Molecular Viewer (PMV). ADT é necessária para a geração de arquivos de entrada para o AutoDock Vina, e PMV pode ser usado para visualizar os resultados
      • PyRx pode ser usado para configurar o encaixe e o virtual triagem com AutoDock Vina e para ver os resultados
      • O novo Autodock/Vina plugin para o PyMOL pode ser usado para configurar o encaixe e o virtual triagem com AutoDock Vina e para ver os resultados
      • Computer-Aided de Drogas-Projeto de Plataforma usando o PyMOL é outro plugin para o PyMOL, que também integra ÂMBAR, Reduzir e SLIDE.
      • AutoGrow usa AutoDock Vina em seu racional de drogas de design procedimento
      • NNScore vai voltar a pontuação Vina resultados usando uma rede neural artificial treinada na Ligação MOAD e PDBBind
      • Um Vina camada GUI para Windows Biochem Laboratório de Soluções podem ser usadas para facilitar virtual de triagem com AutoDock Vina
      • VSDK pode ser usado para facilitar virtual de triagem com AutoDock Vina
      • PaDEL-ADV podem ser usadas para facilitar virtual de triagem com AutoDock Vina
      • DrugDiscovery@TACC permite que você faça virtual de triagem com AutoDock Vina através de seu site
      • NBCR CADD Pipeline fornece acesso para virtual de triagem com AutoDock Vina no NBCR computadores
      • MOLA é um inicializável, auto-configuração do sistema virtual de triagem utilizando AutoDock4/Vina no computador clusters
      • SMINA é uma modificação do Vina que links com OpenBabel para e/S e suporta ajustes adicionais de pontuação função
      • Fora Alvo de Pipeline é uma plataforma pretende-se realizar alvo secundário de identificação e de ancoragem
      • AUDocker pode ser usado para facilitar virtual de triagem com AutoDock Vina
      • World Community Grid pode ser usado por pessoal qualificado projects to run AutoDock Vina calculations for free on the massively parallel network of computers, where volunteers donate their idle CPU time.
      • DockoMatic é uma interface gráfica destinada a facilitar a triagem virtual com o AutoDock e o AutoDock Vina. VinaLC é uma modificação da Vina pelo Laboratório Nacional Lawrence Livermore que se aproveita da MPI em clusters de computadores.:
        • PyMOL é um dos programas mais populares para a visualização molecular e pode ser usado para ver os resultados de acoplagem
        • OpenBabel pode ser usado para converter entre vários formatos de arquivos de estrutura, atribuir os estados de protonação, etc. o ChemAxon Marvin pode ser usado para visualizar estruturas, converter entre vários formatos de arquivos de estrutura, atribuir os estados de protonação, etc.

      de Uso

      Resumo

      O resumo de utilização pode ser obtido com “vina --help

      Entrada: --receptor arg parte rígida do receptor (PDBQT) --flex arg flexível cadeias laterais, se houver (PDBQT) --ligante arg ligante (PDBQT)Pesquisa espacial (obrigatório): --center_x arg coordenada X do centro --center_y arg coordenada Y do centro --center_z arg Z coordenada do centro --size_x arg tamanho na dimensão X (Angstroms) --size_y arg tamanho na dimensão Y (Angstroms) --size_z arg tamanho em Z dimensão (Angstroms)Saída (opcional): --fora arg modelos de saída (PDBQT), o padrão é escolhido com base no ligante arquivo de nome --log arg, opcionalmente, gravação de log fileMisc (opcional): --cpu arg o número de CPUs para usar (o padrão é tentar detectar o número de CPUs ou, na sua falta, utilizar 1) --sementes de arg explícita semente aleatória --exaustividade arg (=8) a exaustividade da pesquisa global (aproximadamente proporcional ao tempo): 1+ --num_modes arg (=9) número máximo de modos de ligação para gerar --energy_range arg (=3) energia máxima diferença entre o melhor modo de ligação e o pior apresentada (kcal/mol)arquivo de Configuração (opcional): --config arg as opções acima podem ser colocados hereInformation (opcional): -- help display usage summary --help_ advanced display usage summary with advanced options -- version display program version

      Configuration file

      For convenience, some command line options can be placed into a configuration file.

      Por exemplo:

      receptor = hsg1/rígida.pdbqtligand = ligand.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25energy_range = 4

      No caso de um conflito, a opção de linha de comando têm precedência sobre a configuração de um arquivo.

      espaço de busca

      o espaço de busca efetivamente restringe onde os átomos móveis, incluindo aqueles nas cadeias laterais flexíveis, devem estar.

      Exaustividade

      Com o padrão (ou qualquer) definição de exhaustiveness, o tempo gasto na busca já é variado heuristicamente, dependendo do número de átomos, flexibilidade, etc. Normalmente, não faz sentido gastar tempo extra procurando reduzir a probabilidade de não encontrar o mínimo global da função de pontuação além do que é significativamente menor do que a probabilidade de que o mínimo está longe da conformação nativa.No entanto, se você sentir que o trade-off automático feito entre exaustividade e tempo é inadequado, você pode aumentar o nível exhaustiveness. Isto deve aumentar linearmente o tempo e diminuir a probabilidade de não encontrar o mínimo exponencialmente.

      saída

      energia

      a afinidade de ligação prevista está em kcal/mol.os valores RMSDRMSD são calculados em relação ao melhor modo e utilizam apenas átomos pesados móveis. Duas variantes de métricas RMSD são fornecidas, rmsd/lb (limite inferior RMSD) e rmsd/ub (limite superior RMSD), diferindo em como os átomos são correspondidos no cálculo da distância:

      • rmsd/ub corresponde a cada átomo em uma conformação se a si próprio com os outros conformação, ignorando qualquer simetria
      • rmsd' corresponde a cada átomo em uma conformação com o mais próximo do átomo com o mesmo tipo de elemento em outro conformação (rmsd' não pode ser utilizada diretamente, pois ele não é simétrica)
      • rmsd/lb é definido da seguinte forma:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

      Hidrogênio posições

      Vina usa um united-átomo de pontuação função. Como em AutoDock, hidrogênios polares são necessários nas estruturas de entrada para digitar corretamente átomos pesados como doadores de ligação de hidrogênio. No entanto, em Vina, os graus de liberdade que apenas movem hidrogénios, tais como as torções do grupo hidroxilo, são degenerados. Portanto, na saída, alguns átomos de hidrogênio podem ser posicionados aleatoriamente (mas consistentes com a estrutura covalente). Para um tratamento de átomos unidos, trata-se essencialmente de uma questão cosmética.

      modelos separados

      todos os modos de ligação previstos, incluindo as posições das cadeias laterais flexíveis são colocados em um multimodel PDBQT filespecificado pelo parâmetro ” out ” ou escolhido por padrão, com base no nome do arquivo ligand. Se necessário, este arquivo pode ser dividido em modelos individuais usando um programa separado chamado “vina_split”, incluído na distribuição.

      Opções Avançadas

      as “opções avançadas” do AutoDock Vina destinam-se a ser usadas principalmente por pessoas interessadas no desenvolvimento de métodos e não pelos utilizadores finais. O resumo de utilização, incluindo as opções avançadas podem ser mostrados com

      vina --help_advanced

      As opções avançadas permitem

      • marcar sem a minimização
      • executar otimização local apenas
      • randomizar a entrada com nenhum de pesquisa (isto é útil para testes de encaixe de software)
      • alterar os pesos de seus valores padrão (ver o papel para que os pesos média)
      • exibir as contribuições individuais para o intermoleculares pontuação, antes de ponderação (estes são apresentados com “--score_only“; veja o artigo para saber quais são os Termos)

      triagem Virtual

      pode querer escolher algumas das ferramentas listadas em outro Software para realizar a triagem virtual. Alternativamente, se você estiver familiarizado com shell scripting, você pode fazer o screening virtual sem eles.

      os exemplos abaixo assumem que Bash é a sua concha. Eles terão de ser adaptados às suas necessidades específicas.

      Windows

      para realizar a visualização virtual nas janelas, você pode usar Cygwin e os scripts Bash abaixo, ou, alternativamente, adaptá-los para a linguagem de programação do Windows.

      Linux, Mac

      Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

      You can create a configuration file conf.txt, such as

      receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

      and dock all ligands with this shell script.The script assumes that vina is in your PATH.Caso contrário, modifique-o em conformidade.

      Cluster PBS

      Se você tem um cluster Beowulf Linux, você pode realizar os acoplamentos individuais em paralelo.

      Continuando com o nosso exemplo, em vez de executar todas as escalas, em um loop localmente,vamos escrever um *.job script por ligante,e usar qsub (a PBS comando)para agendar estes scripts para serem executados pelo cluster.

      execute este programa shell para o fazer.O script assume que vina e qsub estão em seu PATH.Caso contrário, modifique-o em conformidade.

      uma Vez que os trabalhos têm sido agendada, você pode monitorar seu status com

      qstat -u `whoami`

      a Seleção de Melhores Resultados

      Se você estiver no Unix e no directório que contém os diretórios com PDBQT arquivos, todos os que são AutoDock Vina resultados,você pode encontrar este script Python úteis para selecionar os melhores resultados. Executar como:

      vina_screen_get_top.py 10

      para obter os nomes de arquivo dos “top 10”, que pode ser facilmente copiado.

      história

      resumos breves de mudanças entre as versões podem ser encontrados aqui.se usou o Autocock Vina no seu trabalho, por favor cite:

      O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: melhorando a velocidade e precisão de acoplamento com uma nova função de pontuação, otimização eficiente e multitreading,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

      obter ajuda

      por favor veja esta página se você tem dúvidas sobre o AutoDock Vina.

      relatórios de Bugs

      relatórios de bugs potenciais são muito apreciados, mesmo que você não esteja exatamente certo de que eles são bugs.No entanto, por favor, não inclua pedidos de assistência, juntamente com o seu relatório de erro.Veja este pageinsead.erros prováveis:

      • a rescisão Antecipada
      • Falha ao terminar
      • Alterações dos comprimentos de ligação covalente ou de invariantes ângulos na saída
      • “Obviamente errado” confrontos (verifique o seu espaço de “busca” embora)
      • Desacordo com a documentação

      Provavelmente não bugs:

      • Tudo o que acontece antes de executar Vina ou depois que ele terminar de
      • Ocasionais desacordo com o experimento
      • Vina recusa de abrir um arquivo que não existe (por exemplo, tente ls conf.txt para ver se o arquivo está realmente lá)

      Relatório

      Você pode enviar os seus relatórios para o AutoDock lista de correio. Por favor, lembre-se de fornecer uma linha “Assunto” descritiva e todas as informações necessárias para reproduzir o problema que você está vendo.

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