With one click, MAXIMIZE the chance to obtain functional proteins
Try it Now
Patent Number: WO2020024917A1
ca furnizor principal de ADN sintetic, GenScript este dedicat utilizării celor mai recente progrese pentru a actualiza algoritmii existenți pentru îmbunătățirea expresiei genelor. Cea mai recentă dezvoltare a noastră este optimizarea codonului Gensmart-un instrument online gratuit, ușor de utilizat, care vă permite să optimizați proiectarea secvențelor genetice de tip sălbatic sau recombinant spre o expresie mai mare în sistemele de Expresie procariote și mamifere.
Gensmart codon Optimization folosește un algoritm nou conceput bazat pe „algoritmul imun al populației”, care profită atât de genetica populației, cât și de teoriile imunologiei. În această abordare, mai mult de 200 de factori implicați în expresia genelor, inclusiv conținutul GC, utilizarea codonului și indicele de conținut, site-urile de îmbinare a Rnazei și motivele destabilizatoare ale ARNm care acționează cis sunt examinate și validate. În loc să aplice o simulare cu un singur factor la calcul, se folosește o abordare multifactorială pentru a se asigura că toți factorii cheie dintr-o anumită secvență genică țintă poartă greutate. Ca rezultat, fiecare optimizare a genelor este complet personalizată pentru a maximiza șansa de a obține o proteină funcțională și activă.
în comparație cu instrumente similare, Gensmart optimizarea codon-ului este mai accesibilă și mai ușor de utilizat. Toți parametrii sunt integrați în algoritm și nu necesită nicio intrare de la dvs. Tot ce este necesar este secvența și organismul gazdă dorit; restul este îngrijit de instrumentul de optimizare. În plus, secvențele dvs. optimizate pot fi comandate cu ușurință prin sistemul de cotare instantanee Gensmart XV sau arhivate pentru utilizare ulterioară.
modernizate! Optimizarea codonului gensmart a fost aplicată acum la 50 de organisme gazdă, inclusiv CHO, uman, E. coli, celulă T, drojdie, insectă, Arabidopsis, porumb, orez, soia, muscă de fructe etc.!
De ce Gensmart optimizarea codon-ului
- accesibilitate: instrument gratuit, online; la doar un clic distanță pentru secvența optimă
- analiza cuprinzătoare a factorilor: peste 200 de factori ecranați și validați
- calcul avansat: algoritmul imun al populației brevetat pentru a asigura cea mai bună ieșire
- : Calcul foarte personalizat pentru a evita părtinirea alocării greutății asupra factorilor cheie
- ordonare ușoară: integrare perfectă cu sistemul de cotare instantanee Gensmart XV
ce spun datele
date GenScript
obiectiv: evaluarea performanței instrumentului de optimizare a codonului Gensmart in cresterea expresiei proteinelor JNK3 si GFP.
abordare: a clonat tipul sălbatic și secvențele optimizate pentru secvență ale fiecărei gene într-un vector de expresie și a evaluat expresia proteinelor din trei clone diferite din celulele CHO 3e7 prin Western blotting.
rezultate: Toate cele trei clone GFP și JNK3 din secvențele optimizate de gensmart XV au arătat o creștere semnificativă a expresiei proteinelor de 18 și, respectiv, de ~8 ori, comparativ cu secvențele genice native neoptimizate.
date independente
obiectiv: evaluarea eficienței editării variantelor editorului de bază BE4 optimizat de diferite instrumente de optimizare codon, ca parte a obiectivului general de investigare a efectului expresiei genelor asupra editării genelor
abordare: A optimizat codonul de localizare nucleară al BE4 cu instrumente de la IDT, Coller, GeneArt și GenScript și apoi a evaluat expresia genelor și eficiența editării în celulele HEK293
rezultate: în timp ce codonii optimizați de instrumentele de la GenScript (GS), GeneArt (GA) și Coller (JC) au îmbunătățit eficiența editării în raport cu IDT, variantele himerice optimizate doar de optimizarea codonului