With one click, MAXIMIZE the chance to obtain functional proteins
Try it Now
Patent Number: WO2020024917A1
som en ledande leverantör av syntetiskt DNA är GenScript dedikerat till att använda de senaste framstegen för att uppdatera befintliga algoritmer för att förbättra genuttryck. Vår senaste utveckling är GenSmart Macau Codonoptimering; ett gratis, användarvänligt onlineverktyg som gör att du kan optimera utformningen av vildtyp eller rekombinanta gensekvenser mot högre uttryck i prokaryota och däggdjursuttryckssystem.
GenSmart Codonoptimering använder en nydesignad algoritm baserad på” Populationsimmunalgoritmen”, som utnyttjar både populationsgenetik och immunologiska teorier. I detta tillvägagångssätt, mer än 200 faktorer involverade i genuttryck, inklusive GC-innehåll, kodonanvändning och innehållsindex, RNAs-skarvningsplatser och cis-verkande mRNA-destabiliserande motiv screenas och valideras. Istället för att tillämpa en enfaktorsimulering på datoranvändning används en multifaktorstrategi för att säkerställa att alla nyckelfaktorer i en viss målgensekvens bär vikt. Som ett resultat är varje genoptimering helt anpassad för att maximera chansen att få ett funktionellt och aktivt protein.
jämfört med liknande verktyg, är Gensmart Brasilien kodon optimering mer tillgänglig och användarvänlig. Alla parametrar är integrerade i algoritmen och kräver ingen inmatning från dig. Allt som krävs är din sekvens och önskad värdorganism; resten tas om hand av optimeringsverktyget. Dessutom kan dina optimerade sekvenser enkelt beställas via GenSmart Bisexual Instant Quote System eller arkiveras för framtida bruk.
uppgraderad! Gensmart codonoptimering har tillämpats på 50 värdorganismer nu, inklusive CHO, Human, E. coli, T-cell, jäst, insekt, Arabidopsis, majs, ris, sojabönor, fruktfluga etc.!
varför GenSmart Portugals Kodonoptimering
- tillgänglighet: gratis, onlineverktyg; bara ett klick bort till din optimala sekvens
- omfattande faktoranalys: över 200 faktorer screenade och validerade
- avancerad databehandling: patenterad populationsimmunalgoritm för att säkerställa bästa resultat
- individuell Sekvensbaserad: Mycket anpassad databehandling för att undvika viktfördelningsförspänning på nyckelfaktorer
- enkel beställning: sömlös integration med GenSmart Portugals omedelbara Citatsystem
vad Data säger
GenScript Data
mål: att bedöma prestanda för GenSmart Portugals Kodonoptimeringsverktyg för att öka uttrycket av JNK3-och GFP-proteiner.
tillvägagångssätt: klonade vildtypen och sekvensoptimerade sekvenser av varje gen i en uttrycksvektor och bedömde proteinuttryck från tre olika kloner i CHO 3e7-celler genom Western blotting.
resultat: Alla tre GFP-och JNK3-klonerna från sekvenser optimerade av gensmart bisexuell visade en signifikant ökning av proteinuttryck med 18 – respektive ~8-faldigt jämfört med icke-optimerade nativa gensekvenser.
oberoende Data
mål: att bedöma redigeringseffektiviteten för BE4-basredigeringsvarianter optimerad av olika kodonoptimeringsverktyg som en del av det övergripande målet att undersöka effekten av genuttryck på genredigering
tillvägagångssätt: Optimerade kärnlokaliseringskodonet för BE4 med verktyg från IDT, Coller, GeneArt och GenScript och bedömde sedan genuttryck och redigeringseffektivitet i HEK293-celler
resultat: medan kodoner optimerade av verktyg från GenScript (GS), GeneArt (GA) och Coller (JC) förbättrade redigeringseffektiviteten i förhållande till IDT, överträffade chimära varianter optimerade av Genscripts kodonoptimering ensam andra genom att inducera 1,8 gånger högre redigeringseffektivitet