L’endoderme empêche l’eau et les solutés dissous dans l’eau de traverser cette couche par la voie des apoplastes. L’eau ne peut traverser l’endoderme qu’en traversant deux fois la membrane des cellules endodermiques (une fois pour entrer et une deuxième fois pour sortir). L’eau entrant ou sortant du xylème, qui fait partie de l’apoplaste, peut ainsi être régulée puisqu’elle doit pénétrer dans le symplaste de l’endoderme. Cela permet à la plante de contrôler dans une certaine mesure le mouvement de l’eau et d’absorber ou d’empêcher sélectivement le passage d’ions ou d’autres molécules.
L’endoderme ne permet pas aux bulles de gaz de pénétrer dans le xylème et aide à prévenir l’apparition d’embolies dans la colonne d’eau.
Les cellules de passage sont des cellules endodermiques de racines plus anciennes qui ont conservé des parois minces et des bandes caspariennes plutôt que de devenir subérisées et imperméables comme les autres cellules autour d’elles, pour continuer à permettre un écoulement symplastique vers l’intérieur. Des preuves expérimentales suggèrent que les cellules de passage fonctionnent pour permettre le transfert de solutés tels que le calcium et le magnésium dans la stèle, afin d’atteindre éventuellement le système de transpiration. Pour la plupart, cependant, les vieilles racines se scellent à l’endoderme et ne servent que de passage pour l’eau et les minéraux absorbés par les racines plus jeunes « en aval ».
Les cellules endodermiques peuvent contenir des granules d’amidon sous forme d’amyloplastes. Ceux-ci peuvent servir de stockage de nourriture et il a été démontré qu’ils sont impliqués dans le gravitropisme chez certaines plantes.