El goteo de niebla es una clave para la rica diversidad de especies en el Valle de San Pedro, lo más probable es que proporcione hasta un tercio de la humedad anual disponible en este ecosistema y mantenga las horquillas frescas y transparentes del arroyo San Pedro funcionando todo el año.
La Montaña Montara y la cresta Sweeney no están envueltas en la densa Secuoya de la Costa (Sequoia sempervirens)y el abeto Douglas de la Costa (Pseudotsuga menziesii var. menziesii) típico del resto de las montañas de Santa Cruz al sur inmediato. Los primeros colonos españoles describieron las crestas de las cabeceras como sin árboles altos. Los únicos árboles altos se plantaron recientemente e incluyen eucalipto, pino de Monterrey y ciprés de Monterrey. El área desde la Montaña Montara al norte hasta el Golden Gate representa una unidad biogeográfica única denominada «Paisaje Franciscano», que es principalmente Matorral Costero dominado por Matorrales de Coyotes y también alberga especies endémicas únicas que no se encuentran en ningún otro lugar. El Sendero de las Avellanas en el Parque del Condado de San Pedro Valley es un buen lugar para ver estas especies inusuales que incluyen Chinaquapin Dorado Gigante, Montara Manzanita, Lengua Víbora Fétida y Avellana de California. Estas y otras plantas, como el petirrojo, el trillium gigante y Costero, el Esbelto falso sello de salomón y la lengua de víbora fétida, florecen entre tallos agrupados de arbustos y grupos de helechos espada. La lengua de víbora fétida, con sus hojas verdes moteadas, flores a rayas de color marrón púrpura y olor a carne podrida, es particularmente abundante. El hecho de que estas especies normalmente crecen en el sotobosque sombreado de bosques de secuoyas y abetos de Douglas, ha llevado a la especulación de que antes de la ocupación de 5.000 años de los indios Ohlone, que probablemente quemaron el área para promover el crecimiento de fuentes de alimentos naturales, la cuenca alta de San Pedro pudo haber albergado bosques primordiales de coníferas.
Cornejo de Arroyo, Sauce de Arroyo, berros y varias especies de helechos son comunes en los arroyos medio e inferior. En primavera, las praderas del Valle Medio muestran una gran variedad de flores silvestres: Amapolas de California, Suncups, Buttercups, Rábano Silvestre y Mostaza Silvestre. La vida silvestre es abundante en el Valle de San Pedro. Los habitantes del parque a menudo son Halcones de cola roja, Buitres Pavos, Codornices, Matorrales y Serpientes Liguero. Los que se observan con menos frecuencia incluyen Ciervos, Gatos Monteses, Zorro Gris, Mapaches, Conejos y Serpientes Ardilla. Las tres bifurcaciones del San Pedro y su afluente Brooks Creek proporcionan áreas críticas de desove para la trucha cabeza de acero (Oncorhyncus mykiss). La temporada de desove de steelhead es normalmente de diciembre a febrero.