Este lugar fue el lugar de un incidente importante durante la histórica marcha del Campamento de Sión en 1834, cuando un contingente de unos 200 santos mormones, que marchaban para rescatar a sus hermanos en el condado de Jackson, se enfrentaron a una multitud enojada que contaba con más de 300. Una terrible pelea estaba a punto de comenzar cuando una fuerte tormenta eléctrica llegó de repente y puso a la multitud en fuga. El campamento de Sion pudo avanzar ileso. Los marcadores históricos del incidente se encuentran cerca.
Los manantiales Excelsior surgieron debido al agua de manantial natural que brotaba de las profundidades de la tierra. Fue descubierto por accidente en 1880 por un granjero, Travis Mellion, cuando su hija Opal enfermó de una forma de tuberculosis. Pidió consejo a los campistas cercanos, y sugirieron el manantial que rezumaba de la orilla del río Pesquero. Se recogió agua y se la llevó a su hija para que la bebiera. En el transcurso de unas pocas semanas, hubo una mejora notable en su salud, y finalmente se curó. Un granjero de cabañas de troncos, Frederick Kugler, también comenzó a tratar sus rodillas reumáticas y una llaga recurrente de una herida de la Guerra Civil, y se curó de sus dolencias poco después.
El reverendo John Van Buren Flack viajó aquí en 1880 después de enterarse de los valores medicinales del agua de manantial. El manantial pertenecía al propietario de la tierra Anthony W. Wyman. Después de Flack investigado las fuentes de agua, aconsejó Wyman a la tierra planificada, agua analizadas, y a empezar a hacer publicidad a los curas el agua retenida. Flack construyó una casa en un terreno de 40 acres (160,000 m2) que Wyman había cubierto y abrió la primera tienda de productos secos de la ciudad, así como la primera iglesia. El manantial fue llamado «Excelsior», que más tarde cambió a Siloé.
El 17 de agosto de 1880, Flack y Wyman se asociaron para formar la comunidad de Excelsior. La oficina de correos en ese momento negó el nombre original de la ciudad de «Excelsior», ya que ya había una ciudad en el sur de Misuri con ese nombre, por lo que la ciudad fue nombrada originalmente Vigniti. La ciudad mantuvo el nombre hasta 1882, cuando pasó a llamarse Excelsior Springs.
En un año, casi doscientos hogares habían construido en el valle y las laderas cercanas. Los manantiales tuvieron éxito y trajeron a muchas personas nuevas a la zona, que acamparon en tiendas de campaña o en vagones cubiertos. El 7 de febrero de 1881, la ciudad recibió la designación de aldea. El 12 de julio de 1881, la comunidad fue incorporada como una ciudad de cuarta clase, trayendo varios hoteles, pensiones, iglesias, escuelas, un teatro de ópera, establos de librea y tiendas.
En 1881, el capitán J. L. Farris encontró un segundo manantial mineral, primero llamado Empire Spring, pero más tarde conocido como Regent Spring. Sin embargo, un tercer manantial, el Manantial de Alivio, fue descubierto en la cuenca del río Pesquero. En un corto lapso de tiempo, se descubrieron muchos manantiales en el área, los más prominentes fueron Relief, Superior y Saratoga springs. Se instaló una bomba en Siloam Spring, y se construyeron pasos de Broadway Street y el primer hotel de la ciudad, el Excelsior. Pronto se construyó un pequeño puente de madera sobre el río Pesquero hasta una península sin desarrollar utilizada para que los visitantes se relajaran mientras exploraban la fuente. Ninguna ciudad de Misuri había florecido tanto como Excelsior Springs en el primer año de existencia.
La ciudad del primer hotel, el Excelsior, fue construido con una base de 30 pies (9.1 m) por 70 pies (21 m), y los lugareños se preguntaron si un hotel de ese tamaño se llenaría a su capacidad. El Excelsior abrió sus puertas para los negocios el 1 de marzo de 1881, y rápidamente demostró que podía llenarse, con muchos visitantes que venían a la pequeña ciudad en busca del valor medicinal de las aguas, muchos de lugares tan lejanos como San Luis, San José, Kansas City y Leavenworth. El hotel siguió siendo el lugar principal para alojarse hasta que el primer Hotel Elms fue construido e inaugurado en 1888.
En 1887, el ferrocarril de Chicago, Milwaukee y St. Paul extendió su línea de Chicago a Kansas City a través de Excelsior Springs. Esto trajo una mayor afluencia de visitantes a la creciente ciudad. En ese momento, la Relief Springs and Land Company se había formado principalmente para publicitar y despertar el interés de los forasteros. La compañía adquirió 1.000 acres (4.0 km2) de tierra que rodea la ciudad y el río Pesquero. La fundación del histórico Elms Hotel pronto fue vertida. El Music Hall, un teatro de vanguardia para la época, se construyó cerca con una capacidad para 1.320 personas. Se erigió un pabellón de diversiones, pero pronto se convirtió en una instalación de embotellado. Un pabellón más grande con bancos y ganchos para vasos se colocó en Siloam Spring donde los visitantes podían participar en el agua; pronto estas tazas se mancharon debido al alto contenido de hierro del agua. En asociación con el ferrocarril de Milwaukee, la ciudad comenzó a anunciar su estatus de resort en todo el país. En 1897, la ciudad recibió su primer servicio telefónico.
El descubrimiento de nuevas aguas continuó alrededor de la zona. El profesor de renombre internacional Dr. W. P. Mason del Instituto Politécnico Rensselaer analizó las aguas. Su hallazgo reportó que las aguas de Siloé y Regent Spring tenían bicarbonatos de hierro y manganeso, una combinación rara que solo se había encontrado en cuatro manantiales en todo el continente europeo, y Excelsior Springs contenía los dos únicos conocidos en los Estados Unidos. La rareza de tener 20 manantiales minerales separados dentro del área le dio a Excelsior Springs la reputación de tener la mayor colección de aguas minerales del mundo.
Otros minerales encontrados en los manantiales fueron Salino-Azufre, Bicarbonato de Soda y Bicarbonato Cálcico (también conocido como Lithia). Los centros de agua mineral de la época rara vez tenían tal variedad, la mayoría solo baños de agua mineral, pero Excelsior Springs tenía cuatro tipos distintos de tratamiento dentro de la región de tratamientos tónicos, alternativos y eliminativos, junto con los baños de agua mineral. La ciudad recibió atención internacional en 1893 en la Feria Mundial de Chicago, cuando se otorgaron medallas por el agua de hierro y manganeso de Regent Spring y Soterian ginger ale.
Octubre de 1893 trajo más servicio de tren a la ciudad con la apertura de la ruta Sulfosalina que conecta con la línea Wabash. Los incendios destruyeron el Hotel Excelsior y el Hotel Elms, dejando solo pensiones para recibir a los visitantes. Pronto se elaboraron planes para la reconstrucción del Hotel Elms. El «Segundo» Hotel Elms se terminó en 1908, pero pronto fue destruido de nuevo por el fuego. El tercer y actual Hotel Elms fue construido en 1912. También se construyeron The Wholf’s Tavern (más tarde renombrado Royal Hotel) y Snapp Hotel (más tarde renombrado Oaks Hotel). En 1909, la creciente ciudad contaba con 14 hoteles modernos y alrededor de 200 casas de huéspedes y habitaciones.
El desarrollo de un sistema de parques también fue aprobado, costando 2 200,000 en ese momento. Esto trajo el Campo de Golf Excelsior Springs y la construcción de muchas estructuras, incluyendo el Salón Masónico, el auditorio, el edificio Odd Fellows y los edificios Morse. El transporte por hora en el ferrocarril interurbano de Kansas City comenzó en enero de 1912. La expansión de los servicios públicos y un sistema de carreteras que conectan Excelsior Springs y Kansas City ayudaron a la ciudad a prosperar.
La Gran Depresión no tuvo el impacto en Excelsior Springs como lo tuvo en varias otras comunidades, sobreviviendo principalmente debido a su estado de centro de salud. Entre 1930 y 1940, la ciudad ganó 370 ciudadanos, reportando un total de 4.800 al final de la década, cuando la población en la mayoría de las otras ciudades pequeñas estaba disminuyendo.
En noviembre de 1931, uno de los tiroteos más intensos ocurrió en el histórico Hotel Elms. Cuatro ladrones intentaron asaltar el hotel y lograron huir en automóvil, que fueron seguidos por la policía local. Se intercambiaron disparos en el vestíbulo y la terraza del hotel. Los cuatro criminales huyeron a la cercana Kansas City, pero más tarde fueron detenidos.
En 1932, el mafioso Lonnie Affronti disparó a Azalea Ross y a su marido en una emboscada en la Ruta 10. Ross fue el testigo principal en un juicio por narcóticos contra Affronti. La pandilla ayudó a ocultar a Affronti durante cinco años antes de que fuera capturado en Brooklyn, Nueva York, en 1937. Uno de sus cómplices durante el tiroteo, Charley Harvey, fue detenido y se suicidó en la cárcel de la ciudad poco tiempo después.
El actual ayuntamiento, el Salón de las Aguas, fue construido entre 1936 y 1938 por los arquitectos Keene & Simpson sobre los manantiales de Siloé y Sulfosalino. Los ciudadanos se reunieron el 27 de mayo de 1936, entre la atención nacional cuando la piedra angular del Salón de las Aguas se colocó en su lugar. CBS transmitió el evento a 62 estaciones en todo el país. El periódico local registró muchos nombres conocidos de la actualidad, incluyendo a la actriz de películas de serie B de Hollywood, Evaluyn Knapp, el artista Thomas Hart Benton y el autor Homer Croy.
En 1937, la estructura estaba parcialmente completa, y la barra de agua en el nivel inferior se abrió, proporcionando aguas minerales a los solicitantes de salud y visitantes por igual. En los meses siguientes se abrió la piscina de agua mineral, junto con los departamentos de hidroterapia masculinos y femeninos. También se había erigido una sala de dos pisos donde los minerales estaban disponibles en las fuentes. El primer piso contenía el departamento de baños para mujeres, la terraza acristalada, el porche cubierto, el gran vestíbulo, la oficina de administración de los manantiales y la cámara de comercio.
La piscina era lo suficientemente grande para cumplir con los estándares del campeonato. En el ala sur se encontraban los departamentos especiales de hidroterapia dedicados a la investigación de los valores medicinales de las aguas. El departamento de embotellado estaba ubicado en el lado este del ala norte, que enviaba cinco variedades de agua mineral embotellada a lugares de todo el mundo.
El día de las elecciones de 1948, Harry S. Truman pasó la noche en el Hotel Elms cuando parecía que estaba perdiendo su candidatura a la reelección ante el republicano Thomas E. Dewey. Sin embargo, en las primeras horas de la mañana, fue despertado por sus ayudantes informándole que, de hecho, había ganado las elecciones. Se lo llevaron a Kansas City. Más tarde fue fotografiado en Union Station en St.Louis con una copia del Chicago Tribune que proclamaba: «Dewey derrota a Truman.»
Las inundaciones causaron problemas en 1955, y se construyó un dique, que resultó en la eliminación de las terrazas de piedra y las pasarelas en el Parque Siloam, para proteger el Salón de Aguas de más daños por inundaciones del río pesquero cercano. Hubo inundaciones posteriores a finales de la década de 1960, 1993 y 2015.
A finales de la década de 1950 y principios de la década de 1960, fueron tiempos difíciles para la ciudad debido a la severa disminución de la popularidad de la ciudad balneario. En 1967, las operaciones de embotellado habían perdido 2 25,000, y la ciudad decidió que era hora de dejar atrás su historia del agua mineral y avanzar hacia nuevos horizontes. A partir de 2008, sin embargo, Excelsior Springs ha licenciado los derechos del agua mineral a Excelsior Springs Bottling Company para permitir el embotellado comercial y la distribución del agua histórica.
Además del Hotel Elms y el Hall of Waters, el Hotel Colonial, el Distrito Histórico Elms, el Distrito Histórico Comercial del Este de Excelsior Springs Hall of Waters, el Distrito Histórico Comercial del Oeste de Excelsior Springs Hall of Waters, la Primera Iglesia Metodista, los Apartamentos Ligon, el Molino Watkins y la Escuela Wyman figuran en el Registro Nacional de Lugares Históricos.