En 1697, deux parents de Galdan Boshugtu Khan, Danjila et Rabdan, se rendent à l’empereur Qing Kangxi. Leur peuple a ensuite été organisé en deux bannières Oolod et réinstallé dans la province moderne de Bayankhongor, en Mongolie. En 1731, cinq cents ménages s’enfuirent en territoire Dzoungar tandis que les Oolods restants furent déportés à Hulun Buir. Après 1761, certains d’entre eux ont été réinstallés dans la province d’Arkhangai.
Les Dzungars qui vivaient dans une région qui s’étendait de l’extrémité ouest de la Grande Muraille de Chine à l’est actuel du Kazakhstan et du nord actuel du Kirghizistan au sud de la Sibérie (dont la majeure partie est située dans l’actuel Xinjiang), ont été le dernier empire nomade à menacer la Chine, ce qu’ils ont fait du début du 17ème siècle au milieu du 18ème siècle. Après une série de conflits militaires non concluants qui ont commencé dans les années 1680, les Dzungars ont été subjugués par la dynastie Qing dirigée par les Mandchous (1644-1911) à la fin des années 1750.Clarke a soutenu que la campagne Qing en 1757-58 « équivalait à la destruction complète non seulement de l’État Dzungar, mais des Dzungars en tant que peuple. »Après que l’empereur Qianlong eut mené les forces Qing à la victoire sur les Mongols Oats Dzungar (occidentaux) en 1755, il allait à l’origine diviser le Khanat Dzungar en quatre tribus dirigées par quatre Khans, la tribu Khoit devait avoir le chef Dzungar Amursana comme Khan. Amursana a rejeté l’arrangement des Qing et s’est rebellé car il voulait être le chef d’une nation Dzungar unie. Qianlong donna alors ses ordres pour le génocide et l’éradication de toute la nation Dzungar et nomma, les Bannermen Mandchous Qing et les Mongols Khalkha (de l’Est) asservirent les femmes et les enfants Dzungar tout en tuant les autres Dzungars.
L’empereur Qianlong ordonna alors le génocide des Dzungars, déplaçant le peuple Dzungar restant sur le continent et ordonnant aux généraux de tuer tous les hommes de Barkol ou de Suzhou, et divisa leurs femmes et leurs enfants aux forces Qing, composées de Bannermen Mandchous et de Mongols Khalkha. L’érudit Qing Wei Yuan a estimé la population totale des Dzungars avant l’automne à 600 000 personnes, soit 200 000 ménages. L’officier Oïrat Saaral a trahi et s’est battu contre les Oïrats. Dans un récit largement cité de la guerre, Wei Yuan a écrit qu’environ 40% des ménages Dzoungars ont été tués par la variole, 20% ont fui vers la Russie ou les tribus kazakhes, et 30% ont été tués par l’armée Qing des Bannermen Mandchous et des Mongols Khalkha, ne laissant aucune yourte dans une zone de plusieurs milliers de li à l’exception de celles des capitulés. Au cours de cette guerre, les Kazakhs ont attaqué des Oïrats et des Altays dispersés. Sur la base de ce récit, Wen-Djang Chu a écrit que 80% des 600 000 Dzungars ou plus (en particulier Choros, Olot, Khoid, Baatud et Zakhchin) ont été détruits par la maladie et l’attaque que Michael Clarke a décrite comme « la destruction complète non seulement de l’État Dzungar, mais des Zungars en tant que peuple. »L’historien Peter Perdue a attribué la décimation des Dzungars à une politique explicite d’extermination lancée par Qianlong, mais il a également observé des signes d’une politique plus clémente après le milieu de 1757. Mark Levene, un historien dont les recherches récentes portent sur le génocide, a déclaré que l’extermination des Dzungars était « sans doute le génocide du XVIIIe siècle par excellence. »Le génocide Dzungar a été complété par une combinaison d’une épidémie de variole et du massacre direct de Dzungars par les forces Qing composées de Bannermen Mandchous et de Mongols (Khalkha).
Les rebelles Ouïghours anti-Dzoungars des oasis de Turfan et de Hami s’étaient soumis à la domination Qing en tant que vassaux et avaient demandé l’aide des Qing pour renverser la domination Dzoungare. Des chefs ouïghours comme Emin Khoja ont reçu des titres au sein de la noblesse Qing, et ces Ouïghours ont aidé à fournir les forces militaires Qing pendant la campagne anti-Dzungar. Les Qing employèrent Khoja Emin dans sa campagne contre les Dzungars et l’utilisèrent comme intermédiaire avec les musulmans du bassin du Tarim pour les informer que les Qing ne visaient qu’à tuer les Dzungars et qu’ils laisseraient les Musulmans tranquilles, et aussi pour les convaincre de tuer les Dzungars eux-mêmes et de se ranger du côté des Qing, car les Qing ont noté le ressentiment des Musulmans de leur ancienne expérience sous la domination Dzungar aux mains de Tsewang Araptan.
Ce n’est que des générations plus tard que la Dzungarie a rebondi après la destruction et la quasi-liquidation des Dzungars après les massacres massifs de près d’un million de Dzungars. L’historien Peter Perdue a montré que l’anéantissement des Dzungars était le résultat d’une politique explicite d’extermination lancée par Qianlong, Perdue a attribué l’élimination des Dzungars à un « usage délibéré du massacre » et l’a décrit comme un « génocide ethnique ».
La « solution finale » du génocide des Qing pour résoudre le problème des Dzungars a rendu possible l’installation parrainée par les Qing de millions de Chinois Han, de Hui, de peuples de l’Oasis du Turkestan (Ouïghours) et de Bannermen Mandchous en Dzungarie, car la terre était maintenant dépourvue de Dzungars. Le bassin Dzungarien, qui était autrefois habité par des Dzungars, est actuellement habité par des Kazakhs. Dans le nord du Xinjiang, les Qing ont introduit des colons Han, Hui, Ouïghours, Xibe et kazakhs après avoir exterminé les Mongols OAts Dzoungars dans la région, avec un tiers de la population totale du Xinjiang composée de Hui et de Han dans la zone nord, tandis qu’environ les deux tiers étaient des Ouïghours dans le bassin du Tarim dans le sud du Xinjiang. En Dzungarie, les Qing ont établi de nouvelles villes comme Urumqi et Yining. Les Qing sont ceux qui ont unifié le Xinjiang et changé sa situation démographique.
Le dépeuplement du nord du Xinjiang après le massacre des Oïrats bouddhistes a conduit les Qing à s’installer Mandchous, Sibo (Xibe), Daurs, Solons, Chinois Han, Musulmans Hui et Taranchis musulmans Turcs dans le nord, les migrants Chinois Han et Hui constituant le plus grand nombre de colons. Puisque c’est l’écrasement des Öölöd (Dzungars) bouddhistes par les Qing qui a conduit à la promotion de l’Islam et à l’autonomisation des Mendiants musulmans dans le sud du Xinjiang, et à la migration des Taranchis musulmans vers le nord du Xinjiang, il a été proposé par Henry Schwarz que « la victoire des Qing était, dans un certain sens, une victoire pour l’Islam ». Le Xinjiang en tant qu’identité géographique définie unifiée a été créé et développé par les Qing. Ce sont les Qing qui ont conduit à l’augmentation du pouvoir musulman turc dans la région depuis que le pouvoir mongol a été écrasé par les Qing tandis que la culture et l’identité musulmanes turques étaient tolérées ou même promues par les Qing.
Qianlong a explicitement commémoré la conquête Qing des Dzungars comme ayant ajouté de nouveaux territoires au Xinjiang à la « Chine », définissant la Chine comme un État multiethnique, rejetant l’idée que la Chine ne signifiait que les zones Han en « Chine proprement dite », ce qui signifie que selon les Qing, les peuples Han et non-Han faisaient partie de la « Chine », qui comprenait le Xinjiang que les Qing ont conquis des Dzungars. Après la conquête de la Dzungarie par les Qing en 1759, ils proclamèrent que la nouvelle terre qui appartenait autrefois aux Dzungars était maintenant absorbée par la « Chine » (Dulimbai Gurun) dans un mémorial en langue mandchoue. Les Qing ont exposé leur idéologie selon laquelle ils réunissaient les Chinois non-Han « extérieurs » comme les Mongols Intérieurs, les Mongols Orientaux, les Mongols Oats et les Tibétains avec les Chinois Han « intérieurs », en « une seule famille » unie dans l’État Qing, montrant que les divers sujets des Qing faisaient tous partie d’une même famille, les Qing ont utilisé l’expression « Zhong Wai Yi Jia » 中一一 or ou « Nei Wai Yi Jia »一一家 (« intérieur et extérieur comme une seule famille »), pour transmettre cette idée de » unification » des différents peuples. Dans le récit en langue mandchoue du Tulisen officiel mandchou de sa rencontre avec le chef Torghout Ayuka Khan, il a été mentionné que si les Torghuts étaient différents des Russes, le « peuple du Royaume Central » (dulimba-i gurun 中國, Zhongguo) était comme les Mongols Torghout, et le « peuple du Royaume Central » faisait référence aux Mandchous.
Les Oolods de Hulun Buir formaient une bannière administrative le long des rivières Imin et Shinekhen. Pendant la dynastie Qing, un corps d’entre eux s’est réinstallé dans la ville de Yakeshi. En 1764, de nombreux Oolods migrent vers la province de Khovd en Mongolie et fournissent des services de corvée à la garnison de Khovd des Qing. Leur nombre a atteint 9 100 en 1989. Une unité administrative unie était exigée par eux.
Les Dzungars restant au Xinjiang ont également été renommés Oolods. Ils dominaient 30 des 148 sommes mongoles à l’époque de la dynastie Qing et en comptaient 25 000 en 1999.