a luz não penetra muito longe no oceano, por isso os submarinos devem navegar através da água virtualmente cegos. No entanto, os submarinos estão equipados com cartas de navegação e equipamentos de navegação sofisticados. Quando na superfície, um sofisticado sistema de Posicionamento global (GPS) determina com precisão latitude e longitude, mas este sistema não pode funcionar quando o submarino está submerso. Debaixo d’água, o submarino usa sistemas de orientação inercial (elétricos, mecânicos) que mantêm o controle do movimento do navio a partir de um ponto de partida fixo, usando giroscópios. Os sistemas de orientação inercial são precisos a 150 horas de operação e devem ser realinhados por outros sistemas de navegação dependentes da superfície (GPS, rádio, radar, satélite). Com estes sistemas a bordo, um submarino pode ser navegado com precisão e estar a 30 metros do seu curso pretendido.
para localizar um alvo, um submarino usa SONAR ativo e passivo (navegação sonora e alcance). O sonar ativo emite pulsos de ondas sonoras que viajam através da água, refletem o alvo e retornam ao navio. Ao conhecer a velocidade do som na água e o tempo para a onda sonora viajar para o alvo e para trás, os computadores podem calcular rapidamente a distância entre o submarino e o alvo. Baleias, golfinhos e morcegos usam a mesma técnica para localizar presas (ecolocalização). Sonar passivo envolve ouvir sons gerados pelo alvo. Os sistemas sonares também podem ser usados para realinhar sistemas de navegação inercial identificando características conhecidas do fundo do oceano .
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