With one click, MAXIMIZE the chance to obtain functional proteins
Try it Now
Patent Number: WO2020024917A1
En tant que fournisseur leader d’ADN synthétique, GenScript se consacre à l’utilisation des dernières avancées pour mettre à jour les algorithmes existants afin d’améliorer l’expression des gènes. Notre développement le plus récent est GenSmart™ Codon Optimization; un outil en ligne gratuit et convivial qui vous permet d’optimiser la conception de séquences de gènes de type sauvage ou recombinantes vers une expression plus élevée dans les systèmes d’expression procaryotes et mammifères.
L’optimisation des codon GenSmart™ utilise un algorithme nouvellement conçu basé sur l' » Algorithme Immunitaire de la population », qui tire parti des théories de la génétique des populations et de l’immunologie. Dans cette approche, plus de 200 facteurs impliqués dans l’expression des gènes, y compris le contenu en GC, l’utilisation et l’indice de contenu des codon, les sites d’épissage des RNASES et les motifs déstabilisateurs de l’ARNm agissant sur la cis, sont sélectionnés et validés. Au lieu d’appliquer une simulation à un seul facteur à l’informatique, une approche multifactorielle est utilisée pour s’assurer que tous les facteurs clés d’une certaine séquence de gènes cibles ont un poids. En conséquence, chaque optimisation génique est entièrement personnalisée pour maximiser les chances d’obtenir une protéine fonctionnelle et active.
Par rapport à des outils similaires, l’optimisation des codon GenSmart™ est plus accessible et plus conviviale. Tous les paramètres sont intégrés à l’algorithme et ne nécessitent aucune entrée de votre part. Tout ce qui est requis est votre séquence et l’organisme hôte souhaité; le reste est pris en charge par l’outil d’optimisation. De plus, vos séquences optimisées peuvent être facilement commandées via le système de devis instantané GenSmart ™ ou archivées pour une utilisation future.
Amélioré! L’optimisation des codon GenSmart™ a maintenant été appliquée à 50 organismes hôtes, notamment CHO, Humain, E. coli, Lymphocytes T, Levure, Insecte, Arabidopsis, Maïs, Riz, Soja, Mouche des fruits, etc.!
Pourquoi l’optimisation des codon GenSmart™
- Accessibilité: Outil gratuit en ligne; à portée de clic de votre séquence optimale
- Analyse factorielle complète: Plus de 200 facteurs sélectionnés et validés
- Calcul avancé: Algorithme immunitaire de la population breveté pour assurer la meilleure sortie
- Basé sur une séquence individuelle: Calcul hautement personnalisé pour éviter les biais d’allocation de poids sur les facteurs clés
- Commande facile: Intégration transparente avec le système de devis instantané GenSmart ™
Ce que disent les données
Données GenScript
Objectif: Évaluer les performances de l’outil d’optimisation des codon GenSmart ™ pour augmenter l’expression des protéines JNK3 et GFP.
Approche: Clonage des séquences de type sauvage et optimisées en séquence de chaque gène dans un vecteur d’expression et évaluation de l’expression protéique de trois clones différents dans des cellules CHO 3E7 par Western blot.
Résultats: Les trois clones GFP et JNK3 issus de séquences optimisées par GenSmart™ ont montré une augmentation significative de l’expression des protéines de 18 et ~ 8 fois, respectivement, par rapport aux séquences de gènes natifs non optimisées.
Données indépendantes
Objectif: Évaluer l’efficacité d’édition des variantes de l’éditeur de base BE4 optimisé par différents outils d’optimisation des codon dans le cadre de l’objectif global d’étudier l’effet de l’expression des gènes sur l’édition des gènes
Approche: Optimisation du codon de localisation nucléaire de BE4 avec les outils d’IDT, Coller, GeneArt et GenScript, puis évaluation de l’expression des gènes et de l’efficacité d’édition dans les cellules HEK293
Résultats : Alors que les codons optimisés par les outils de GenScript (GS), GeneArt (GA) et Coller (JC) ont amélioré l’efficacité d’édition par rapport aux IDT, les variantes chimériques optimisées par l’optimisation du codon de GenScript à elles seules ont surpassé les autres en induisant une efficacité d’édition 1,8 fois supérieure