O mecanismo de ação 6-phosphogluconate desidrogenase com a alternativa de substrato 2-desoxi 6-phosphogluconate foi investigado usando enzimas do fígado de ovelha, eritrócitos humanos e de Trypanosoma brucei. As três enzimas oxidam 2-desoxi 6-fosfogluconato,mas apenas a enzima hepática ovina liberta o intermediário 2-desoxi, 3-ceto 6-fosfogluconato. A comparação cinética mostrou que um aumento na taxa de redução do NADP+ em pH elevado é devido ao aumento da libertação do intermediário, em vez de um aumento na taxa de reação global. 2-Deoxi,3-ceto 6-fosfogluconato é descarboxilado pelas enzimas eritrocito e tripanossoma, mas não pelo fígado na ausência de NADPH ou 6-fosfogluconato, que atuam como ativadores. A dependência do pH da descarboxilação e o grau de activação sugerem que o 6-fosfogluconato é o activador que funciona em condições normais de ensaio, enquanto o NADPH actua principalmente através do aumento da ligação do intermediário. Os dados sugerem que a actividade do 6PGDH é sujeita a uma regulação bidireccional: o NADPH, que regula a via do fosfato pentose, inibe a enzima, enquanto o 6-fosfogluconato, cujos níveis aumentam quando a inibição do NADPH é removida, actua como um activador que assegura que o 6-fosfogluconato é rapidamente removido.