La lèpre est l’une des maladies les plus anciennes enregistrées et les plus stigmatisées de l’histoire humaine. La maladie était répandue en Europe jusqu’au XVIe siècle et est toujours endémique dans de nombreux pays, avec plus de 200 000 nouveaux cas signalés chaque année. La bactérie Mycobacterium leprae est la principale cause de la lèpre. Des recherches antérieures sur la bactérie ont suggéré qu’elle se regroupe en plusieurs souches, dont seulement deux étaient présentes en Europe médiévale. La présente étude, publiée dans la revue PLOS Pathogens, visait à approfondir l’histoire et l’origine de M. leprae en recherchant des preuves génétiques provenant d’un grand nombre d’échantillons anciens provenant de toute l’Europe.
10 nouveaux génomes anciens de M. leprae datant d’environ 400-1400 après JC
La présente étude a examiné environ 90 individus présentant des déformations squelettiques caractéristiques de la lèpre, provenant de toute l’Europe et de périodes allant d’environ 400 à 1400 après JC. À partir de ces échantillons, 10 nouveaux génomes médiévaux de M. leprae ont été entièrement reconstruits. Ces génomes représentent toutes les souches connues, y compris les souches qui sont aujourd’hui associées à différents endroits dans le monde, notamment en Asie, en Afrique et dans les Amériques. De plus, dans cette étude, plusieurs souches ont souvent été trouvées dans le même cimetière, illustrant la diversité des souches de lèpre circulant sur tout le continent à l’époque.
« Nous avons trouvé beaucoup plus de diversité génétique dans l’Europe ancienne que prévu », explique Johannes Krause, auteur principal de l’étude et directeur de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine. « De plus, nous avons constaté que toutes les souches connues de la lèpre sont présentes en Europe médiévale, ce qui suggère que la lèpre était peut-être déjà répandue dans toute l’Asie et l’Europe dans l’Antiquité ou qu’elle était peut-être originaire de l’Eurasie occidentale. »
Le génome de la lèpre le plus ancien à ce jour
Un génome de M. leprae reconstruit par l’équipe provient de Great Chesterford, en Angleterre, et date entre 415 et 545 après JC. Il s’agit du génome de M. leprae le plus ancien séquencé à ce jour et provient de l’un des plus anciens cas de lèpre connus au Royaume-Uni. Fait intéressant, cette souche est la même que celle trouvée chez les écureuils roux modernes et soutient l’hypothèse selon laquelle les écureuils et la traite des fourrures d’écureuils ont été un facteur de propagation de la lèpre chez les humains en Europe pendant la période médiévale.
« La dynamique de la transmission de M. leprae à travers l’histoire humaine n’est pas complètement résolue. La caractérisation et l’association géographique des souches les plus ancestrales sont cruciales pour déchiffrer l’origine exacte de la lèpre « , déclare l’auteure principale Verena Schuenemann de l’Université de Zurich. « Bien que nous ayons des enregistrements écrits de cas de lèpre antérieurs à l’ère commune, aucun d’entre eux n’a encore été confirmé au niveau moléculaire. »
L’abondance de génomes anciens dans la présente étude a donné lieu à une estimation nouvelle et plus ancienne de l’âge de M. leprae que les études précédentes, plaçant son âge à au moins quelques milliers d’années. « Avoir plus de génomes anciens dans une analyse de datation permettra d’obtenir des estimations plus précises », explique Krause. « L’étape suivante consiste à rechercher des cas ostéologiques de lèpre encore plus anciens que ceux actuellement disponibles, en utilisant des méthodes bien établies pour identifier les cas potentiels. »